第1章 分子模拟的数学基础 1
1.1 级数 1
1.2 积分的概念和方法 3
第2章 分子模拟的生物信息学基础 13
2.1 序列比对 13
2.2 序列分析 18
2.3 蛋白质结构预测 18
2.4 基因芯片技术 25
2.5 各种数据库和网络资源 27
参考文献 29
第3章 分子模拟的物理和化学基础 30
3.1 量子化学计算的基本原理 30
3.2 密度泛函理论（Density Functional Theory，DFT） 36
3.3 原子间与分子间作用力 39
3.4 分子力场 44
3.5 几种常见的分子力场 49
3.6 溶剂介电质模型 51
3.7 多体问题和有效成对势能 54
参考文献 57
第4章 分子模拟基本算法 60
4.1 统计力学基础 60
4.2 Monte Carlo模拟 63
4.3 分子模拟 69
4.4 从头算分子动力学（Ab Initio Molecular Dynamics，AIMD）简介 81
4.5 QM/MM简介 83
4.6 能量优化算法与过渡态求解 88
参考文献 91
第5章 蛋白质结构模拟 94
5.1 蛋白质结构的预测 94
5.2 反相折叠方法 114
5.3 从头折叠法 116
5.4 常用的网站 118
5.5 常用软件 119
参考文献 121
第6章 药物设计的基本方法 123
6.1 早期的探索 123
6.2 二维定量构效关系 123
6.3 三维定量构效关系 128
6.4 更高维定量构效关系 142
6.5 数据统计分析方法 143
第7章 药物设计的信息系统 156
7.1 化学信息系统 156
7.2 组合化学信息管理系统 159
7.3 生物信息数据库和软件 161
7.4 数据库搜索技术 168
参考文献 171
第8章 计算机辅助药物设计应用实例 172
8.1 抗SARS的药物设计 172
8.2 HIV蛋白酶抑制剂的筛选 196
8.3 流感病毒神经氨酸酶抑制剂的研究 204
8.4 定量构效关系与噁唑烷酮抗菌药物的设计 233
8.5 抗老年痴呆症的药物筛选 248
参考文献 266