第一部分 真菌 3
1．酵母 3
定义 3
酵母的定义和分类 3
酵母的定义和特征 3
酵母的分类 3
酵母的生物多样性 4
酵母的生态学 4
酵母的自然生活环境 4
酵母在食物链中的作用 4
酵母的微生物生态学 5
酵母的细胞结构 5
一般细胞特征 5
酵母细胞学方法 5
酵母亚细胞结构和功能 6
酵母的营养、代谢和生长 6
酵母生长的营养和环境条件 6
酵母的碳代谢 8
酵母的氮代谢 9
酵母的生长 10
酵母的遗传学 12
酵母的生活史 12
酵母的遗传操作 12
酵母的基因组和蛋白组计划 13
酵母在工业、农业、医学领域的重要性 14
酵母在工业上的重要性 14
酵母在环境和农业上的重要性 16
酵母的医学重要性 16
酵母科学和技术最新研究进展 16
拓展阅读 17
2．曲霉 19
定义 19
备注 19
什么是曲霉属？ 19
曲霉对食品的污染 21
曲霉致病菌 21
人类致病曲霉 21
动物致病曲霉 24
聚多曲霉：一种柳珊瑚致病菌 24
有益的曲霉 25
东方食品中的曲霉 25
曲霉产生胞外酶：曲霉作为重组蛋白的宿主 25
曲霉与有机酸生产 26
医用次生代谢物 26
模式生物构巢曲霉（构巢裸孢壳） 26
构巢曲霉遗传体系 26
构巢曲霉线粒体DNA 27
构巢曲霉作为遗传代谢性疾病模式 28
基因表达调控 29
构巢曲霉作为细胞生物学模式 33
构巢曲霉的发育途径 35
曲霉属的基因组时代 38
拓展阅读 39
3．麦角菌科 41
定义 41
前言 41
自由生活腐生菌和昆虫寄生菌 41
软体介壳虫上的物种 43
植物活体营养 43
麦角菌科的化学多样性 45
次生代谢物的生物活性 46
麦角菌科内生菌在经济、农业、生态中的重要性 47
麦角生物碱的起源和发展 47
麦角生物碱的功能 47
植物内生麦角菌与禾本科植物防御共生的证据 47
防御共生辩论：关于功能的争论 48
从自我防御到宿主防御的防御共生的演化 48
结论 48
致谢 49
拓展阅读 49
4．内生微生物 51
定义 51
前言 51
植物内生真菌 52
一些常见的内生真菌与禾本科植物的相互关系 55
苇状羊茅——Neotyphodium coenophialum共生体系 55
黑麦草——Neotyphodium lolii共生体系 55
稗子——Neotyphodium occultans共生体系 56
洋醉马草——Neotyphodium chisosum共生体系 56
醉马草——Neotyphodium gansuense共生体系 56
醉草——Neotyphodium melicicola共生体系 56
森林刺猬草——Neotyphodium共生体系 57
‘Hue？u’Grasses——Neotyphodium tembladerae共生体系 57
内生真菌的生态影响 57
无毒素内生真菌植物生产 58
内生真菌活性代谢产物资源 58
麦角生物碱 59
吲哚二萜代谢物 59
波胺 60
Lolines 60
最新研究进展 61
内生真菌的进一步分类 62
新的内生互作体系 62
菌丝生长新机制 63
宿主抗逆性防御共生及机制 63
生物活性化合物 63
内生真菌研究新方法 63
结论 64
致谢 64
拓展阅读 64
5．微孢子虫：最小的寄生物-寄主互作模式前言 65
微孢子虫极管和孢子壁在宿主细胞入侵中的作用 66
简短和紧凑的微孢子虫基因组反映寄主依赖 66
寄主免疫反应：从保护到战胜抵御 68
结论和展望 70
参考文献和推荐阅读 70
6．菌根 73
定义 73
前言 73
菌根类型 74
内生菌根 74
外生菌根 75
兰科植物菌根 75
其他菌根 76
菌根的功能 76
营养吸收 76
水份吸收 77
植物防御 77
菌根生态学 78
菌根类型的全球分布和土壤养分 78
菌根菌对植物群落的影响 78
菌根型食用菌 79
菌根和植物生产 79
农业 79
经济林 79
恢复 80
菌根和污染 80
酸化污染 80
重金属污染 80
放射性核污染 81
有机物污染 81
气候变化 81
真菌自然保育 81
最新研究进展 82
拓展阅读 82
