第一章 定义——生命、物种和进化 1
一、何谓“生命”？ 1
二、何谓“物种”？ 4
三、何谓“进化”？ 9
四、直线进化与分支进化 11
五、进化的证据 14
六、进化依然留下许多未解之谜 22
第二章 古代哲学家的朴素生命进化观 24
一、阿那克西曼德——人是从鱼而来 24
二、恩培多克勒——“适者生存，自然选择”思想的萌芽 24
三、亚里士多德——“存在之链”与生存斗争 25
四、列子——类无贵贱 26
五、庄子——万物皆种也，以不同形相禅 27
第三章 启蒙运动时期——不变与进化之激烈交锋 28
一、生物学家施旺麦丹——万物同源，但第一种动物由上帝创造 28
二、外交官和旅行家马耶——物种总在变化，新获得的性状可以遗传 28
三、分类学家林奈——上帝创造基本结构，自然通过杂交填补上帝计划中细节上的空缺 29
四、博物学家布丰——生物因环境变化而变异，并遗传给后代，因此物种可变 31
五、哲学家狄德罗——如果生命是偶然的，那就没有理由保持不变 32
六、博物学家邦尼特——造物主塑造了存在之链上的种源序列 33
七、博物学家罗宾奈——存在之链上只有连续的个体，而没有物种 33
八、哲学家霍尔巴赫——自然规律支配着一切物质的运动和结构，人类也是自然的产物 34
九、哲学家康德——自然界由没有计划的机械力产生出从粗糙的物质到人的存在之链 34
十、诗人歌德——生物同宗说 36
十一、医生伊拉斯谟——上帝设计的生物可自我完善，通过获得性遗传发展出新器官 36
第四章 纷杂的前奏——从拉马克到华莱士 38
一、博物学家拉马克——动态化的存在之链，直线性的种系进化 38
二、解剖学与古生物学家居维叶——器官相关法则，按结构的分类动摇了存在之链 41
三、动物学和胚胎学家塞因特-希莱尔——通过原型分化对（趋异）类型进行统一 42
四、哲学家黑格尔——沿着存在之链进化与流射的统一 43
五、园艺学家马修——没有先前生物的模型或胚种，也可能产生新类型 44
六、发育生物学家冯·贝尔——胚胎发育中留存的演化痕迹 44
七、赖尔——均变论，将连续性引入到创世过程中 45
八、地质学家布赫——环境变化驱动新种从较旧的形态中形成 46
九、业余博物学家钱伯斯——生命通过上帝赋予的冲动和对环境的适应性向人类线性发展 46
十、博物学家奥肯——复杂有机体是纤毛虫的聚合体，结构可缓慢改变 47
十一、动物学和古生物学家欧文——区分“同功”与“同源”结构 47
十二、植物学家和古生物学家翁格尔——所有植物从某个早期植物（通过植物的内部变化）演变而来 48
十三、博物学家华莱士——自然选择理论的共同发现者 48
第五章 进化论的圣歌——逢迎伟大的达尔文 50
一、达尔文进化论的核心——个体变异、生存斗争与自然选择 50
二、新物种如何得以形成？ 53
三、大灭绝——旧类型被新类型排挤的结果 56
四、共同祖先理论 56
五、近亲交配导致衰退 58
六、从不同视角对达尔文进化论的透视 58
第六章 达尔文之后的进化论 61
一、海克尔——“生物发生律” 61
二、直生论——进化的趋势是线性的，但是非适应性的 61
三、德弗里斯——生物进化的“突变论” 62
四、一些哲学家的进化观 63
五、新达尔文主义和综合进化论 66
六、“中心法则”真的是否定获得性遗传的利器吗？ 67
七、分子进化的中性理论 68
八、古生物学家的“间断平衡”理论 73
第七章 对达尔文的物种形成观之解读 75
一、成种的内在条件——连续变异的累积 75
二、成种的外在条件——没有空缺的位置就没有自然选择 77
三、成种的过程——新旧变种更替 78
四、地球上物种的分化趋势——不可能无限增加 79
五、物理性隔离——重要，但未必那么？ 81
六、淡水——安逸的天堂？ 84
第八章 对达尔文进化论之诘难 85
一、自然选择和适者生存——一种定义的循环？ 85
二、来自恩格斯的批评——马尔萨斯的“斗争”是自然选择的唯一手段吗？ 90
三、不是所有的性状都是有用的——达尔文的“相关生长” 91
四、达尔文理论能解释在进化的独立路线中出现相同器官的现象吗？ 91
五、达尔文理论能解释“不可降低的复杂性”吗？ 92
六、进化论——以辩护代替求证的理论？ 93
第九章 变异从何而来？ 95
一、拉马克和达尔文（博物学家）——环境与适应决定变异 95
二、魏斯曼（发育遗传学家）——有性生殖是变异的唯一来源 96
三、柏格森（哲学家）——生命的原始冲动是变异的根本原因 97
四、德弗里斯（遗传学家）——新物种通过突变（而不是微小的连续变异）而形成 97
五、薛定谔（物理学家）——只有突变才能遗传 98
六、遗传突变——复制错误、染色体重组与多倍化 99
