第一篇 理论篇 3
一、中药资源转录组概述 3
（一）转录组的研究目标 3
（二）转录组的研究方法 5
（三）中药资源转录组研究现状 5
（四）中药资源转录组研究展望 12
二、同源基因功能分化与活性成分变异机制 22
（一）同源基因的正确注释是研究药用植物活性成分变异的重要前提 22
（二）重复基因的功能分化是形成药用植物活性成分变异的基础 24
（三）药用植物基因功能分化决定其活性成分的变异 26
三、功能性EST-SSR标记 31
（一）功能性EST-SSR的基本概念 31
（二）功能性EST-SSR的开发流程 32
（三）功能EST-SSR的优势 35
（四）功能性EST-SSR标记在中药资源中的应用 36
（五）药用植物功能性EST-SSR标记展望 38
第二篇 技术篇 43
一、转录组数据的组装 43
实验一 样品收集与保存 43
实验二 RNA提取 44
实验三 mRNA分离纯化 47
实验四 Solexa文库制备 49
实验五 上机测序 53
实验六 转录组数据组装 59
实验七 转录组数据功能注释 61
二、基因克隆及表达分析 64
实验八 基因克隆 64
实验九 基因表达分析 71
实验十 共表达分析 80
三、数据库使用及生物信息学分析 84
实验十一 核酸数据库及其使用 84
实验十二 蛋白质数据库及其使用 91
实验十三 代谢数据库及其使用 96
实验十四 文献数据库及其使用 101
实验十五 NCBI序列数据的提交 104
实验十六 多序列对位排列分析 109
实验十七 系统发育分析 112
实验十八 核酸序列的分析和转换 117
实验十九 基因开放阅读框预测 123
实验二十 蛋白质理化性质预测 129
实验二十一 蛋白质亚细胞定位信号预测 130
实验二十二 蛋白质信号肽和跨膜结构域预测 132
实验二十三 蛋白质二级结构和三级结构预测 135
四、SSR标记开发 139
实验二十四 SSR位点开发 139
实验二十五 SSR引物设计 140
实验二十六 基因组DNA提取 143
实验二十七 琼脂糖凝胶电泳 145
实验二十八 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 147
实验二十九 SSR数据统计 149
实验三十 SSR数据分析 155
第三篇 实践篇 161
一、金银花转录组与质量评价标记筛选 161
二、地黄根部转录组文库的构建及响应连作障碍关键基因的筛选 174
三、比较转录组学和代谢组学相结合研究丹参酮生物合成分子机制 186
四、罗汉果果实转录组测序的研究 209
五、基于转录组测序揭示适度干旱胁迫对甘草根基因表达的调控 222
六、基于黄芩cDNA文库的功能EST-SSR标记开发 236
七、茯苓转录组SSR序列特征及其功能预测 255
八、川西獐牙菜（藏茵陈）转录组SSR信息分析 268
九、厚朴MVA途径相关基因鉴定及生物信息学分析 288
十、三七香叶基香叶基焦磷酸合酶基因的克隆及表达分析 301