第1章自噬分子机制概述 1
1.1引言 1
1.2自噬的分子机制 3
1.2.1自噬的诱导和调节 3
1.2.2 Cvt途径和其他具有选择性的自噬类型 7
1.2.3磷脂酰肌醇-3-激酶复合物 10
1.2.4两种泛素样蛋白质缀合系统（conjugation system） 11
1.2.5 Atg9及其循环系统 13
1.2.6囊泡的从头形成 14
1.2.7囊泡与液泡的对接和融合 16
1.2.8囊泡分解以及所产生大分子的循环利用 16
1.3结论 17
参考文献 17
第2章大自噬的信号传导及调节 24
2.1引言 25
2.2信号传导通路 26
2.2.1TOR依赖的信号传导通路 26
2.2.2 mTOR非依赖的通路 29
2.2.3其他通路 29
2.3自噬体的形成 31
2.3.1 Atg1及其作用伴侣 32
2.3.2 Atg6/Beclin 1 32
2.3.3 Atg蛋白的翻译后修饰 34
2.3.4 Atg蛋白的转录调节 35
2.3.5细胞骨架 35
2.4成熟步骤 36
2.4.1 晚期自噬的形态学和定义 36
2.4.2成熟事件的调节 36
2.4.3自噬体的信号传导和成熟 38
2.5如何调控自噬 38
2.6结论 40
参考文献 40
第3章自噬的生理功能 50
3.1 引言 50
3.2自噬的生理功能 51
3.2.1氨基酸池的维持 51
3.2.2细胞内质量控制（quality control） 51
3.2.3自噬选择性降解 52
3.2.4发育和细胞死亡 53
3.2.5肿瘤抑制 5
3.2.6抗衰老 54
3.3结论 55
参考文献 55
第4章自噬与淋巴细胞稳态 60
4.1引言 60
4.2细胞因子和MHC/肽配体对T细胞稳态的调节 61
4.2.1 T细胞稳态中的细胞因子 61
4.2.2T细胞稳态中的TCR - MHC相互作用 61
4.3内源性和外源性凋亡途径对T细胞稳态的调节 62
4.3.1 T细胞稳态中的外源性凋亡途径 62
4.3.2T细胞稳态中的内源性凋亡途径 62
4.4T淋巴细胞中的自噬诱导 63
4.5自噬：在T细胞生存和死亡中的双重作用 64
4.5.1 在体内自噬促进稳定的T细胞生存 65
4.5.2自噬促进T细胞死亡 66
4.5.3自噬作为T细胞中生存和死亡的矛盾介导物 66
4.6T细胞增殖中的自噬 66
4.6.1在T细胞增殖中自噬体的形成 67
4.6.2自噬基因除自噬体形成之外在T细胞增殖中发挥作用 67
4.7 B淋巴细胞中的自噬 68
4.8结论 68
参考文献 69
第5章自噬与固有免疫识别系统 75
5.1 引言 75
5.2自噬与感应病毒：城堡巡逻 76
5.2.1 病毒的固有免疫识别 76
5.2.2自噬通过TLR在病毒的固有免疫识别中发挥作用 77
5.2.3 Atg5/自噬在pDC的TLR9信号传导中的作用 78
5.2.4通过Atg5-Atg12缀合物负调节RLR 78
5.3固有免疫识别、自噬诱导和吞噬作用之间的相互作用：保卫城堡 78
5.3.1吞噬作用 79
5.3.2自噬与吞噬作用的合聚 79
5.4细胞因子反馈：擂响战鼓 81
5.5结束语 81
参考文献 82
第6章自噬在MHC Ⅱ类内源性抗原提呈中的作用 85
6.1引言 85
6.2 MHCⅡ类分子肽配体的来源蛋白 86
6.3细胞内抗原加工到MHCⅡ类蛋白质上 87
6.4大自噬作为MHC Ⅱ类配体的来源 88
6.4.1模式抗原 89
6.4.2肿瘤抗原 90
6.4.3细胞内病原体作为大自噬依赖的MHCⅡ类抗原的来源 90
6.4.4大自噬后自身抗原作为MHC Ⅱ类抗原表位的来源 91
6.4.5专职抗原提呈细胞中的大自噬 91
6.4.6上皮细胞中的大自噬 91
6.5结论 93
参考文献 93
第7章自噬和自噬基因在炎性肠病中的作用 97
7.1引言 97
7.2炎性肠病 98
7.2.1人类炎性肠病的临床表现 98
7.2.2结肠炎小鼠模型 98
7.2.3小肠疾病的小鼠模型 99
7.2.4细菌在炎性肠病中的作用 100
7.3自噬和克罗恩病 101
7.3.1鉴定ATG16L1和IRGM 1为克罗恩病易感基因 101
7.3.2 Atg16L1在自噬中的作用 102
7.3.3 IRGM 1在自噬中的作用 103
7.4自噬在肠生物学中的作用 104
7.4.1检测Atg16L1在体内功能的两个小鼠模型 104
7.4.2 Atg16L1缺失导致炎症反应增强且促炎性细胞因子IL-1 β在巨噬细胞中的表达增加 104
7.4.3 Atg16L1表达降低的小鼠重现克罗恩病的病理表现，揭示Atg16L1在克罗恩病中作用的细胞靶标 105
7.5结论和未来展望 109
参考文献 110
第8章自噬在抵御结核分枝杆菌感染的免疫中的作用：一种研究自噬免疫功能的模型系统 116
8.1引言：自噬作为一种抵抗细菌、原生动物寄生虫和病毒的抗微生物防御机制 116
8.2结核分枝杆菌寄生在宿主巨噬细胞中 117
8.3自噬消除细胞内结核分枝杆菌 118
8.4自噬溶酶体在微生物杀灭中的独特性能 119
