卷一 生理病理学 1
一、天人合一 1
二、脏象 6
三、经络 14
四、六经解 16
五、六气解 17
六、营气运行 18
七、卫气出入 19
八、男女天癸 20
九、全体总论 21
十、六经开阖枢 22
十一、六经本标中气学 23
十二、标本中气从化 25
十三、热论篇六经病机 26
十四、四时伏气病机 28
十五、四时外感病机 28
十六、六气病机 28
十七、五劳七伤六极病机 29
十八、五脏热病 30
十九、暑湿病机 31
卷二 诊断学 32
一、望诊 32
二、闻诊 41
三、问诊 42
四、切诊 54
卷三 脏腑病机证治 61
一、脏腑病机总论 61
二、脏气法时论 125
三、阴阳水火气血论 127
卷四 伤寒六经病机证治 132
一、六经证治预读 132
二、太阳病脉证治法 139
三、阳明病脉证治法 151
四、少阳病脉证治法 157
五、太阴病脉证治法 161
六、少阴病脉证治法 163
七、厥阴病脉证治法 172
八、伤寒六经总治论 177
九、仲景伤寒论可统治男妇小儿杂病说 178
十、六淫所胜治法 180
十一、六淫于内治法 181
十二、五方异治论 181
十三、十干化五行解 182
十四、冬伤于寒春必病温夏伤于暑秋必痎疟 184
十五、春伤于风夏生飧泄秋伤于湿冬生咳嗽 185
十六、六气调治论 186
十七、用针略例 186
卷五 本草辑要 189
一、本草纲领论 189
二、药性形名论 190
三、本经辑要及诸家药治要义 191
卷六 食疗 208
食物常识 208
附录 常见病简易治疗 218
一、四时外感伏气病机 218
二、脏腑内伤病 232
三、五官九窍病 244
四、妇人小儿病 253
《医学探源》书后（初版） 257