第一章 只是一个理论？ 1
什么是“理论”？什么是“事实”？ 7
第二章 狗、牛和白菜 17
柏拉图的流毒贻害（死亡之手） 18
雕刻基因库 23
第三章 报春花的宏进化之路 37
昆虫是最早的驯化者 39
你是我的自然选择 45
老鼠的牙齿 58
再次说狗 59
再次说花 64
大自然作为选择者 67
第四章 安静与缓慢的时间 69
树的年轮 72
放射性时钟 75
碳 85
第五章 就发生在我们眼前 89
波德&马卡鲁岛的晰蜴 92
实验室里4.5万代的进化 94
孔雀鱼 108
第六章 缺失的环节？你说的“缺失”是什么意思？ 117
“给我看鳄鸭！” 124
“如果一只猴子能够生出一个人类婴儿，我就相信进化论，” 126
“存在之巨链”的贻害 126
生命来自大海 131
我必须再次入海 138
第七章 缺失的人们？不再缺失 149
我现在仍然淘气地希望…… 154
只要去看看 163
第八章 你自己在9个月内就做到了 173
无人编舞 175
可同“发育”类比的过程 182
模拟欧椋鸟集群的细胞群 188
酶 193
接下来，尝试用线虫说明 199
第九章 大陆方舟 207
如果没有岛屿，世界将会怎样？ 208
新物种是如何诞生的 209
“人们确实会幻想……” 211
大地曾移动过吗？ 224
第十章 亲缘关系树 235
骨与骨相连 236
没有借用 245
甲壳纲动物 252
达西&汤普森会用电脑做些什么呢？ 256
分子比对 261
分子钟 273
第十一章 历史，写满我们的周围 279
曾经自豪的翅膀 284
失去眼睛 290
不智能的设计 294
第十二章 军备竞赛和“进化的神义论” 309
太阳能经济 310
奔跑，以停留在原处 315
进化的神义论？ 322
第十三章 生命以此观之，何其壮哉 329
“从自然界的战争中，从饥荒与死亡之中” 331
“我们能想到的最高贵的事物” 332
“最初被吹入” 333
“吹入几种或一种生命形态中” 338
“随着这颗行星依照固定的万有引力定律运转不停” 339
“从这样一个简单的开端” 344
“演化出了无穷无尽的、最美丽和最奇异的生命形式，并且这一演化过程仍在继续” 349
附录 否认历史的人 355
参考书目 365
图片来源 373