第一部分 动物分类学初步 3
第1章 动物分类学简史 3
1.1 林奈之前 4
1.2 林奈与布丰 6
1.3 拉马克与居维叶及其他学者 7
1.4 达尔文与华莱士 8
1.5 迈尔与亨尼希 9
1.6 分支分类学派、进化分类学派与数值分类学派 11
1.7 今天的动物分类学 12
第2章 系统学的项目设计、样本采集与保存 14
2.1 针对问题的形态特征或分子标记选取 14
2.1.1 种群结构研究 14
2.1.2 种间界限与种群间杂交研究 15
2.1.3 高级阶元系统发育研究 15
2.2 针对类群行为特点的采集方法 16
2.2.1 采集策略 16
2.2.2 采集方法 16
2.3 针对个体结构特点的保存方法 19
第二部分 动物分类学的经典内容和α分类的新内容第3章 《国际动物命名法规》第四版概述 23
3.1 双名法及若干相关问题 24
3.2 《法规》对于电子出版物的态度 24
3.3 可用名 25
3.4 优先权和有效名 26
3.5 各阶元的名称构成及使用 27
3.5.1 科级分类单元 27
3.5.2 属级分类单元 27
3.5.3 种级分类单元 28
3.6 异名关系 30
3.7 同名关系 31
3.8 模式 33
3.8.1 科级分类单元 33
3.8.2 属级分类单元 34
3.8.3 种级分类单元 36
3.9 展望 38
第4章 动物分类学的经典工作内容 40
4.1 鉴定 40
4.2 描述、绘图和照相 42
4.3 修订及新命名分类单元的记述 43
4.4 阶元层级与分类系统 44
4.5 检索表 45
4.6 地理分布 46
第5章 形态学新技术的引入 48
5.1 数字化绘图 48
5.2 电子显微镜 50
5.3 激光共聚焦显微镜 52
5.4 微型断层扫描 54
5.5 几何形态学 55
5.6 全形态 56
5.7 分类学的网络化时代 57
第6章 无法统一的物种概念 60
6.1 生物学类的物种概念 62
6.2 生物学物种概念在现实中的困难 62
6.3 系统发育类的物种概念 63
第7章 分子鉴定：DNA条形编码 68
7.1 标记的选定 69
7.2 鉴定的算法 72
7.3 结果的采用 72
7.4 BOLD数据库规范简介 73
7.4.1 项目立项的规范 73
7.4.2 数据提交的规范 73
7.5 DNA条形码能否助力谱系物种概念和谱系命名法规？ 74
7.5.1 谱系命名法规概述 74
7.5.2 Barcoding、PSC和Phylocode 75
7.6 转基因生物与合成生物学 76
第三部分 生物地理学概述第8章 物种形成：种群遗传和地理 81
8.1 种化方式与地理之间的关系 81
8.2 种群遗传分异与生态因素的协同 83
8.3 种群遗传动态 83
第9章 物种地理分布格局：地质与生态 87
9.1 物种分异与地质历史的协同 87
9.1.1 第四纪及其之前的历史梗概 87
9.1.2 第四纪冰期与间冰期 90
9.1.3 人类的扩散迁移及其影响 92
9.2 阶元级别与分布格局形成机制的解释 96
9.2.1 扩散理论 96
9.2.2 泛生物地理学 96
9.2.3 分支生物地理学 97
9.3 生态因子对物种分布的限制 99
第四部分 系统发育 105
第10章 系统发育系统学与分支分析 105
10.1 相似与同源 105
10.2 类群相关概念 106
10.3 特征相关概念 107
10.3.1 性状选取与性状状态 107
10.3.2 性状评价与性状加权 108
10.3.3 性状的区分 109
10.4 树图相关概念 109
10.4.1 Hennig论证 110
10.4.2 简约原则与树长 110
10.4.3 树的搜索 111
10.4.4 树的合意 112
10.4.5 树的评价与检验 112
10.4.6 若干问题 113
10.5 主干种 114
10.6 分支图与分类系统 115
10.6.1 Hennig的同等级别法 116
10.6.2 Wiley等（1991）提出的三个规则 116