七、变异在群体中的保存与扩散——孟德尔的性状分离与自由组合定律 102
八、对种内个体间表型变异之疑惑 103
九、种内个体在分子水平也存在高度变异 104
十、为何存在杂合性？ 106
十一、因果关系之颠倒 109
十二、个体变异性的本质 110
第十章 谁选择？为何选择？选择什么？ 114
一、自然选择概念的历史回顾 114
二、谁选择？为何选择？ 115
三、选择什么？ 118
四、自然选择之我见 126
第十一章 坐什么井观什么天 128
一、月见草与果蝇的随机变异——突变论 128
二、拟态物种的微小变异的连续累积——渐变论 130
三、长颈鹿的脖子、洞穴动物的眼睛及人类的诞生——用进废退，获得性遗传 135
四、“爱尔兰麋鹿”的过度发育——直生论 141
五、“完美”适应或自然选择的代价与命运 142
第十二章 浅尝辄止——谁是谁非？ 145
一、渐变与突变，孰对孰错？ 145
二、随机（偶然）性或目的性？ 146
三、什么才应该是自然选择的真正含义？ 146
四、马尔萨斯的“斗争”对物种分化真的是如此重要吗？ 148
五、生物界之目的性——既有也没有 151
第十三章 自然选择——有无方向？ 154
一、何为“自然”？ 154
二、复杂化vs简化 154
三、何为“进步”或“高等”？ 156
四、为何自然界不同等级生物能够共存？ 159
五、自然选择之方向性——依赖于物种的生态功能与生存环境 161
六、分解者之选择方向性——快速的分解代谢，因此细菌独霸天下 163
七、陆生植物之选择方向性——最大的光能利用，因此群落结构立体化 164
八、海洋藻类之选择方向性——漂浮于表层获得阳光，进化停留于原始微藻 165
九、动物之选择方向性——捕食与被捕食的军备竞赛，虫与花的互惠进化 166
第十四章 物种——缘何如此纷繁？ 169
一、地球上的物种——已知有175万种，以昆虫最多 169
二、物种不断地多样化 170
三、关于物种创造的先人之见 171
四、物种创造的遗传学机制——源自有性生殖物种基因库的反复分裂 172
五、物种创造的生理学机制——氧化环境对物种分化的巨大贡献 173
六、物种创造的生态学机制——生态位的不断创造与细分 175
七、有性生殖物种的分化速率随体积增大而降低 176
八、无性生殖微生物的种类稀少，从公共基因库中组合物种实现快速适应 177
九、体制越简单，可塑性越大，成种速率越快 178
第十五章 划时代的生命三域说——真理or谎言？ 180
一、“三域”说横空出世 180
二、为古菌域“站台” 183
三、醉人的幻想？ 186
第十六章 拉马克主义之还魂——后天是先天的延绵与超越 190
一、分子遗传学家率众“围剿”拉马克主义 190
二、达尔文也曾为拉马克站台 192
三、用一个22代老鼠尾巴的切割实验就能否定获得性遗传吗？ 194
四、“为了要在一边消费，自然就被迫在另一边节约” 194
五、鱼变成人，兽变成鲸——“使用”难道毫无意义？ 195
六、动态特征偶联“用进废退”，而静态特征偶联随机变异 197
七、难道生理适应性就不会留下任何遗传痕迹吗？ 198
八、先天本能vs后天习性 200
九、先天免疫vs后天免疫 202
十、行为印刻（imprinted）——架起“先天”与“后天”连接之桥 202
十一、表观遗传变异——环境对基因表达的可遗传塑造 204
十二、生命=种族的记忆＋个体的学习 205
十三、灵魂缺失——从结构主义俯视进化论 207
第十七章 白云苍狗——“积木”搭建起生命世界 209
一、用质子拼装出各种化学元素 209
二、用小分子模块拼装出生物大分子 210
三、细胞器的内共生起源——将细菌吞噬与同化 213
四、用细胞堆砌出五颜六色的生物个体 214
五、个体发育——用模块搭建躯体 215
六、物种演化与模块重组 218
七、为何模块化？ 222
第十八章 进化之“四因说” 223
一、未竟的综合 223
二、若干进化概念之审读 224
三、演化是一种漫长的生命运动——方向、速率和动因 225
四、进化论：一个理论，一个侧面，一种视角 229
五、进化“四因说” 231
附Ⅰ 揭开遗传密码子的起源之谜——ATP中心假说 235
附Ⅱ 揭开细胞核和“性”的起源之谜 251
漫笔 268
一、进化论——难以求证？ 268
二、综合进化论vs进化“四因说” 269
三、生态位——物种模子？ 270
四、进化——同质性的撕裂？ 271
五、遗传系统为何是核酸与蛋白质配对？ 271
六、为何生命倾向于产生同质性个体？ 272
七、为什么信息？ 272
八、进化如何秉承起源？ 273
主要参考文献 275