卷首 1
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自述 4
遗言 6
宝诰（一） 8
宝诰（二） 8
闵懒云先生传（晏端书） 9
闵懒云先生传（杨维昆） 11
懒云先生传（沈秉成） 12
重刻古书隐楼藏书序（万启型） 14
重刻古书隐楼藏书序（郑观应） 18
第一卷 19
碧苑坛经 20
卷首 20
心法真言 20
皈依三宝 21
忏悔罪业[附忏悔发愿文] 24
卷上 27
断除障碍 27
舍绝爱缘 29
戒行精严 31
忍辱降心 34
清静身心 38
求师问道 41
卷中 45
定慧等持 45
密行修真 49
报恩消灾 53
立志发愿 57
印证效验 61
保命延生 65
卷下 68
阐教宏道 68
济度众生 70
智慧光明 75
神通妙用 78
了悟生死 80
功德圆满 82
卷末 85
参悟玄机 85
陆约庵先生就正录 91
弁言 91
原序 92
就正录 93
与林奋千先生书 100
跋后 108
清规玄妙 110
清规玄妙全真参访外集 110
规矩须知 110
原始灵书中篇 118
跋 119
清规玄妙全真参访内集 119
学道须知 119
戒食铭 122
紫清真人清规榜 122
长春真人清规榜 122
长春真人执事榜 123
清规榜 127
执事榜 129
长春真人垂训文 129
跋（万启型） 131
第二卷 132
古法养生十三则阐微 133
古法养生本文 133
十三则阐微 134
一曰：两手握固 闭目冥心 134
二曰：舌抵上腭 一意调心 135
三曰：神游水府 双擦腰肾 136
四曰：心注尾间 频耸两肩 137
五曰：目视顶门 叩齿搅口 137
六曰：静运两目 频频咽气 138
七曰：澄神摩腹 手攀两足 139
八曰：俯身鸣鼓 数息凝神 139
九曰：摆腰洒腿 两手托天 140
十曰：左右开弓 平心静气 140
十一曰：无我无人 心如止水 140
十二曰：遍体常暖 昼夜冲和 140
十三曰：动静不二 和光同尘 140
二懒心话 142
序 142
萍逢 142
善问 143
善疑 144
如是我闻 152
金丹说 152
开关说法 153
金丹要旨 157
泄天机 159
第三卷 168
天仙道程戒忌 169
天仙道程宝则 169
第一宝则：心性圆明 169
第二宝则：持戒圆净 171
第三宝则：精进无间 172
第四宝则：庸其蹊径 172
第五宝则：专气致柔 173
第六宝则：一尘不染 174
第七宝则：凝神入穴 175
第八宝则：端坐习定 176
第九宝则：如鸡抱卵 178
天仙道戒忌须知 179
戒忌须知第一：迷不知止 179
戒忌须知第二：断续不专 181
戒忌须知第三：未足为足 181
戒忌须知第四：不信因果 182
戒忌须知第五：人我山高 182
戒忌须知第六：淫心不断 182
戒忌须知第七：吝伐不除 183
戒忌须知第八：得失念生 184
戒忌须知第九：动静有间 184
戒忌须知第十：行不由人 187
戒忌须知第十一：耽于闲逸 189
戒忌须知第十二：致功克期 189
戒忌须知第十三：净秽自画 190
戒忌须知第十四：泥古律今 191
戒忌须知第十五：身心意任 191
戒忌须知第十六：礼仪荒忽 192
琐言续 194
自序 194
琐言续 195
悟元子修真辩难参证 215
序 215
原序（崔教淳） 216
悟元子自序 217
悟元子自著后序 217
栖云山悟元子修真辩难前编参证 218
栖云山悟元子修真辩难后编参证 280
先天精气神 280
后天精气神 281
先天真一之气 282
真假身心 284
真假性命 285
先后天阴阳 286
内外五行 288
内外药物 289
大小还丹 291
运用吉凶 292
前后炉鼎 293
内外火候 295
他家我家 297
真正首经 298
伏炼九鼎 301
玄关一窍 302
天罡消息 306
生杀刑德 307
上德下德 308
有为无为 311
子午卯酉 313
生死有无 315
先后坎离 316
炼己筑基 317
内外侣伴 319
尽心穷理 322
跋 325
后序 326
阴符经玄解正义 327
阴符经 329
上篇 329
中篇 335
下篇 339
张三丰真人玄谭集 351
张三丰真人自序 351
三丰真人小像跋 354
三丰真人玄谭全集 355
玄谭 355
正道歌 365
三丰张真人破疑直指全卷 366
玄谭（附录 369
第四卷 375
吕祖师重申西王母女修正途 376
序 376
西王母女修正途十则 377
大女金丹诀（附录） 387
李泥丸女宗双修宝筏 393
女功指南 393