第三章科目如下 1
开宗明义、菩提道次第论著、师承等问题 1
依止善知识法门中所出问题 10
关於修与未修间及二种修法要义 39
得依止已修心之次第中於有暇身劝受心 42
要门中所出问题正取心要（摄三士道）共下士道中念死无 45
常法门中所出问题与下士共道中思恶趣苦法门中所出问题 55
与下士共道中皈依三宝法门中所出问题 60
与下士共道中深信业果法门中所出问题 67
与中士共道中即细分出离心法门中所出问题 79
第二章科目如下 98
上士道修心之道次第，即示菩提心修要 98
门中所出问题七因果教授修菩提心法门中所出问题 105
自他相换生起菩提心法门中所出问题 132
以发心轨则受法科目中所出问题 145
发心已於学处须修之相科目中所出问题 149
方便与智慧随学其一不能咸佛所有问题 150
於菩萨学处求学及受菩萨戒程序、菩萨 160
应行应断纲要所有问题学行六度法门中所出问题 162
学行四摄成熟他有情科中所出问题 198
第三章科目如下 200
止观修法即示後二度禅定与智慧法门中所出问题 200
修止法门中所出问题 213
修止法门中离五过修八对治所出问题 216
修止法门中九住心、六力、四作意、成止之量所有问题 223
修观法门中所出问题 231
修观法门申明抉择见目中明染污无明中问题 236
修观法门中明抉择见目中寻求无我见科中问题 250
修观法门中建立世俗、胜义二谛科中问题 285
修观法门中正修观法科中所出问题 311
修观法门中成观之量科中所出问题 340
第四章科目如下 346
密乘无上瑜伽法门中所出少量问题 346