7．Lichens地衣 85
定义 85
前言 85
历史注记 89
地衣的进化 90
共生 92
讨论 94
拓展阅读 94
8．植物病原菌和病害定义 97
前言 97
源于分布的简单生态学变化导致的病害发生 98
病原物随人为引起寄主植物分布变化而引发的病害 98
转移到新的、未接触过病原的宿主 98
病原物的遗传改变引发的病害 99
环境的改变引发的病害 102
我们能否预测未来疾病的发生？ 102
对抗入侵的植物疾病 103
结论 103
拓展阅读 104
9．真菌和原生生物植物病原体定义 105
前言 105
真菌的特征 106
菌丝和真菌细胞 106
营养 106
生殖 108
散布和生存 109
真菌和环境 110
植物真菌病害症状 111
生长异常 111
脱落 111
取代寄主组织 111
坏死 111
永久性枯萎 112
病原菌类群 113
原生动物界 113
茸鞭生物界 113
真菌界 116
诊断 123
防治 124
拓展阅读 125
10．虫生真菌 127
定义 127
前言 127
病程及病理生物学 128
穿透表皮过程中真菌和寄主的互作 128
真菌在血腔的扩展 132
虫生真菌的应用 134
真菌生防制剂的研发 134
真菌是病原物还是腐生物？ 136
真菌生防制剂的安全性 136
虫生真菌的展望 137
现代系统学和分类 137
虫生真菌的非传统和非有机体应用 137
多学科整合的昆虫真菌学 138
最近研究进展 139
拓展阅读 140
11．系统性真菌感染定义 143
前言 143
病原真菌的分类 143
寄主对真菌侵染的防御 145
研究真菌致病机理的分子手段 147
常见真菌疾病 150
病原菌引起的疾病 150
条件致病菌引起的疾病 157
最近研究进展 165
总结和结论 166
拓展阅读 166
12．皮肤性真菌感染定义 167
寄主皮肤的防御 167
皮肤的结构 167
角质化和表皮细胞增殖 167
抗真菌物质 167
先天免疫系统 168
炎症反应 168
皮肤的免疫系统 168
疾病描述 169
浅部真菌感染 169
皮肤和皮下真菌病 171
系统性真菌病的皮肤表现 173
近期研究进展 173
拓展阅读 173
第二部分 原生生物 173
13．无线粒体原生生物（双滴虫类、副基体类和锐滴虫类）定义 177
前言 177
无线粒体原生生物和真核生物演化 178
系统学 179
生活习性 182
细胞组成 182
双滴虫类 182
副基体类 183
锐滴虫类 185
氢化酶体与纺锤剩体 185
遗传学和基因组学 187
重要的致病物种 188
拓展阅读 189
14．叶足状变形虫 191
定义 191
前言 191
一些重要时期 192
系统与系统发育 192
形态学 193
裸变形虫类形态类型 200
多态性 200
变形运动 207
生物学和生态学 209
重要性 210
拓展阅读 211
15．纤毛虫 213
定义 213
前言 213
形态特征 215
纤毛虫的起源 215
纤毛虫皮层的演变 216
核二形性的进化 217
主要分支 218
纤毛虫皮层的超微结构和结构的保守性 219
分子系统学和主要分支 219
纲水平上的多态性 219
2个亚门 219
11个纲 219
种水平上的多态性检测 224
种水平的形态多样性 224
种水平上的分子技术 224
拓展阅读 226
16．真核微生物中神秘的纤毛虫和假定无性型假定的无性真核微生物 227
难于观察 228
一种改进的进化框架 229
性别缺失的结果 229
古代无性生殖？ 231
结束语和悬而未决的问题 231
致谢 231
参考文献 232
17．颗石藻 235
定义 235
形态学 235
颗石藻细胞的一般特征 235
颗石藻的形态 237
颗石藻的繁殖 238
颗石藻的功能 238
分类 238
从金藻纲到定鞭藻纲 238
定鞭藻门分类 239
基于形态学的分类概念 239
基于分子遗传学的分类概念 240
采集方法 240
生物地理与生态学 241
一般分布 241
季节性和深度偏好 241
水华 242
颗石藻水华的检测 242
