简介 1
实验1 全细胞裂解物的双向凝胶电泳和MALDI质谱分析 11
操作程序1-1 酵母细胞裂解液的制备 15
操作程序1-2 IPG胶条的再水化和等电聚焦 16
操作程序1-3 等电聚焦胶条的平衡 20
操作程序1-4 第二向——SDS-PAGE 21
操作程序1-5 用SYPRO Ruby进行全蛋白染色 23
操作程序1-6 用Pro-Q Diamond进行磷酸化蛋白染色 24
操作程序1-7 用Pro-Q Emerald进行糖蛋白染色 24
操作程序1-8 用考马斯亮蓝进行全蛋白染色 25
操作程序1-9 用质谱兼容的银染进行全蛋白染色 26
操作程序1-10 2D胶的图像分析和蛋白质回收 26
操作程序1-11 胶内酶切 28
操作程序1-12 MALDI点靶 29
实验2 用于质谱分析的蛋白质复合物的纯化 32
操作程序2-1 培养并收集TAP标记的酵母细胞 33
操作程序2-2 为纯化TAP标记蛋白质复合物制备酵母细胞抽提物 35
操作程序2-3 第一步亲和富集——利用IgG亲和色谱从酵母抽提物中捕获TAP标记的蛋白质复合物 37
操作程序2-4 第二步亲和富集——TAP-标记的蛋白质复合物的钙调蛋白亲和色谱 40
操作程序2-5 与磁珠的结合 42
操作程序2-6 蛋白质复合物的亲和纯化 45
实验3 用MALDI TOF/TOF串联质谱进行肽的定性和定量分析 49
操作程序3-1 实验描述 50
实验4 蛋白质复合物分析——高灵敏液相色谱与串联质谱联用 60
操作程序4-1 HPLC柱毛细管的制作 61
操作程序4-2 填装微毛细管FSC柱 64
操作程序4-3 微毛细管RP-HPLC与ESI-质谱联用 67
实验5 用IMAC和质谱分析磷酸化肽 72
操作程序5-1 制备IMAC样品 73
操作程序5-2 制备IMAC柱和反相捕获柱（前柱） 75
操作程序5-3 制备IMAC柱 76
操作程序5-4 样品处理 77
实验6 全细胞裂解物的多维蛋白质鉴定技术分析 81
操作程序6-1 使用多维蛋白质鉴定技术分析全细胞裂解物 83
实验7 全细胞提取物的定量质谱检测技术（iTRAQ） 88
操作程序7-1 从酵母细胞制备肽 91
操作程序7-2 以iTRAQ试剂标记肽 93
操作程序7-3 应用反向色谱柱提纯肽 94
操作程序7-4 多肽等电聚焦 95
实验8 串联质谱数据的分析及确认 100
操作程序8-1 使用Global Proteome Machine系统分析LC-MS/MS数据 104
操作程序8-2 使用ProteinPilot软件进行肽段和蛋白质鉴定 112
操作程序8-3 对数据库检索程序鉴定为能够匹配肽段序列的MS/MS谱图进行评价 118
实验9 开放阅读框的高通量克隆——构建大量表达结构 125
操作程序9-1 利用Gateway LR反应构造表达结构 129
操作程序9-2 用Gateway LR反应产物化学转化感受态细菌 130
实验10 蛋白质微阵列的构建——核酸可编程性蛋白质阵列 134
操作程序10-1 用氨基甲硅烷包被载玻片 139
操作程序10-2 在96孔板中制备细菌的培养物 139
操作程序10-3 从96孔板中分离质粒DNA 142
操作程序10-4 DNA的生物素化、沉淀及样品布阵 145
操作程序10-5 NAPPA载玻片上蛋白质的表达 147
操作程序10-6 检测NAPPA载玻片上的蛋白质 149
操作程序10-7 在NAPPA芯片上测定DNA 151
实验11 使用核酸可编程性蛋白质阵列鉴定蛋白质-蛋白质相互作用 153
操作程序11-1 NAPPA芯片与查询蛋白共表达 154
操作程序11-2 在NAPPA芯片上检测查询蛋白 156
附录1 钠升电喷雾电离离子源和串联质谱装置和示范 159
附录2 溶液内蛋白质的消化 164
附录3 凝胶内胰酶消化已分离蛋白 167
附录4 三氯乙酸蛋白质沉淀法 170
附录5 氨基酸的单同位素和亚铵离子分子量 171
附录6 氨基酸二肽分子量 172
附录7 LTQ离子阱的使用方法 173
附录8 肽段混合物离线去盐 180
附录9 感受态细胞的制备 183
附录10 DNA的定量 185
附录11 注意事项 186
索引 193