1.单链RNA噬菌体 1
1.1 RNA噬菌体的分类 1
1.1.1 RNA大肠杆菌噬菌体 1
1.1.2 其他属的RNA噬菌体 3
1.2 病毒子的结构 4
1.3 噬菌体RNA的复制 5
1.4 基因表达 6
1.4.1 成熟蛋白 6
1.4.2 复制酶(亚单位Ⅱ) 8
1.4.3 外壳蛋白 11
1.4.4 A类群噬菌体的裂解蛋白 13
1.4.5 B类群噬菌体的裂解蛋白 15
1.5 装配 16
1.6 RNA噬菌体之间的序列比较 17
1.6.1 氨基酸序列比较 18
1.6.2 保守的RNA二级结构 23
参考文献 25
2.双链RNA噬菌体Φ6 28
2.1 病毒颗粒的结构 28
2.2 基因组结构 29
2.3 生活循环 31
2.4 Φ6噬菌体的进入 32
2.5 Φ6 RNA的转录和复制 33
2.6 Φ6 RNA的包装 34
2.7 Φ6膜的装配 36
参考文献 37
3.ΦX174噬菌体 40
3.1 ΦX174噬菌体的结构 40
3.2 ΦX174噬菌体的基因和特性 43
3.3 ΦX174的生活循环 45
3.4 噬菌体感染 45
3.4.1 附着 46
3.4.2 隐蔽反应 47
3.4.3 DNA穿入 48
3.5 ΦX174基因组转录 48
3.6 ΦX174噬菌体DNA复制 50
3.6.1 第一阶段(SS→RF) 50
3.6.2 第二阶段(RF→RF) 54
3.6.3 第三阶段(RF→SS) 57
3.6.4 从第二阶段向第三阶段复制转换的机制 60
3.7 ΦX174噬菌体的装配 61
3.7.1 衣壳的装配 61
3.7.2 DNA链的包装 63
参考文献 64
4.丝状噬菌体 67
4.1 基因和蛋白质 67
4.1.1 DNA复制蛋白 69
4.1.2 衣壳蛋白 71
4.1.3 装配蛋白 72
4.2 病毒体结构 73
4.3 感染过程 74
4.4 DNA复制 76
4.5 转录和翻译 78
4.6 装配过程 80
4.6.1 起始 81
4.6.2 延伸 81
4.6.3 终止 82
4.7 丝状噬菌体的应用 82
4.7.1 丝状噬菌体载体 82
4.7.2 噬菌质粒、带有丝状噬菌体复制起点的质粒 84
4.7.3 噬菌体展示载体 87
参考文献 91
5.T7噬菌体 95
5.1 T7基因组的结构 95
5.1.1 T7基因的构造 95
5.1.2 T7 DNA末端和多联体接头 97
5.2 T7 DNA注入宿主细胞 98
5.3 T7 DNA的转录 99
5.3.1 大肠杆菌和T7 RNA聚合酶的启动子 99
5.3.2 转录起始 99
5.3.3 转录终止 102
5.3.4 T7溶菌酶的转录抑制机制 104
5.3.5 RNase Ⅲ切割位点 105
5.4 T7 DNA的复制 106
5.4.1 T7 DNA复制必需的蛋白质 107
5.4.2 复制原点 109
5.4.3 先导链和后随链在T7复制叉合成 110
5.5 T7的装配 113
参考文献 114
6.1 T4噬菌体的结构特征 120
6.T4噬菌体 120
6.2 T4噬菌体基因组及遗传学图 121
6.3 T4噬菌体的生活循环 124
6.4 噬菌体对宿主细胞的感染-吸附与穿入 125
6.5 T4噬菌体的转录 126
6.5.1 早期基因 127
6.5.2 中期基因 127
6.5.3 晚期基因 129
6.6 T4噬菌体复制和重组 130
6.6.1 复制原点 130
6.6.2 DNA复制基因和蛋白质 131
6.6.3 T4重组基因和蛋白质 134
6.7 DNA包装 139
6.8 T4噬菌体颗粒的包装 140
6.8.1 头部结构和装配 141