颗石藻病毒 244
对区域气候和环境的影响 244
碳释放和水华沉没 245
进化 245
颗石藻的起源 245
颗石藻的多样性与灭绝 246
古代的颗石藻华 246
生物地层学用途 247
拓展阅读 247
18．玻璃动物园：硅藻在纳米技术里的新应用为什么是硅藻？ 249
硅藻硅结构 251
二氧化硅生物矿化和硅藻基因组学 251
硅藻生物光子学 255
硅藻内部的微流体 256
硅藻的药物输送用途 257
用Compustat进行的硅藻选育 258
硅藻计算 258
结论 258
致谢 258
参考文献 259
19．甲藻 263
定义 263
前言 263
甲藻的进化 263
甲藻的多样性 265
寇氏隐甲藻 265
夜光藻 268
原甲藻 269
混合营养型甲藻 270
有丝分裂器的进化 271
结论 274
拓展阅读 277
20．网柄细胞黏菌属定义 279
分类、进化和生态学 279
基因组学及驯化 281
盘基网柄菌的基因组 281
实验驯化 282
盘基网柄菌的发育 283
形态发生 283
基因表达和细胞分化 286
网柄细胞黏菌属最新研究进展 288
产孢级联 288
全系统发育基因组测序 288
cAMP信号的进化史 288
结论 289
拓展阅读 289
21．有孔虫 291
定义 291
前言 291
细胞学和形态学特征 292
粒网状伪足 292
细胞核和其他细胞器 292
实验形态学 293
生活史及繁殖 294
生态学 295
分布和数量 295
取食策略 295
共生 295
采集和保存 297
基于形态学分类 297
分子系统发育和多态性 298
系统发育地位 298
宏进化关系 300
分子多样性 308
进化史和地质学意义 308
拓展阅读 309
22．眼虫 311
定义 311
分类学 311
细胞结构 312
鞭毛结构 312
线粒体 314
细胞核 314
细胞骨架 314
眼虫 314
菌膜 314
鞭毛 315
叶绿体 315
取食器 316
动质体 317
动基体 317
动质体中的RNA编辑 318
糖酵解酶体 318
Diplonemids及其他类眼虫 319
进化关系 320
拓展阅读 321
23．肠内原生动物 323
定义 323
前言 323
顶复亚门：隐孢子虫 324
小孢子虫目 326
鞭毛虫纲：肠贾第虫 327
阿米巴变形虫纲：溶组织内阿米巴 329
研究现状 331
隐孢子虫 331
肠贾第虫 332
溶组织内阿米巴 332
结论 332
拓展阅读 332
24．利什曼虫 335
定义 335
分类及形态学 335
生活史及生态学 336
细胞生物学 337
质膜及表面分子 337
鞭毛 338
其他膜界定的细胞器 338
分子生物学及基因表达调控 339
基因结构 339
mRNA加工 339
基因表达调控 340
转染及基因靶向 340
病理机制及宿主反应 340
流行病学及疾病 341
诊断、治疗及防控 343
研究现状 344
拓展阅读 344
25．卵菌（水霉、植物病原物）定义 347
环境及农业影响 347
生物学 348
进化史 348
普通生物学特征 349
特有生物学特征 350
基因结构 350
病理学 350
侵染周期 350
宿主组织的黏附、穿透及定植 350
类病症状及防御反应的诱导 351
宿主酶的抑制作用 351
效应子 352
结论 352
拓展阅读 353
26．微微型真核藻 355
定义 355
前言 355
什么是海洋微微型真核藻 355
依赖于方法的海洋微微型真核藻史 356
可培养海洋微微型真核藻生物学 358
可培养株系 358
细胞结构 359
生理学参数 360
微小形体的启示 360
海洋环境中的微微型真核藻 361
庞大的丰度及广泛的分布 361
光合微微型浮游植物生态作用 362
异养微微型浮游植物的生态作用 362
研究微微型真核藻的分子工具 363
非分子工具揭示的原位多样性的视图 363
环境基因克隆及测序 363
克隆文库以外的方法：荧光原位杂交及指纹分析技术 364
原位系统发育多样性 365
18s rDNA文库概述 365
