第一章 小核酸药物的研发 1
1 小核酸药物 1
1.1 反义寡核苷酸 1
1.2 三链DNA技术 2
1.3 CpG寡核苷酸 2
1.4 Aptamer技术 3
1.5 Decoy技术 3
1.6 核酶 4
1.7 siRNA药物 5
1.8 microRNA药物 5
2 小核酸药物研发 6
2.1 小核酸药物的研究阶段 7
2.2 小核酸药物的开发和产业化阶段 7
2.3 小核酸药物的商业化阶段 8
3 生物技术药物产业化 8
参考文献 9
第二章 反义寡核苷酸药物开发技术 12
1 引言 12
2 反义寡核苷酸的作用机理 13
2.1 水解靶标mRNA 13
2.2 调节前体mRNA的剪接 14
2.3 阻断蛋白质的翻译 15
2.4 切除mRNA5’端帽子结构 16
2.5 调节mRNA多聚腺苷酸化位点 17
3 反义寡核苷酸的化学修饰 18
3.1 寡核苷酸化学修饰的种类 18
3.2 寡核苷酸药物化学修饰的应用和创新 24
4 反义寡核苷酸的药物传递 24
4.1 脂质体介导的递送方法 25
4.2 特异受体的配体导向递送方法 26
4.3 纳米粒介导的递送方法 27
5 反义寡核苷酸的应用 27
5.1 利用反义寡核苷酸研究基因功能 27
5.2 反义寡核苷酸在肿瘤治疗中的应用 32
6 反义寡核苷酸药物开发现状 34
参考文献 38
第三章 三链核酸 41
1 三链DNA的结构 41
2 三链DNA的设计与合成 44
3 三链DNA的应用 45
3.1 顺向嘧啶（TC）寡核苷酸的识别效应 46
3.2 反向嘌呤（G、GA、GT）寡核苷酸的识别效应 46
3.3 识别TA断点的寡核苷酸 48
3.4 识别CG和TA断点同时存在的寡核苷酸 49
3.5 前景及预测 50
参考文献 50
第四章 CpG寡核苷酸与免疫调节 52
1 CpG结构特征 53
2 CpG ODN的免疫学活性 54
3 CpG ODN的应用 55
3.1 CpG ODN抗肿瘤的研究 55
3.2 CpG ODN抗感染的研究 56
3.3 CpG ODN作为疫苗佐剂的研究 57
3.4 前景与问题 58
参考文献 58
第五章 Aptamer技术 61
1 适配子的筛选 61
1.1 SELEX技术的基本原理和过程 61
1.2 SELEX技术的特点 63
1.3 SELEX技术的完善 63
2 适配子的特点 64
2.1 适配子的优点 64
2.2 适配子与抗体 65
3 适配子在治疗方面的应用 66
3.1 抗凝血 66
3.2 抑制血管生成 68
3.3 免疫调节 68
3.4 抗病毒 70
3.5 炎症治疗 70
3.6 抑制增殖 71
4 适配子在肿瘤学方面的应用 72
4.1 肿瘤诊断 72
4.2 肿瘤治疗 73
5 适配子在其他方面的应用 75
5.1 生物传感器 75
5.2 适配子技术与纳米技术的结合 76
5.3 适配子在环境毒理学中的应用 77
5.4 小结 78
参考文献 79
第六章 Decoy技术 83
1 转录因子decoy策略的概念及作用原理 83
2 转录因子decoy的化学修饰 84
3 转录因子decoy的优点 84
4 转录因子decoy的应用进展 84
4.1 E2F decoy 85
4.2 NF-kappaB decoy 86
4.3 AP-1 decoy 88
4.4 STAT3 decoy 89
4.5 CRE-decoy 90
4.6 Sp1-decoy 91
4.7 Egr-1 decoy 91
5 Decoy技术应用前景及存在的主要问题 92
参考文献 92
第七章 核酶 98
1 核酶 99
1.1 Ⅰ型内含子 99
1.2 Ⅱ型内含子 102
1.3 RNase P 105
1.4 锤头型核酶 107
1.5 发夹型核酶 110
1.6 HDV核酶 111
1.7 VS核酶 112
2 核酶的应用 114
2.1 抗肿瘤血管生成 114
2.2 AIDS的治疗 116
2.3 病毒性肝炎基因治疗研究 123
