三一 金刚经笔记一卷 明如观注并序 谭贞默序 1
三二 金刚经大意心经大意附撮概一卷 清王起隆述 谭贞默引 金刚大意自跋 心经大意自跋 15
三三 心经解一卷 清徐昌治解并序 21
三四 金刚经会解了义一卷 清徐昌治解并序 25
三五 金刚破空论一卷 明智旭造论 39
三六 心经释要一卷 明智旭述 53
三七 金刚经观心释一卷 明智旭述 55
三八 金刚经如是解一卷 明张坦翁解并自述 清谭贞默序 王铎序 弘礼序 道盛题辞 李化熙偈 一斋颂 金之俊颂 北海老人跋 性琮跋 57
三九 金刚经受持感应录三卷 首卷鸠异唐段成式撰 後二卷出太平广记 79
卷一 鸠异 79
卷二 宋太平广记报应部上 83
卷三 宋太平广记报应部下 88
四○ 金刚经新异录一卷 清王起隆撰并二序 95
四一 金刚经注释一卷 清溥仁乩释并序 子真乩订并序 103
四二 心经说一卷 明洪恩述 119
四三 心经开度一卷 明弘丽著并序 121
四四 诸经日诵集要三卷 佚名 127
目录 127
卷上 经类 129
卷中 144
经类之余 144
咒类 160
卷下 166
朝课 166
暮课 172
杂集 177
四五 佛遗教经注一卷 宋守遂注 明了童补注并序科 唐太宗施行遗教经敕 宋真宗注经序 末著大明慈圣宣文明肃皇太后刊 通灯後记 189
四六 佛说四十二章经注一卷 宋守遂注 明了童补注并科 末著大明慈圣宣文明肃皇太后刊 195
四七 瑜伽集要焰口施食仪一卷 唐不空译 西夏不动金刚重集 清受登诠次 有图像四十 缘起 201
四八 北京五大部直音会韵二卷 明久隐撰 213
序 213
序诗 213
目录 214
卷上 215
卷下 229
四九 历朝华严持验纪一卷 清周克复纂并序引 239
五○ 历朝法华持验纪二卷 清周克复纂 247
序 247
引 247
目录 247
卷上 249
卷下 262
佛像 念经仪式 271
五一 历朝金刚持验纪二卷 清周克复纂 271
序 277
引 277
凡例 278
目录 278
卷上 279
卷下 288
五二 观世音持验纪一卷 清周克复纂并序引 有观音像 经咒 辨讹语 目录 303
五三 净土晨钟十卷 清周克复纂 321
自序 321
目录 322
引 323
卷一 净土原始 324
卷二 净土启信 327
卷三 净土劝修 331
卷四 净土念佛法门 335
卷五 净土功行法门 338
卷六 净土策进 344
卷七 净土饬终 347
卷八 净土正辨 350
卷九 净土了俗 355
卷一○ 净土持验 361
净土日诵 373
善导和尚临睡入观文 375
五四 大乘起信论疏略二卷 梁真谛三藏译 唐法藏造疏 明德清纂略 377
卷上 377
卷下 387
五五 依楞严究竟事忏二卷 明禅修述 405
八忏启 405
卷上 405
卷下 412
跋语 418
五六 礼吴中石佛起止仪式一卷 明传灯集 有缘起 421
五七 千手千眼大悲心咒行法一卷 宋知礼集 清读体重纂 寂暹补像 元明诸家题词 425
五八 大准提菩萨焚修悉地忏悔玄文一卷 清夏道人集 项谦重刻并序 道盛序 谭贞默序 有图像十八 431
五九 得遇龙华修证忏仪四卷 明如惺撰 441
序 441
卷一 441
卷二 444
卷三 448
卷四 452
跋语 458
六○ 舍利忏法一卷 清继僧著并自述 李煦序 元度序 原书缺由驹本补入 459
六一 金光明忏法补助仪一卷 宋遵式集 明智旭重治 附金光明经空品 465
六二 占察善恶业报经行法一卷 明智旭集 前附占察善恶业报经二卷 隋菩提登译 471
六三 赞礼地藏菩萨忏愿仪一卷 明智旭述并後序 485
六四 菩萨戒本经笺要一卷 明智旭笺并跋 前附优婆塞戒经受戒品一卷 北凉昙无谶译 大贤跋 489
六五 沙弥十戒威仪录要一卷 明智旭重辑 501
六六 四分律藏大小持戒犍度略释一卷 明智旭释 509
六七 大乘止观法门释要四卷 明智旭述 519
序 519
卷一 520
卷二 528
卷三 538
卷四 548
跋语 561
六八 占察善恶业报经义疏三卷 明智旭述 563
玄义 一卷 563
疏 576
卷上 576
卷下 591
跋语 607
目录 609
序 609
引 609
六九 准提净业三卷 明谢于教撰 609
图像 609
卷一 610
大准提陀罗尼经 610
准提大明陀罗尼经 心月梵字观门 611
准提真言持诵便览 612
持诵仪轨 612
卷二 观行仪轨 615
卷三 618
显密双修观行说 618
净业圆修说 624
佛遗教经解 一卷 629
七○ 三经解三卷 明智旭述 629
跋语 636
佛说四十二章经解 一卷 636
八大人觉经略解 一卷 644
七一 佛说斋经科注一卷 明智旭科注 附受八关斋法 647
七二 因明入正理论解一卷 明真界集解并後序及跋 冯梦祯题辞 有科文 附宗镜录百法论钞略节 657
七三 八识规矩百法明门纂释二卷 明广益纂释 667
憨山大师像 赞 667
规矩纂释手批 667
八识规矩颂纂释 667
後序 675
百法论手批 675
百法规矩纂释序 675
百法明门论纂释 676
後序 688
七四 相宗八要八卷 明洪恩辑 689
题辞 689
因明入正理论 一卷 689
後序 691
八识规矩颂 一卷 692
唯识三十论 一卷 693
百法明门论 一卷 693
观所缘缘论 一卷 695
真唯识量 一卷 696
六离合释法式 一卷 700
观所缘论释 一卷 700
七五 八识规矩颂略说一卷 明正诲略说并序 朱衷纯跋 705
七六 相宗八要解八卷 明明昱解 715
序 715
凡例 716
百法赘言 一卷 717
唯识约意 一卷 727
缘论会释 一卷 734
离合通关 一卷 737
观所缘缘论释记序 738
题辞 738
分科 738
观所缘缘论释记 一卷 739
观所缘缘论释记问答释疑 752
因明直疏序 753
因明直疏 一卷 753
因明直疏後序（与七四、因明入正理论後序同文） 760
三支比量义钞 一卷 761
八识规矩补注证义 一卷 766
八识规矩补注证义序 766
七七 相宗八要直解八卷 明智旭解 779
因明入正理论直解 一卷 779
百法明门论直解 一卷 787
唯识三十论直解 一卷 791
观所缘缘论直解 一卷 795
观所缘缘论释直解 一卷 798
唐奘师真唯识量略解 一卷（宋永明寿禅师宗镜录中节出） 808
八识规矩直解 一卷 812
六离合释法式略解 一卷 814