1 基因拷贝数量变化的高精度分析 1
1.1 简介 1
1.2 方法和途径 2
1.2.1 寡核苷酸比较基因组杂交（acGH）芯片 2
1.2.2 单核苷酸多态性比较基因组杂交（aCGH）芯片 13
1.2.3 多重连接探针扩增 17
1.3 疑难解答 25
参考文献 26
2 遗传图谱中的多态性标记识别 29
2.1 简介 29
2.2 方法和途径 30
2.2.1 基因变异的知识库 30
2.2.2 基因变异的靶向重测序 31
2.3 疑难解答 40
2.3.1 引物设计 40
2.3.2 PCR扩增 41
2.3.3 二进制文件的使用 41
2.3.4 Phred/Phrap软件 41
参考文献 41
3 基于SNP芯片的基因分型和杂合性缺失分析 44
3.1 简介 44
3.2 方法和途径 44
3.2.1 芯片 44
3.2.2 基因分型 45
3.2.3 连锁关联分析 45
3.2.4 甲醛固定石蜡包埋组织 46
3.2.5 杂合性缺失 52
3.3 疑难解答 56
参考文献 57
4 复杂性状的基因定位 60
4.1 简介 60
4.2 方法和途径 61
4.2.1 关联分析方法：随机样本 61
4.2.2 关联方法：基于家系样本 72
4.2.3 连锁分析：使用LOD值作为参数的分析方法 73
4.2.4 连锁分析：非参数方法 74
4.2.5 总结 75
4.3 疑难解答 75
4.3.1 合并数据集 75
参考文献 76
5 针对单细胞敏感性的RNA扩增技术 82
5.1 简介 82
5.1.1 RNA扩增的目的 82
5.1.2 扩增的方法 84
5.2 方法和途径 89
5.2.1 T7RNA聚合酶的体外转录 89
5.2.2 全局RT-PCR 96
5.3 疑难解答 103
参考文献 104
6 表达谱分析的实时定量聚合酶链反应技术 107
6.1 简介 107
6.2 方法和途径 108
6.2.1 样本筛选 108
6.2.2 提取RNA 109
6.2.3 临床样本和环境样本 112
6.2.4 逆转录 114
6.2.5 SYBR Green I染料检测的荧光定量PCR 118
6.2.6 寡核苷酸探针标记的定量PCR 122
6.2.7 定量方法 124
6.2.8 实时定量PCR的标准化 127
6.3 疑难解答 127
6.3.1 束扩增、扩增量少、扩增起步晚 127
6.3.2 缺少模板组或阴性对照组 130
6.3.3 无逆转录酶对照组 130
6.3.4 形成引物二聚体 131
6.3.5 SYBR Green I溶解曲线出现多峰 131
6.3.6 在样本重复实验3次，至少5倍对数稀释情况下，相关系数＜0.98，其标准曲线不可信 131
6.3.7 不稳定的扩增曲线图或大幅度的井间变化 131
参考文献 132
7 哺乳动物细胞中的基因表达 137
7.1 简介 137
7.1.1 人工染色体和转基因技术 138
7.1.2 基因转移和表达 139
7.1.3 位置效应和核染色质 139
7.1.4 组织特异性调控元件 139
7 1.5 持续表达和染色质绝缘体 139
7.2 方法和途径 140
7.2.1 哺乳动物细胞的位点特异性染色体重组 140
7.2.2 质粒要求 142
7.2.3 染色体转移 144
7.3 疑难解答 149
参考文献 149
8 酵母双杂交在分析大量蛋白质相互作用中的应用 152
8.1 概述 152
8.2 方法和途径 154
8.2.1 建立大量“诱饵”或“猎物”蛋白克隆 154
8.2.2 生成兼容性重组插入用于缺口修复克隆 156
8.2.3 缺口修复反应 157
8.2.4 阳性转化株鉴定 159
8.2.5 酵母菌落PCR 159
8.2.6 “诱饵”与“猎物”克隆自激活检测 161
8.2.7 靶向矩阵法Y2H筛选 162
8.3 疑难解答 166
参考文献 166
9 蛋白质功能预测 168
9.1 引言 168
9.2 方法和途径 168
9.2.1 注释策略 169
9.2.2 多个蛋白质识别系统的应用 171
9.2.3 序列同源性 172
9.2.4 系统发生关系 175
9.2.5 序列衍生的功能和化学性质 177
9.2.6 蛋白质-蛋白质相互作用图谱 178
9.3 故障排查 180
参考文献 181
10 通过基因工程小鼠阐释基因功能 186
10.1 引言 186
10.2 方法和途径 187
10.2.1 小鼠目标基因剔除原理 187
10.2.2 小鼠基因打靶策略 189
10.2.3 通过重组工程从BAC中获得DNA 191
10.2.4 胚胎干细胞和胚胎成纤维细胞培养 195
10.2.5 嵌合体配对和下游的应用 215
10.3 疑难解答 216
参考文献 217
11 基因转移的载体系统 220
11.1 引言 220
11.2 方法和途径 220
11.2.1 理想的基因治疗载体 220
11.2.2 质粒设计 222
11.2.3 病毒载体 222
11.2.4 非病毒DNA载体 232
11.2.5 鉴定非病毒载体的物理性质 235
11.2.6 优化体外基因传递 236
11.2.7 优化方案 239
11.2.8 报告基因和分析 240
11.2.9 细胞毒性分析 240
11.2.10 非病毒载体的未来发展 240
11.3 疑难解答 241
11.3.1 一般问题 241
参考文献 242
12 基因治疗策略：构建AAV特洛伊木马 249
12.1 简介 249
12.1.1 基因治疗的常规策略：基本方法 249
12.1.2 基因治疗策略：基因转染细胞 253
12.1.3 病毒载体 254
12.1.4 重组AAV病毒的生产、纯化和滴度检测 256
12.2 方法和途径 257
12.3 疑难解答 267
参考文献 267
13 蛋白质组学技术简介 270
13.1 简介 270
13.2 方法和途径 271
13.2.1 基于凝胶的策略 271
13.2.2 LC/MS策略 274
13.2.3 基质辅助激光解吸电离（MALDI）成像和概览 276
13.3 故障诊断 277
13.3.1 若干分解出来的特征和修饰 277
13.3.2 样品消耗、蛋白质识别及覆盖深度 278
13.3.3 统计强度 279
13.3.4 结论 279
参考文献 280
索引 284