第一章 导言 1
1．1进化论是生物学中最大的统一理论 1
1．2进化论是生物学对自然科学最重要的理论贡献 2
1．3地球生命与地球环境协进化的概念是进化理论的新发展 3
第二章 进化（演化）概念与进化生物学 5
2．1时间尺度与历史自然科学 5
2．2进化生物学和进化论 5
2．3广义的进化概念 6
2．4生物进化概念 9
第三章 生物进化研究中的方法论问题 11
3．1进化的因果分析 11
3．2进化生物学的比较方法 12
1．原理之一 12
2．原理之二 13
3．原理之三 13
3．3自然历史资料的搜集与分析 14
3．4自然进化过程的考察 14
1．极端特殊环境条件下的快速进化 14
2．适应辐射情况下的快速进化 15
3．环境的急剧变化引起的种群快速进化 15
3．5进化的实验研究 15
3．6关于“现实主义方法” 16
第四章 进化思想与进化学说 18
4．1从进化思想到进化学说 18
4．2古代的自然哲学——进化思想的萌芽 19
4．3中世纪西方的宗教哲学——反进化思想 21
4．4近代对立的自然观与进化学说的产生 22
1．自然神学 22
2．近代的进化哲学 23
3．进化论的先驱者与最早的进化学说 23
4．居维叶与圣·喜来尔的论战及目的论的衰落 25
5．从原型概念到分支概念 26
6．灾变说与均变说的对立 27
7．历史循环观点与历史进步观点之对立 28
4．5达尔文和达尔文的进化理论 29
1．达尔文给我们带来了什么？ 29
2．达尔文进化理论的形成 30
3．达尔文进化理论的主要内容 33
4．6达尔文以后的进化理论的发展 36
4．7关于进化学说之间的争论和进化学说的分类 38
第五章 地球生命与生物圈 41
5．1地球是一个特殊的行星，其特殊性就在于它具有由多样生命组成的生物圈 41
5．2地球生物圈的形成 44
1．行星上建立一个相对稳定的生物圈的条件 44
2．地球生物圈形成和发展过程中起关键性作用的生物 45
3．地球生物圈是何时和怎样形成的 46
4．生物圈物种组成的进化改变 47
5．3为什么在太阳系中唯独地球具有生物圈 48
第六章 进化的历程——生命史 51
6．1生命史中的进化事件 51
6．2生命史研究的新进展和新问题 52
6．3生命史的三个阶段 54
6．4生命起源 56
1．关于地球生命由来的四种解释 57
2．关于生命的定义 58
3．生命起源研究的新进展和新假说 62
4．从化学进化到生物学进化 65
5．研究生命起源的途径 67
6．小结 68
6．5光合作用和光合自养生物的起源及有关的地质记录 70
6．6蓝菌的繁荣与衰落 72
6．7细胞进化——从原核细胞到真核细胞 74
6．8元古宙晚期的生物进化事件和全球环境变化 75
6．9多细胞化和后生动、植物的起源 78
1．多细胞化是继真核细胞起源之后的又一重大的进化事件 78
2．多细胞生物的结构形式和组织化等级 79
3．多细胞植物的起源及有关的化石记录 80
4．后生动物的起源和早期动物的适应辐射 82
5．促进生物多细胞化的环境和生物因素 85
6．10性和有性生殖的起源 87
1．性和性现象 87
2．性起源于何时？ 88
3．性分化和有性生殖的古生物学证据 88
4．性起源及其促因 90
5．性分化对进化进程的影响 91
6．小结 92
6．11显生宙生物进化事件 92
6．12动物骨骼的起源与进化 93
6．13维管植物的起源与早期进化 95
6．14从进化历程看形态进化趋势：复杂性和多样性的增长 97
第七章 小进化 100
7．1概念：什么是小进化 100
7．2小进化的基本单位 100
7．3种群的遗传结构 101
7．4小进化因素：引起种群基因库组成变化的原因 102
7．5适应 104
1．适应是生物特有的 104
2．关于“最适者生存” 105
3．达尔文适应度 105
4．适应的定义 106
7．6自然选择 108
1．在什么情况下发生选择？ 108
2．选择作用下的种群基因频率的改变 108
3．正常化选择 110
4．平衡选择 110
5．稳定化选择与歧异化选择——两种相反的选择模式 112
6．定向选择及小进化的适应趋势 112
7．集团选择 113
8．性选择 113
7．7自然选择作用下的适应进化及实证 114
1．自然选择是适应进化的主要原因 115
2．蛾的工业黑化是自然界中自然选择导致适应进化的第一个实证 116
3．加拉巴戈斯群岛的达尔文地雀的喙形进化是自然选择作用的新例证 117
7．8自然选择在小进化中的作用（小结） 118
7．9小进化的随机性与决定性 120
7．10小进化中的内因 121
1．现代遗传学揭示出基因结构的几个重要特征 121
2．具有进化功能的基因 122
3．有进化功能的基因是如何进化出来的——红皇后假说与物种选择假说 123
7．11关于定向变异和获得性遗传 124
第八章 种和种形成 126
8．1物种问题 126
8．2生物为什么以物种的形式存在？ 127
1．物种的分异是生物对环境异质性的应答 127
2．物种间的不连续抵消了有性生殖带来的遗传不稳定性 127
