1．滤膜结合分析法&Peter G. Stockley 1
2．用凝胶迁移滞后实验（EMSA）分析DNA-蛋白质相互作用&Manon Gaudreault,Marie-Eve Gingras,Maryse Lessard,Steeve Leclerc,and Sylvain L. Guérin 15
3．DNase I足迹法&Beno？t Leblanc and Tom Moss 37
4．在固定的DNA模板上的外切核酸酶Ⅲ足迹法&Patrizia Spitalny and Michael Thomm 49
5．检测蛋白质-DNA复合物的氢氧自由基足迹法&Indu Jagannathan and Jeffrey J. Hayes 57
6．利用焦碳酸二乙酯（DEPC）和高锰酸钾检测DNA的双链分离和结构畸变&Brenda F. Kahl and Marvin R. Paule 73
7．铀基足迹法&Peter E. Nielsen 87
8．用硫酸二甲酯鉴定蛋白质／DNA的结合位点：甲基化保护和甲基化干扰&Peter E. Shaw and A. Francis Stewart 97
9．DNA-蛋白质复合物的乙基干扰足迹法&Iain W. Manfield and Peter G. Stockley 105
10．用蛋白质-Fe（Ⅱ）EDTA接合体在模型染色质复合物内实现DNA的定点切割&David R. Chafin and Jeffrey J. Hayes 121
11．用指数富集的配基系统进化技术（SELEX）鉴定蛋白质的核酸高亲度结合序列&Philippe Bouvet 139
12．用Southwestern印迹法鉴定序列特异性DNA结合蛋白&Simon Labbé,Jean-Fran？ois Harrisson,and Carl Séguin 151
13．用基于1,10-邻二氮杂菲-铜的化学溶核活性的非变性聚丙烯酰胺凝胶检测DNA-蛋白质相互作用&Athanasios G. Papavassiliou 163
14．用基于核酸酶保护足迹法的Southwestern印迹法测定转录因子结合位点&Athanasios G. Papavassiliou 201
15．用酵母中的报告基因检测法进行DNA-蛋白质相互作用的遗传分析&David R. Setzer,Deborah B. Schulman,Cathy V. Gunther,and Michael J. Bumbulis 219
16．哺乳动物细胞内的染色体免疫共沉淀&Amy Svotelis,Nicolas Gévry,and Luc Gaudreau 243
17．连续的染色体免疫共沉淀法：ChIP-reChIP&Mayra Furlan-Magaril,Héctor Rincón-Arano,and Félix Recillas-Targa 253
18．在酿酒酵母中用基于Tiling微阵列的ChIP-chip进行全基因组组蛋白修饰和变异谱分析&Alain R. Bataille and Fran？ois Robert 267
19．核小体定位图&Nicolas Gévry,Amy Svotelis,Marc Larochelle,and Luc Gaudreau 281
20．活体细胞内DNA分析（LMPCR足迹法）&Régen Drouin,Nathalie Bastien,Jean-Fran？ois Millau,Fran？ois Vigneault,and Isabelle Paradis 293
21．原子力显微镜显像技术及其在探测DNA,蛋白质和蛋白质-DNA复合物上的应用：毒鼠硅表面化学&Yuri L. Lyubchenko,Luda S. Shlyakhtenko,and Alexander A. Gall 337
22．可溶蛋白质复合物的二维结晶法&Patrick Schultz,Corinne Crucifix,and Luc Lebeau 353
23．转录因子活性的检测方法&Douglas Browning,Nigel Savery,Annie Kolb,and Stephen Busby 369
24．基于8-叠氮腺苷的蛋白质-DNA复合物紫外光交联&Rainer Me ffert,Klaus Dose,Gabriele Rathgeber,and Hans-Jochen Sch？fer 389
25．用静态和动态的位点特异性的蛋白质-DNA光交联分析细菌的转录起始复合物&Nikolai Naryshkin,Sergei Druzhinin,Andrei Revyakin,Younggyu Kim,Vladimir Mekler,and Richard H. Ebright 403
26．用位点特异性的蛋白质-DNA光交联对纯化的复合物分析RNA聚合酶Ⅱ转录起始复合物的拓扑结构&Diane Forget,Céline Dornecq,and Benoit Coulombe 439
27．对多亚基的大蛋白质-DNA复合物进行定点DNA交联&Jim Persinger and Blaine Bartholomew 453
28．用荧光共振能量转移（FRET）进行DNA-蛋白质相互作用的功能性分析&Simon Blouin,Timothy D. Craggs,Daniel A. Lafontaine,and J. Carlos Penedo 475
29．蛋白质-DNA复合物的单分子荧光共振能量转移（FRET）分析&Mike Heilemann,Ling Chin Hwang,Konstantinos Lymperopoulos,and Achillefs N. Kapanidis 503
30．分析DNA-蛋白质相互作用诱导的DNA超螺旋&David J. Clark and Benoit Leblanc 523
31．用十字型DNA迁移率检测法研究能识别弯曲DNA的蛋白质&Victor Y. Stefanovsky and Tom Moss 537
32．用质粒载体分析蛋白质诱导的DNA弯曲&Christian Zwieb and Sankar Adhya 547
33．体外分析特定染色质模板的远程通信&Yury S. Polikanov and Vasily M. Studitsky 563
34．用ANS荧光探针检测DNA的竞争性结合&Ian A. Taylor and G. Geoff Kneale 577
35．用荧光光谱和各向异性分析DNA-蛋白质相互作用&Rosy Favicchio,Anatoly I. Dragan,G. Geoff Kneale,and Christopher M. Read 589
36．用圆二色谱分析蛋白质-DNA相互作用&P. D. Cary and G. Geoff Kneale 613
37．用微热量测量法检测蛋白质-DNA复合物及其组分的热力学特征&Colyn Crane-Robinson,Anatoly I. Dragan,and Christopher M. Read 625
38．DNA-蛋白质相互作用的表面等离子体共振检测&Peter G. Stockley and Bj？rn Persson 653
索引 671