第一章 杆状病毒简介、分类和进化 1
一、杆状病毒的发现历程 1
二、定义不在名字中：命名杆状病毒 3
三、用什么定义杆状病毒？ 4
四、杆状病毒的多样性 6
五、相关病毒 13
参考文献 16
第二章 杆状病毒包涵体和病毒粒子的结构蛋白 21
一、包涵体的进化 21
二、包涵体蛋白 22
三、多角体相关蛋白 26
四、杆状病毒的病毒粒子：囊膜蛋白 27
五、核衣壳的结构 36
六、所有杆状病毒均编码的BV和ODV核衣壳相关蛋白 37
七、宿主蛋白质和蛋白质修饰 42
参考文献 43
第三章 杆状病毒复制周期：对细胞和昆虫的影响 55
一、昆虫的中肠 55
二、两种类型的病毒粒子 57
三、从包涵体到易感的中肠细胞 57
四、进入细胞核 59
五、从细胞出芽形成BV 61
六、引发全身感染的病毒 61
七、参与感染周期的病毒蛋白 64
八、出芽型病毒与细胞内病毒，它们是否存在转变？ 66
九、包埋，病毒感染的最终阶段 67
十、病毒的扩散 68
十一、GV的病理学 69
十二、仅限于中肠感染的病毒：膜翅目和双翅目昆虫的NPV 70
十三、持续的、潜在的、隐蔽的杆状病毒感染 71
参考文献 72
第四章 病毒感染的早期事件：病毒转录 79
一、转录活化子、增强子和宿主RNA聚合酶 79
二、杆状病毒的感染：对宿主细胞基因表达的选择性影响 80
三、杆状病毒的转录级联反应：一种新策略的进化 80
四、转录增强子 81
五、杆状病毒的增强子：同源重复序列（hrs） 82
六、早期基因的一个主要转录活化因子，即刻早期基因1（IE-1,Ac147） 83
七、IE-1结合到hr序列 84
八、调控早期病毒基因转录的RNA聚合酶Ⅱ信号 85
九、杆状病毒的全基因组分析 86
十、早期基因的有序表达 86
十一、其他说明和限制条件 87
参考文献 87
第五章 病毒DNA复制和基因组加工 92
一、病毒DNA复制起始位点的鉴定 92
二、DNA合成的必需基因 93
三、影响DNA复制的其他基因 97
四、杆状病毒的DNA复制基因：缺少了什么？ 99
五、杆状病毒DNA复制的位置：病毒发生基质的形成 100
六、其他的杆状病毒基因：DNA修复的提示 100
七、参与核苷酸生化合成的基因 102
八、杆状病毒的基因组是如何被复制的？ 104
九、基于重组的复制的影响：多个复制起点，共价封闭的环状基因组，以及每个囊膜中含有多个核衣壳 105
十、基因组DNA的加工和包装 105
十一、更多尚未回答的问题 109
参考文献 109
第六章 杆状病毒的晚期转录 117
一、杆状病毒晚期基因的活化 117
二、杆状病毒的晚期启动子元件 117
三、昆虫病毒的RNA聚合酶和包涵体蛋白的超表达 118
四、杆状病毒的RNA聚合酶 120
五、RNA聚合酶的类别 121
六、杆状病毒RNA聚合酶与其他RNA聚合酶的关系 122
七、体外转录实验 125
八、早期和晚期mRNA的终止和聚腺苷化 125
九、极晚期基因的表达 125
十、其他参与晚期转录的基因 126
参考文献 128
第七章 杆状病毒感染：细胞周期与凋亡 132
一、杆状病毒感染和细胞周期 132
二、病毒合成途径：一个“伪”S期或“病毒”S期环境的诱导 134
三、细胞凋亡和杆状病毒感染 134
四、AcMNPV的orf92（p33），细胞凋亡和细胞周期之间的关联？ 139
参考文献 139
第八章 宿主抗性、易感性以及病毒感染对宿主分子生物学的影响 143
一、昆虫免疫系统：血细胞、黑化反应和包囊作用 143
二、宿主细胞对杆状病毒感染的反应：来自蛋白质组学、芯片及表达分析的证据 144
三、调节病毒感染的其他途径 145
四、宿主中肠对杆状病毒感染的抗性 147
五、影响杆状病毒宿主范围的其他因素 147
六、BmNPV和AcMNPV在家蚕和草地贪夜蛾细胞中宿主范围的调查 148
七、全体蛋白质（global protein）合成关闭 149
八、细胞凋亡和杆状病毒感染的特异性 150
参考文献 150
第九章 杆状病毒作为杀虫剂 155
一、感染梨豆毛虫（Anticarsia gemmatalis）的一种NPV：在巴西的应用——一个大挫折 155
二、感染苹果蠹蛾（Cydia pomonella）的一种颗粒体病毒：在北美和欧洲的应用 156
三、感染棉铃虫（Helicoverpa armigera）的一种NPV：在中国的应用 157
参考文献 158
第十章 杆状病毒表达技术：原理与应用 160
一、一些历史 160
二、启动感染：环境的稳定性和昆虫中肠 161
三、双相复制周期的进化允许（病毒）开发利用昆虫系统的生物合成能力 162
四、优化细胞内环境：病毒的RNA聚合酶以及感染晚期大部分病毒和宿主基因的关闭 162
五、极晚期基因（p10和多角体蛋白基因）的激活和转录 162
六、基因拷贝数和未包进衣壳的病毒DNA的作用 163
七、杆状病毒基因表达和生物技术 163
八、总结和结论 163
九、杆状病毒表达技术的应用 164
十、杆状病毒表达蛋白质的翻译后加工 169
参考文献 171
第十一章 杆状病毒、逆转录病毒、DNA转座子（piggyBac）和昆虫细胞 174
一、与杆状病毒相关的游移病毒（逆转录病毒） 175
二、鳞翅目昆虫中的游移病毒 175
三、昆虫逆转录病毒和杆状病毒之间的联系：env基因 176
四、杆状病毒的F蛋白／（游移病毒的env蛋白）的细胞内同源物 177
五、杆状病毒的F蛋白和昆虫逆转录病毒的env蛋白的特点 177
六、昆虫逆转录病毒和杆状病毒的其他关系 178
七、游移病毒具有感染性吗？ 178
八、env是否在游移病毒传染中发挥作用？ 178
九、逆转录因子的入侵和扩增 179
十、是什么阻止逆转录因子不断扩增？ 180
十一、DNA和组蛋白甲基化对转座元件的抑制 180
十二、通过RNA干扰抑制转座元件 180
十三、Argonautes蛋白：具有RNA酶活性的蛋白质，并且对RNA干扰非常重要 181
十四、性腺细胞中转座元件的抑制 181
十五、在果蝇中，flamenco是piRNA的一种来源 181
十六、杆状病毒感染过程中内源性逆转录因子序列的激活 182
十七、piggyBac，来自粉纹夜蛾（Trichoplusia ni）的转座子，最初从杆状病毒分离而来 182
参考文献 184
第十二章 AcMNPV基因组：基因含量、保守性和功能 189
一、AcMNPV基因组数据的调整：大约存在150个开放阅读框 189
二、AcMNPV基因组注释 192
参考文献 229
第十三章 与AcMNPV基因组不同源的部分杆状病毒基因：保守性和功能 255
参考文献 259
第十四章 专业词汇 262
参考文献 265
第十五章 附录 267
附录1 NCBI数据库中已测序的杆状病毒基因组列表 267
附录2 基因组已被测序杆状病毒的昆虫宿主名称 269