3．物种是大进化的基本单位 128
4．物种是生态系统中的功能单位 128
8．3物种的概念与定义 128
1．模式概念、唯名论概念和群体概念 128
2．非时间的物种概念 129
3．时间种概念 131
4．关于物种问题的小结 132
8．4种形成 133
1．种形成的含义 133
2．种形成方式 134
3．关于种形成问题的争论 139
4．关于种形成方式的小结 140
第九章 分类系统与进化谱系 142
9．1分类学与系统学 142
9．2分类学的两种指导思想和两种原则 143
9．3分支系统分析与进化谱系的推断 145
1．分支系统学要求建立单源群系统 146
2．推断进化谱系的简约性原则 147
3．特征分析 149
4．进化谱系与分类学矛盾的调和：综合进化分类 151
9．4分子特征与分子进化谱系 152
第十章 大进化 155
10．1名词概念 156
1．专用术语 156
2．大进化的其他名词概念 156
10．2大进化型式 157
1．辐射、趋同和平行 158
2．渐变型式与断续平衡型式 160
10．2进化速率 163
1．进化速率的衡量 163
2．形态学进化速率 163
3．分类学进化速率 164
4．进化速率计算中的误差 169
10．4进化趋势 170
1．概念 170
2．表型分异与谱系分异 171
3．从系统树看进化趋势 172
4．造成进化趋势的原因 173
10．5绝灭 176
1．概念 176
2．认识历史 176
3．常规绝灭 177
4．集群绝灭与生命史中的“危机”事件 178
10．6大进化与小进化问题讨论 188
1．小进化模式能解释大进化吗？ 188
2．进化与个体发育：关于重演与异时 189
3．是否存在大进化的特殊机制？——关于大突变 191
4．自然选择是否在生物的不同层次上起作用？ 192
5．协进化 193
第十一章 生态系统进化 195
11．1生物之间的两种联系纽带和两类系统 195
11．2生态系统是随时间而进化的信息系统 195
11．3生态系统的组织化水平 196
11．4在生态系统内的物种进化 197
1．物种在生态系统中的地位与作用 197
2．竞争、协进化与共存 197
11．5在短时间尺度上生态系统的变化——演替 200
11．6生态系统进化：在地质时间尺度上的生态系统演变 200
11．7生态系统进化幕 201
1．太古宙早期 201
2．太古宙至早元古代 203
3．中元古代 203
4．晚元古代 203
5．显生宙 204
11．8生态系统进化的趋势 204
11．9人类影响和控制下的生态系统的进化趋势——理智圈的扩展 204
第十二章 分子进化和分子系统学 207
12．1概念 207
12．2生物大分子进化的特点 207
1．生物大分子进化速率相对恒定 207
2．生物大分子进化的“保守性” 208
12．3分子进化中性论：论点和论据 209
12．4中性论与自然选择说是对立的吗？——关于中性论的问题讨论 213
1．中性论是解释生物大分子进化现象的理论 214
2．分子进化的保守性表明选择仍然起作用 214
3．“选择中性的突变”的选择 214
4．选择在生物大分子的适应进化中起作用 214
5．中性论的贡献 215
12．5分子系统学和分子系统树 215
1．原理和概念 215
2．构建分子系统树的方法 216
3．分子系统学研究的重要成果 219
12．6古分子系统学 222
1．古蛋白质分子的研究 222
2．古DNA和古分子系统学研究 222
3．古DNA和古分子系统学研究的意义和前景 225
12．7分子钟 226
第十三章 人类的起源与进化 228
13．1人类具备创造文化的三个基本条件 228
13．2达尔文把人类回归到自然界 229
13．3人的双重属性和人的概念 229
1．人的社会属性和社会人的概念 229
2．人的生物学属性和自然人的概念 230
13．4人类的形态学特征 231
1．人具有脊椎动物的某些原始的形态特征 231
2．人类躯体结构保留着树栖生活方式的适应特征 231
3．体毛的退化和独特的性行为 232
4．镶嵌进化和幼态持续 233
13．5人类的生物学进化 234
1．人类进化过程中躯体的改变 234
2．躯体进化改变带给人类的利与弊 236
3．人类的生物学适应与人类生活方式的改变 236
4．脑量的增长 237
13．6人类是一个多态复合种 238
13．7人科谱系和现代智人种的起源 239
1．人科最早的化石代表 239
2．南方古猿 239
3．能人 240
4．直立人 240
5．智人 241
6．关于现代智人种的起源 242
7．关于人科谱系的问题 243
13．8从猿到人：关于人与猿的本质区别问题 244
第十四章 文化进化与人类未来 246
14．1人类的生物学进化与文化进化 246
14．2文化进化对人类生物学进化的影响 249
14．3人类社会现象和社会行为的生物学解释——关于社会生物学问题的争议 250
14．4进化与人类未来 254
后记 257
参考文献 258