8.5自噬是Th1/Th2极化效应物 119
8.6免疫相关GTP酶（IRG）调节抗微生物防御和炎症中的自噬 120
8.7自噬是模式识别受体信号传导的效应物 122
8.8结论和一种模型 124
参考文献 125
第9章自噬在防御胞内细菌的免疫中的作用 130
9.1 自噬作为一种抵抗细菌的免疫防御机制 131
9.2肠道沙门菌鼠伤寒血清型的自噬作用 131
9.2.1沙门菌相关疾病 131
9.2.2鼠伤寒沙门菌在哺乳动物细胞中的细胞内生活模式 132
9.2.3鼠伤寒沙门菌的毒力：Ⅲ型分泌系统及其效应因子 132
9.2.4防御鼠伤寒沙门菌的自噬作用 134
9.2.5胞内鼠伤寒沙门菌的多种命运 134
9.3产单核细胞李斯特菌的自噬 135
9.3.1产单核细胞李斯特菌的相关疾病 135
9.3.2产单核李斯特菌在哺乳动物细胞中的生存模式 135
9.3.3产单核细胞李斯特菌的毒力因子 135
9.3.4产单核细胞李斯特菌的自噬 137
9.3.5宽阔的李斯特菌容纳吞噬体 138
9.3.6不同产单核细胞李斯特菌菌群的多种命运 139
9.4福氏志贺菌和其他胞内菌的自噬作用 139
9.5炎性肠病中的细菌自噬 141
9.6小结 143
参考文献 143
第10章A群链球菌：与自噬的战争中的失败者 149
10.1 A群链球菌对宿主细胞的入侵 149
10.2 A群链球菌从内吞体中的逃逸 150
10.3自噬对A群链球菌的捕获 150
10.4赢家还是输家？ 151
10.5和传统自噬作用的差异 152
10.6金黄色葡萄球菌感染中的自噬 153
10.7结语 154
参考文献 154
第11章细菌对自噬的策反 156
11.1伯内特考克斯体 156
11.1.1细菌形态和抗原变异 156
11.1.2伯内特考克斯体的Ⅳ型分泌系统 157
11.1.3伯内特考克斯体的复制小生境 157
11.1.4自噬途径利于伯内特考克斯体的感染 158
11.2嗜肺军团菌 159
11.2.1嗜肺军团菌产生一种专门的细菌区室 159
11.2.2 do t /icm基因复合体编码的Ⅳ型分泌系统 159
11.2.3嗜肺军团菌对宿主自噬途径的利用 159
11.3金黄色葡萄球菌 160
11.3.1 金黄色葡萄球菌小细胞突变体 160
11.3.2全局调节系统agr和sar 161
11.3.3金黄色葡萄球菌的胞内生存：从吞噬区室中逃逸 161
11.3.4金黄色葡萄球菌对自噬途径的策反 161
11.4龈紫单胞菌 162
11.4.1龈紫单胞菌的胞内生活以及自噬途径 163
11.4.2牙龈菌蛋白酶的作用 163
11.5嗜吞噬细胞无浆体 164
11.5.1嗜吞噬细胞无浆体和自噬途径的相互作用 164
11.5.2自噬途径利于嗜吞噬细胞无浆体的感染 164
11.6流产布鲁杆菌 165
11.6.1流产布鲁菌的胞内小生境 165
11.7结语 166
参考文献 167
第12章刚地弓形虫免疫防御中的自噬作用 171
12.1前言 171
12.2 CD40和刚地弓形虫感染 172
12.2.1 CD40通过空泡-溶酶体融合诱导弓形虫杀灭活性 173
12.2.2 CD40通过自噬作用诱导杀弓形虫活性 173
12.3刚地弓形虫感染中自噬作用的关联性 176
12.4结语 177
参考文献 177
第13章自噬在哺乳动物抗病毒免疫中的作用 181
13.1引言 181
13.2自噬与病毒的战斗 182
13.2.1自噬抵御嗜神经组织病毒的感染 183
13.2.2 HSV-1 183
13.2.3自噬在哺乳动物病毒性疾病中的潜在保护机制 184
13.3病毒实施逃逸策略 187
13.3.1 HSV-1对自噬发动协同攻击 188
13.3.2病毒Bc l-2同系物拮抗宿主自噬 189
13.3.3自噬逃逸作为一种普遍的毒力机制？ 189
13.4结论 190
参考文献 190
第14章有新有旧：植物固有免疫和自噬作用 193
14.1前言 193
14.2自噬在植物发育和衰老中的作用 193
14.3自噬和植物固有免疫 194
14.4自噬限制死亡信号吗？解释HR-PCD调节的一个模型 196
14.5自噬在基础免疫应答过程中的作用 198
14.6植物RNA病毒和叶绿体 198
14.6.1病毒在叶绿体内的生理学后果 199
14.6.2病毒诱导叶绿体向液泡运输：是叶绿体自噬还是被处决的无辜者 199
14.7液泡中植物病毒的清除 201
14.8结语 202
参考文献 202
第15章自噬在HIV诱导的T细胞死亡中的作用 207
15.1引言 207
15.2 HIV复制周期 208
15.3高效抗逆转录病毒治疗和诱导自噬的药物 209
15.4导致免疫缺陷的机制 210
15.5自噬在Env介导的CD4T细胞死亡中的作用 211
15.6自噬在HIV感染的细胞中的作用 212
15.7结论 212
参考文献 213
第16章病毒对细胞自噬途径的策反 218
16.1引言 218
16.2对病毒有利的自噬途径 219
16.3自噬能为病毒做什么？ 220
16.4结论 223
参考文献 224
索引 226