10.6.3 9个约定 116
10.7 树的其他用途 117
10.8 分子系统发育 117
10.9 不同信息来源结果的整合 119
10.9.1 古DNA和古蛋白质 119
10.9.2 超级树 120
10.10 基于形态信息与基于分子信息的分支分析研究 121
第11章 分子系统学的实验部分 128
11.1 核酸提取 129
11.1.1 DNA的提取 130
11.1.2 线粒体基因组的纯化分离 134
11.1.3 RNA的提取 135
11.2 PCR技术、纯化回收与克隆 137
11.2.1 一般的PCR 139
11.2.2 巢式PCR 141
11.2.3 增效PCR 142
11.2.4 TAIL-PCR 142
11.2.5 反转录PCR 143
11.2.6 长PCR 144
11.2.7 纯化回收与克隆 145
11.3 序列测定与拼接和申报 147
11.3.1 Sanger法测序原理 147
11.3.2 短片段直接测序 148
11.3.3 高通量测序 148
11.3.4 单分子测序 150
11.3.5 序列拼接和申报 151
第12章 分子系统学的生物信息学部分 153
12.1 序列数据库建立 153
12.1.1 序列数据的收集 153
12.1.2 标本信息与序列信息的整合 153
12.2 序列格式与转换 154
12.2.1 序列格式类型 154
12.2.2 常用的转换软件 155
12.3 线粒体基因组分析 155
12.3.1 动物线粒体基因组简况 156
12.3.2 蛋白质编码基因、rDNA和tRNA 156
12.4 EST与核基因组分析 156
12.4.1 EST 157
12.4.2 核基因组 158
12.5 短片段序列比对 160
12.5.1 短片段序列比对的一般方案 161
12.5.2 空位的问题以及POY软件所做的比对 163
12.5.3 蛋白质编码基因的手工比对 163
12.6 rRNA二级结构分析与应用 164
12.6.1 RNA二级结构模型的手动构建 164
12.6.2 RNA二级结构的热力学运算与结果合意 165
12.6.3 tRNA的二级结构及应用 165
12.6.4 rDNA内含子与长度变异区段 165
12.6.5 基于rRNA二级结构的rDNA手工比对 167
12.6.6 长度变异和插入缺失作为共有衍征 167
第13章 分子系统学的建树原则与算法 175
13.1 最大简约法真的缺少模型么？ 175
13.1.1 最大简约法与优化式简约 177
13.1.2 布莱默支持指数 178
13.2 最大似然法与进化模型 179
13.2.1 似然原则与最大似然法 179
13.2.2 分子序列进化模型的类型 180
13.2.3 碱基替换模型的确定 180
13.2.4 rRNA二级结构中的碱基对替换模型 181
13.2.5 氨基酸替换模型 183
13.3 贝叶斯分析及其并行化 183
13.3.1 实现贝叶斯分析的原理 184
13.3.2 贝叶斯分析的并行化 186
13.4 数据不相合性检测 187
13.5 系统误差与随机误差 188
13.6 一个老套却仍然现实的问题：联合还是合意？ 189
第五部分 形态进化的分子系统学思考第14章 分子钟与中性进化 197
14.1 分子钟 197
14.1.1 模型与检验 197
14.1.2 在形态进化研究中的应用 198
14.2 中性进化 198
14.2.1 模型与检验 198
14.2.2 在形态进化研究中的应用 200
第15章 进化发育：分子与形态之间的桥梁 202
15.1 生物发生律与冯贝尔法则 202
15.2 动物身体模式的建成 203
15.3 与局部形态相关的基因 205
15.4 无中生有：有希望的怪物 206
15.5 有中生有：结构演化与新功能 206
15.6 表观遗传 207
15.7 个体发育与系统发育 207
15.8 发育或形态特征作为共有衍征 208
15.9 原位杂交简介 208