第一章 芽胞杆菌分类学历史 1
第一节 微生物分类学的起源 1
一、概述 1
二、显微镜的发明与应用 1
三、微生物学的发展 2
四、细菌的发现 4
五、生物分类学的发展 5
六、细菌分类学的起源 6
第二节 芽胞杆菌分类学的起源与发展 9
一、芽胞杆菌分类学的起源 9
二、芽胞杆菌分类奠基人——费迪南德·朱利叶斯·科恩 10
三、芽胞杆菌的特征描述 11
第二章 芽胞杆菌分类学方法 13
第一节 芽胞杆菌分类学文献 13
一、细菌分类学三个里程碑 13
二、伯杰氏鉴定细菌学手册 13
三、伯杰氏系统细菌学手册（第一版） 14
四、伯杰氏系统细菌学手册（第二版） 16
第二节 芽胞杆菌种类命名 19
一、芽胞杆菌分类学名词 19
二、芽胞杆菌分类学名称 20
三、芽胞杆菌学术命名 22
四、芽胞杆菌模式菌株 23
五、芽胞杆菌分类的相关文献 24
六、芽胞杆菌新种发表 38
七、芽胞杆菌新种发表实例 39
第三节 芽胞杆菌资源描述规范 55
一、芽胞杆菌资源描述规范术语和定义 55
二、芽胞杆菌菌种资源基本信息 55
三、芽胞杆菌菌种特征描述信息 57
第四节 芽胞杆菌分类学方法 58
一、芽胞杆菌传统分类学方法 58
二、芽胞杆菌现代分类学方法 60
第五节 芽胞杆菌新种发现与发表 65
一、国际芽胞杆菌新种的发现 65
二、我国芽胞杆菌新种的发现 68
第三章 芽胞杆菌分类系统演化 71
第一节 芽胞杆菌分类系统建立 71
一、芽胞杆菌属分类系统的研究 71
二、芽胞杆菌近缘属分类系统的研究 71
三、非芽胞杆菌科分类系统的研究 71
第二节 芽胞杆菌类群的划分 73
一、基于表型的芽胞杆菌类群划分 73
二、基于16S rRNA序列分类的芽胞杆菌类群划分 78
第三节 芽胞杆菌近缘属的分化 80
一、芽胞杆菌近缘属分化依据 80
二、芽胞杆菌属分化结果 81
第四节 芽胞杆菌分类系统演变 87
一、原核生物系统发育对芽胞杆菌属分类系统演替的影响 87
二、芽胞杆菌系统发育的演替与进化 89
三、芽胞杆菌分类与鉴定思路 90
第五节 芽胞杆菌分类系统沿革 93
一、厚壁菌门分类系统沿革 93
二、芽胞杆菌纲分类系统沿革 93
三、芽胞杆菌目分类系统沿革 93
四、《伯杰氏系统细菌学手册》芽胞杆菌相关属变动 98
五、芽胞杆菌种属分类地位变动 99
第四章 芽胞杆菌分类学特性 135
第一节 芽胞杆菌表型分类学特性 135
一、芽胞杆菌经典分类学方法 135
二、芽胞杆菌表型形态观察实例 135
三、芽胞杆菌生理生化特性的聚类分析 138
四、讨论 141
第二节 芽胞杆菌分子分类学特性 141
一、芽胞杆菌的分子分类 141
二、芽胞杆菌分子分类学研究方法 142
三、芽胞杆菌的16S rRNA聚类分析 144
四、讨论 146
第三节 芽胞杆菌脂肪酸分类学特性 147
一、芽胞杆菌脂肪酸特性 147
二、芽胞杆菌脂肪酸分类学研究方法 148
三、芽胞杆菌种类主要脂肪酸组成 149
四、芽胞杆菌脂肪酸特性分析 164
五、讨论 167
第五章 芽胞杆菌的系统发育 170
第一节 基于脂肪酸生物标记芽胞杆菌的系统发育 170
一、概述 170
二、研究方法 171
三、芽胞杆菌属种类的脂肪酸生物标记分布特性 175
四、基于脂肪酸生物标记的芽胞杆菌属系统发育分析 183
五、讨论 188
第二节 基于全基因组芽胞杆菌系统发育 192
