第一章 “计算机辅助药物设计”与MOE概貌 1
一、导言 1
二、“计算机辅助药物设计”概貌 2
三、MOE概貌 6
四、知识拓展 9
五、本章小结 10
六、复习思考题 10
第二章 虚拟组合库设计 11
一、虚拟组合库设计的运用 11
二、组合化学与虚拟组合库设计 11
三、虚拟组合库设计方法原理 12
四、虚拟组合库设计的操作要领 17
五、知识拓展 43
六、本章小结 45
七、复习思考题 45
第三章 生物大分子结构预测 46
一、生物大分子结构预测的运用 46
二、生物大分子结构测定与生物大分子结构预测 46
三、生物大分子结构预测的方法原理 47
四、同源模建的操作要领 48
五、知识拓展 57
六、本章小结 61
七、复习思考题 61
第四章 定量构效关系 62
一、定量构效关系的运用 62
二、构效关系与定量构效关系 62
三、定量构效关系的方法原理 63
四、定量构效关系的操作要领 65
五、知识拓展 82
六、本章小结 88
七、复习思考题 88
第五章 药效团模型 89
一、药效团模型的运用 89
二、活性特征基团和药效团 89
三、药效团模型的方法原理 89
四、药效团模型的操作要领 93
五、知识拓展 125
六、本章小结 127
七、复习思考题 127
第六章 分子对接 128
一、分子对接的运用 128
二、分子（生化）水平的高通量筛选技术和分子对接 128
三、分子对接的方法原理 128
四、分子对接的操作要领 133
五、知识拓展 139
六、本章小结 140
七、复习思考题 140
第七章 全新药物设计 141
一、全新药物设计的运用 141
二、片段组学（基于片段的药物设计）和全新药物设计 141
三、全新药物设计的方法原理 142
四、全新药物设计的操作要领 151
五、知识拓展 167
六、本章小结 168
七、复习思考题 168
第八章 分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛 169
一、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的运用 169
二、体系全部性质测定和分子动力学／随机动力学／蒙特卡洛 169
三、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的方法原理 170
四、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的操作要领 177
五、知识拓展 186
六、本章小结 187
七、复习思考题 187
第九章 MOE中其他实用模块 188
一、蛋白-配体相互作用指纹 188
二、大分子质子化 199
三、抗体同源模建 202
四、知识拓展 207
五、本章小结 211
六、复习思考题 212
参考文献 213