2.4 小结 123
参考文献 124
第八章 siRNA药物开发技术 132
1 siRNA的原理和作用机制 132
1.1 RNAi的分子机制 132
1.2 siRNA的设计原则 133
1.3 siRNA的合成方法 134
2 siRNA的应用 136
2.1 基础医学 136
2.2 siRNA在药物研究中的应用 137
2.3 siRNA在临床医学研究中的应用 139
2.4 前景及问题 141
参考文献 141
第九章 microRNA药物开发技术 144
1 microRNA的生物合成和作用机制 145
1.1 microRNA的生物合成 145
1.2 microRNA的作用机制 146
2 microRNA在疾病发生中的作用 146
2.1 microRNA与肿瘤 148
2.2 microRNA与其他疾病 151
3 microRNA在疾病治疗中的应用 152
3.1 高表达的microRNA与疾病的治疗 153
3.2 低表达的microRNA与疾病的治疗 155
4 microRNA核酸药物的应用前景及存在的主要问题 156
参考文献 156
第十章 生物芯片技术在药物开发中的应用 163
1 生物芯片的概念 163
1.1 基因芯片 164
1.2 蛋白质芯片 165
1.3 组织芯片 165
1.4 芯片实验室 166
2 生物芯片技术在药物开发中的应用 167
2.1 基因芯片技术的应用 167
2.2 蛋白质芯片在药物开发中的作用 172
2.3 组织芯片在药物开发中的作用 176
2.4 芯片实验室在药物开发中的作用 176
3 结语 178
参考文献 178
第十一章 蛋白质组学与药物开发 180
1 蛋白质组学 180
2 蛋白质组学简介 180
2.1 蛋白质组学产生的科学背景 180
2.2 蛋白质组学的概念 181
2.3 国际蛋白质组学计划 185
2.4 中国的肝脏蛋白质组计划 186
3 蛋白质组学的研究内容 187
3.1 研究内容 188
3.2 研究方法 188
3.3 研究技术 189
4 蛋白质组学的应用及意义 191
4.1 蛋白质组学的应用 191
4.2 蛋白质组研究的意义 195
5 蛋白质组学发展现状趋势与展望 197
5.1 趋势与展望 197
5.2 中国蛋白质组学的现状与趋势 199
参考文献 199
第十二章 代谢组学与药物开发 202
1 代谢组与代谢组学定义 202
2 代谢组学与基因组学、转录组学和蛋白质组学 203
3 代谢组学的研究方法 204
4 代谢组学分析技术 205
4.1 核磁共振技术 205
4.2 色谱与质谱联用技术 206
4.3 色谱-核磁-质谱联仪法 208
4.4 代谢组数据分析 208
5 代谢组学在医药研究中的应用 209
5.1 在功能基因组研究中的应用 209
5.2 在疾病诊断研究中的应用 210
5.3 在药物研发中的应用 210
5.4 在中医药研究中的应用 211
5.5 展望 212
参考文献 212
第十三章 生物信息学与药物开发 214
1 生物信息学简介 214
1.1 历史背景 214
1.2 研究范围 219
1.3 生物数据库 223
2 生物信息与医药应用 233
2.1 生物靶标 233
2.2 通路与网络 236
2.3 生物信息综合分析应用 239
2.4 药物开发 241
参考文献 242
第十四章 系统生物学在药物开发和中医药现代化中的作用 245
1 系统生物学 246
1.1 系统生物学思维方法 246
1.2 系统生物学的基本工作流程 246
1.3 系统生物学的基本特点 248
2 系统生物学与药物开发 250
2.1 实验方法 251
2.2 数据分析和途径信息学 251
2.3 文献挖掘 251
2.4 数学建模 252
3 系统生物学与中医药现代化 252
3.1 中医理论与系统生物学的共同语言 252
3.2 系统生物学是中西医结合的创新平台 255
3.3 系统生物学展望 256
参考文献 256