第一册 1
序明杨鹤题 1
说明明昱书 5
跋明游士任撰（原缺、由万历四十二年刊本补入） 11
序志磐撰 17
通例 21
目录 41
卷一 教主释迦牟尼佛本纪第一之一 59
卷二 教主释迦牟尼佛本纪第一之二 99
卷三上 教主释迦牟尼佛本纪第一之三上 143
卷三下 教主释迦牟尼佛本纪第一之三下 207
卷四 教主释迦牟尼佛本纪第一之四 265
卷五 西土二十四祖纪第二 303
卷六 东土九祖纪第三之一 365
卷七 东土九祖纪第三之二 429
卷八 兴道下八祖纪第四 451
卷九 诸祖旁出世家第五之一 487
卷十 诸祖旁出世家第五之二（此目依大正藏改标） 535
卷十一 诸师列传第六之一 599
卷十二 诸师列传第六之二 629
卷十三 诸师列传第六之三 651
卷十四 诸师列传第六之四 675
卷十五 诸师列传第六之五 709
卷十六 诸师列传第六之六 749
卷十七 诸师列传第六之七 783
卷十八 诸师列传第六之八 805
卷十九 诸师列传第六之九 823
卷二十 诸师列传第六之十 827
卷二十一 诸师杂传第七 829
卷二十二 未详承嗣传第八 851
卷二十三 历代传教表第九 875
卷二十四 佛祖世系表第十 897
卷二十五 山家教典志第十一 941
卷二十六 净土立教志第十二之一 965
卷二十七 净土立教志第十二之二 1043
卷二十八 净土立教志第十二之三 1119
卷二十九 诸宗立教志第十三 1179
卷三十 三世出兴志第十四 1229
第二册 1267
卷三十一 世界名体志第十五之一 1267
卷三十二 世界名体志第十五之二 1335
卷三十一 法门光显志第十六 1377
卷三十四 法运通塞志第十七之一 1421
卷三十五 法运通塞志第十七之二 1451
卷三十六 法运通塞志第十七之三 1477
卷三十七 法运通塞志第十七之四 1549
卷三十八 法运通塞志第十七之五 1589
卷三十九 法运通塞志第十七之六 1629
卷四十 法运通塞志第十七之七 1711
卷四十一 法运通塞志第十七之八 1753
卷四十二 法运通塞志第十七之九 1799
卷四十三 法运通塞志第十七之十 1865
卷四十四 法运通塞志第十七之十一 1921
卷四十五 法运通塞志第十七之十二 1957
卷四十六 法运通塞志第十七之十三 2015
卷四十八 法运通塞志第十七之十五 2017
卷四十七 法运通塞志第十七之十四 2055
卷四十九 名文光教志第十八之一 2117
卷五十 名文光教志第十八之二 2163
卷五十一 历代会要志第十九之一 2205
卷五十二 历代会要志第十九之二 2241
卷五十三 历代会要志第十九之三 2259
卷五十四 历代会要志第十九之四 2325