一、概述 192
二、研究方法 193
三、芽胞杆菌属间ANI值分布情况 195
四、芽胞杆菌种间ANI值分布情况 195
五、芽胞杆菌亚种间ANI分布情况 196
六、ANI值与基因四核苷酸回归系数的相关性 199
七、讨论 203
第三节 基于物质组学芽胞杆菌系统发育 204
一、概述 204
二、研究方法 205
三、芽胞杆菌物质组学分析 206
四、基于物质组学芽胞杆菌系统发育 206
五、讨论 210
第六章 芽胞杆菌近缘属种类描述 212
第一节 芽胞杆菌科 212
一、芽胞杆菌属 212
二、好氧芽胞杆菌属 494
三、碱芽胞杆菌属 495
四、别样芽胞杆菌属 504
五、交替芽胞杆菌属 506
六、兼性芽胞杆菌属 509
七、厌氧芽胞杆菌属 521
八、无氧芽胞杆菌属 525
九、水芽胞杆菌属 551
十、居盐水芽胞杆菌属 557
十一、热碱芽胞杆菌属 559
十二、热芽胞杆菌属 561
十三、樱桃样芽胞杆菌属 563
十四、堆肥芽胞杆菌属 565
十五、房间芽胞杆菌属 566
十六、假芽胞杆菌属 570
十七、虚构芽胞杆菌属 572
十八、线芽胞杆菌属 584
十九、地芽胞杆菌属 585
二十、纤细芽胞杆菌属 604
二十一、喜盐碱芽胞杆菌属 625
二十二、喜盐芽胞杆菌属 626
二十三、盐乳芽胞杆菌属 651
二十四、解氢芽胞杆菌属 655
二十五、吉林芽胞杆菌属 656
二十六、慢生芽胞杆菌属 658
二十七、赖氨酸芽胞杆菌属 671
二十八、高钠芽胞杆菌属 696
二十九、嗜碱芽胞杆菌属 697
三十、大洋芽胞杆菌属 699
三十一、鸟氨酸芽胞杆菌属 726
三十二、海境芽胞杆菌属 735
三十三、少盐芽胞杆菌属 738
三十四、鱼芽胞杆菌属 740
三十五、海芽胞杆菌属 743
三十六、假纤细芽胞杆菌属 750
三十七、嗜冷芽胞杆菌属 752
三十八、盐渍芽胞杆菌属 756
三十九、居盐土芽胞杆菌属 760
四十、栖盐水芽胞杆菌属 761
四十一、沉积物芽胞杆菌属 764
四十二、中华芽胞杆菌属 767
四十三、易弯盐芽胞杆菌属 768
四十四、细纤芽胞杆菌属 770
四十五、微温芽胞杆菌属 773
四十六、土地芽胞杆菌属 774
四十七、德斯科科芽胞杆菌属 780
四十八、深海芽胞杆菌属 782
四十九、高温长型芽胞杆菌 788
五十、枝芽胞杆菌属 791
五十一、火山芽胞杆菌属 829
第二节 脂环酸芽胞杆菌科 830
五十二、脂环酸芽胞杆菌属 830
五十三、多变芽胞杆菌属 856
五十四、硫化芽胞杆菌属 860
五十五、膨胀芽胞杆菌属 865
第三节 类芽胞杆菌科 869
五十六、氨芽胞杆菌属 869
五十七、类芽胞杆菌属 870
五十八、解硫胺素芽胞杆菌属 1096
五十九、短芽胞杆菌属 1105
六十、溪苔芽胞杆菌属 1129
六十一、糖芽胞杆菌属 1134
六十二、热芽胞杆菌属 1137
第四节 动球菌科 1139
六十三、咸海鲜芽胞杆菌属 1139
六十四、鲁梅尔芽胞杆菌属 1148
六十五、土壤芽胞杆菌属 1152
六十六、尿素芽胞杆菌属 1154
六十七、绿芽胞杆菌属 1160
第五节 芽胞乳杆菌科 1164
六十八、芽胞乳杆菌属 1165
六十九、解支链淀粉芽胞杆菌属 1173
七十、火山渣芽胞杆菌属 1176
七十一、肿块芽胞杆菌属 1177
参考文献 1179
索引 1216