第1章 引言 1
1.1什么是R？ 1
1.2下载和安装R 2
1.3最初印象 5
1.4脚本代码 7
1.4.1编程的艺术 7
1.4.2录入脚本代码 7
1.5 R的图形设备 10
1.6编辑 12
1.7帮助文件和新闻组 13
1.8程序包 16
1.8.1包含在底层安装的包 16
1.8.2不包含在底层安装的包 17
1.9 R的一般问题 19
1.9.1退出R和设置工作目录 21
1.10历史和文献概述 22
1.10.1 R的一个简短历史回顾 22
1.10.2有关R的书籍和使用R的书籍 22
1.11使用这本书 24
1.11.1如果你是一位教师 25
1.11.2如果你是有一定R知识的感兴趣的读者 25
1.11.3如果你是一个R专家 26
1.11.4如果你比较害怕R 26
1.12引用R和引用程序包 26
1.13我们学习了哪些R函数？ 27
第2章R中的数据输入 28
2.1 R中的第1步 28
2.1.1小型数据库中的数据录入 28
2.1.2应用c函数连接数据 30
2.1.3使用c，cbind和rbind结合变量 32
2.1.4使用vector函数结合数据 37
2.1.5使用矩阵结合数据 38
2.1.6使用data.frame函数结合数据 40
2.1.7使用list函数结合数据 41
2.2数据的载入 45
2.2.1 Excel中的数据载入 45
2.2.2从其它统计程序包中访问数据 49
2.2.3访问数据库 50
2.3我们学习了哪些R函数？ 52
2.4习题 52
第3章 访问变量和处理数据子集 55
3.1访问数据框变量 55
3.1.1 str函数 56
3.1.2函数中的数据参数 58
3.1.3？符号 58
3.1.4 attach函数 59
3.2访问数据子集 61
3.2.1数据排序 64
3.3使用相同的标识符组合两个数据集 64
3.4输出数据 66
3.5重新编码分类变量 68
3.6我们学习了哪些R函数？ 71
3.7习题 71
第4章 简单的函数 73
4.1 tapply函数 73
4.1.1计算每个时间截面的均值 74
4.1.2更高效地计算每个时间截面的均值 75
4.2 sapply函数和lapply函数 76
4.3 summary函数 77
4.4 table函数 78
4.5我们学习了哪些R函数？ 80
4.6习题 80
第5章 基础绘图工具简介 81
5.1 plot函数 81
5.2符号、颜色和尺寸 84
5.2.1改变绘图字符 84
5.2.2改变绘图符号的颜色 88
5.2.3改变绘图符号的尺寸 89
5.3添加一条平滑线 90
5.4我们学习了哪些R函数？ 93
5.5习题 93
第6章 循环与函数 94
6.1循环简介 94
6.2循环 96
6.2.1像建筑师那样设计代码 97
6.2.2第1步：载入数据 97
6.2.3第2步和第3步：绘制散点图并添加标签 98
6.2.4第4步：设计通用代码 99
6.2.5第5步：保存图像 100
6.2.6第6步：构造循环 102
6.3函数 103
6.3.1零和空 103
6.3.2技术信息 105
6.3.3零和空的第二个示例 106
6.3.4具有多个参数的函数 108
6.3.5稳健的函数 110
6.4函数和if指令的其它问题 112
6.4.1再做一次建筑师 113
6.4.2第1步：载入并评估数据 113
6.4.3第2步：每个站点的生物总量 114
6.4.4第3步：每个站点的丰富度 115
6.4.5第4步：每个站点的香农指数 116
6.4.6第5步：结合代码 117
6.4.7第6步：将代码置入函数中 117
6.5我们学习了哪些R函数？ 119
6.6习题 120
第7章 图形工具 121
7.1饼图 121
7.1.1禽流感数据的饼图 121
7.1.2 par函数 124
7.2条形图和带形图 125
7.2.1使用禽流感数据绘制条形图 125
7.2.2显示均值和标准差的条形图 127
7.2.3海底数据的带形图 129
7.3盒形图 130
7.3.1显示猫头鹰数据的盒形图 130
7.3.2显示海底数据的盒形图 133
7.4克里夫兰点图 135
7.4.1在克里夫兰点图上添加均值 136
7.5重新访问plot函数 138
7.5.1普通的plot函数 138
7.5.2 plot函数的更多选项 139
7.5.3增加额外的点、文本和线 141
7.5.4使用type=“n” 142
7.5.5图例 143
7.5.6识别点 145
7.5.7改变字体和字体大小 146
7.5.8添加特殊符号 146
7.5.9其它有用的函数 147
7.6多组图 148
7.6.1面板函数 149
7.7协同图 150
7.7.1单个条件变量的协同图 150
7.7.2两个条件变量的协同图 154
7.7.3增加协同图的修饰 155
7.8组合不同类型的图 157
7.9我们学习了哪些R函数？ 159
7.10习题 160
第8章 格包（Lattice Package）简介 162
8.1高级格函数（Lattice Function） 162
8.2多面板散点图：xyplot 163
8.3多面板盒形图：bwplot 166
8.4多面板克里夫兰点图：dotplot 167
8.5多面板直方图：histogram 169
8.6面板函数 170
8.6.1第一个面板函数示例 170
8.6.2第二个面板函数示例 172
8.6.3第三个面板函数示例 174
8.7三维散点图、表面图和等高线图 177
8.8常见问题 178
8.8.1如何改变面板顺序？ 179
8.8.2如何改变坐标轴的界限和刻度？ 181
8.8.3在一个面板中绘制多条线 182
8.8.4在循环中绘图 183
8.8.5更新图形 184
8.9还要学什么？ 185
8.10我们学习了哪些R函数？ 185
8.11习题 185
第9章 常见的R错误 188
9.1载入数据的问题 188
9.1.1源文件里的错误 188
9.1.2小数点或者逗号分隔符 188
9.1.3目录名 190
9.2绑定苦恼 190
9.2.1输入相同的attach命令两次 190
9.2.2绑定包含同一个变量名称的两个数据框 191
9.2.3绑定一个数据框并演示数据 192
9.2.4当使用attach函数后改变数据框 193
9.3非绑定苦恼 194
9.4零的对数 194
9.5各种错误 195
9.5.1 1和l之间的区别 196
9.5.2 0色彩 196
9.6错误地保存R空间 197
参考文献 200
索引 203