相对知名的类群 365
海洋Alveolates及海洋异鞭毛类 367
重要高级系统发育群 367
生物地理学 367
基因组时代 368
可培养微微型真核藻基因组计划 368
环境基因组学或宏基因组学 368
研究现状 368
结论 370
拓展阅读 370
27．茸鞭类生物 373
定义 373
茸鞭类生物的进化史 373
茸鞭类生物的起源 374
茸鞭类生物的化石记录及分化时间 374
茸鞭类生物多样性 376
茸鞭类生物的质体 377
细胞壁 379
鞭毛 379
茸鞭类生物系统发育及分类 380
无色茸鞭类生物 380
光合茸鞭类生物 381
褐藻纲 383
结论 383
拓展阅读 383
28．弓形体病 385
定义 385
前言 385
分类 386
生活史 386
临床研究及公众健康 387
病状 387
诊断 387
治疗 387
公众健康 388
人口生物学 388
主要基因型 388
株系专化性毒力 389
分子生物学及遗传学 389
基因组及基因表达 389
遗传学 389
可用于弓浆虫研究的分子遗传学工具 390
细胞生物学 390
细胞器 390
溶菌性循环 391
宿主免疫反应 393
宿主免疫反应 393
宿主易感性遗传学 394
免疫研究 394
对行为的影响 394
改善弓形体病防控的前景展望 394
公众健康 394
疫苗接种 394
化疗 395
拓展阅读 395
29．锥体虫 397
定义 397
美洲锥虫 397
传播 398
寄生生物及生活史 398
兽疫学及流行病学 400
临床表现 401
发病机理 402
诊断 403
治疗 403
预防 404
布氏锥虫 404
寄生生物及生活史 404
流行病学 405
病理学及发病机理 406
临床表现 407
诊断 407
治疗 407
预防 409
拓展阅读 409
30．昏睡病 411
定义 411
背景 411
昏睡病的流行病学 412
分布 412
疾病库 413
传播周期 414
流行病因 415
诊断 416
临床症状 416
诊断检验 416
治疗 417
疾病分布 418
经济影响 418
昏睡病的控制 419
干比亚昏睡病控制 419
罗德西亚昏睡病控制 419
昏睡病控制的前景展望 420
被忽视的疾病 420
治疗 422
诊断学 422
传播介体控制 423
未来：控制或消除？ 423
干比亚昏睡病 423
罗德西亚昏睡病 423
拓展阅读 425
31．次级胞内共生 427
定义 427
真核生物光合作用的起源 427
初级胞内共生 427
胞内共生的基因传递及质体蛋白的引入 429
次级胞内共生 430
次级含质体藻类的多样性 430
胞内共生的基因传递及质体蛋白的引入 431
次级胞内共生事件的数量 431
Nucleomorphs及其基因组 433
拓展阅读 434
32．藻华 435
定义 435
前言 435
藻华的物理环境 436
藻华的化学环境 437
藻华的主要组成生物 438
蓝细菌 438
定鞭藻 440
鞭毛藻 441
其他类群 442
藻华的病原及食藻华生物 442
季节性藻华及异常藻华 443
春季藻华 443
秋季藻华 445
低纬度上升流区域的藻华 445
混杂类型藻华 446
有害藻华 446
铁富集藻华 447
藻华未来的研究途径 448
研究现状 448
海洋基因组学 448
放弃斯维德鲁普临界深度假说 449
海洋浮游生态系统中抑制非硅藻水华及铁元素循环中植食生物的作用 449
致谢 450
拓展阅读 450
33．微生物食物网 451
定义 451
前言 451
微生物食物网的认识 452
组成及途径 452
水体食物网中的微生物 454
异养原核生物 454
自养原核生物 454
自养真核生物 455
异养真核生物 455
海洋浮游生境 456
底栖生境 457
微生物食物网在生物地化循环中的作用 458
后生动物的食物源 460
微生物食物网模式 460
微生物之间的化学相互作用 462
微生物食物网的空间结构 463
微生物食物网的生物地理学形式及功能 464
拓展阅读 465
索引 467