6.8.2 尾部结构和装配 142
参考文献 144
7.Φ29噬菌体 149
7.1 病毒颗粒的结构 149
7.2 基因组结构 150
7.3 Φ29发育的一般特征 152
7.4 Φ29基因组的转录 152
7.4.1 基因转录调控 152
7.4.2 Φ29 DNA的转录 152
7.5 Φ29 DNA的复制 154
7.5.3 Φ29末端蛋白中的功能区 155
7.5.2 体外复制 155
7.5.1 Φ29 DNA的体内复制 155
7.5.4 Φ29 DNA的转染和原核生物及真核生物DNA聚合酶的同源性 156
7.5.5 复制过程所需的其他病毒蛋白 156
7.5.6 非模板链的复制 157
7.5.7 Φ29 DNA复制起点 158
7.5.8 DNA-膜复合体 159
7.6 Φ29 DNA的包装 160
7.7 Φ29的装配 163
7.7.1 等轴颗粒 164
7.7.2 长球形头部 165
7.7.3 颈/尾组装 166
7.7.4 DNA包装与释放 166
参考文献 167
8.PRD1噬菌体 170
8.1 病毒颗粒的结构 170
8.2 DNA基因组和遗传系统 171
8.3 PRD1生活循环 173
8.4 InP-质粒编码的受体和DNA穿入 174
8.5 PRD1的转录 175
8.6 PRD1噬菌体DNA的复制 176
8.6.1 DNA复制机制 176
8.6.2 DNA复制所需的蛋白质 176
8.6.3 体外复制 178
8.6.4 DNA结合蛋白 179
8.6.5 反向末端重复序列 180
8.7.2 DNA包装 181
8.7.1 颗粒的装配 181
8.7 PRD1的装配 181
参考文献 182
9.λ噬菌体 184
9.1 λ噬菌体的基本特征和病毒子结构 184
9.2 λ噬菌体基因组结构的特点 185
9.3 λ噬菌体基因的转录与调控 187
9.3.1 λ噬菌体的转录 187
9.3.2 N介导的抗终止 188
9.3.3 λN基因表达的调控 191
9.3.4 Q介导的抗终止 191
9.4 λDNA的复制 193
9.5.1 λ噬菌体DNA的整合和切离——位点特异性重组 195
9.5 溶原性建立的遗传控制 195
9.5.2 溶原性维持的遗传控制 199
9.5.3 阻遏蛋白的合成 205
9.6 裂解循环的遗传控制 208
9.7 病毒DNA的包装 211
9.7.1 λDNA包装系统中的DNA位点和蛋白质组分 212
9.7.2 λDNA的包装途径 214
9.8 λ噬菌体载体 218
9.8.1 λ噬菌体载体的构建 218
9.8.2 含有10到20kb DNA片段的λ载体 219
9.8.3 含有0到10kb DNA(cDNA)的λ载体 221
9.9 黏粒(cosmid) 223
参考文献 223
10.2 Mu DNA的物理和遗传结构 229
10.Mu噬菌体 229
10.1 病毒子形态学 229
10.2.1 α区 230
10.2.2 G片段 230
10.2.3 β区 231
10.3 生活循环 231
10.3.1 感染/整合 231
10.3.2 裂解-溶原的决定 232
10.4 Mu发育的调节 233
10.4.1 早期转录 233
10.4.2 中期转录 234
10.4.3 晚期转录 235
10.4.4 mom基因 235
10.5 转座机制 237
10.5.1 转座蛋白及其在转座中的作用 239
10.5.2 金属离子的作用 240
10.5.3 IAS，HU和IHF的作用 240
10.6 转座复制 241
10.7 G倒位 243
10.7.1 G倒位和宿主范围 243
10.7.2 G倒位的机制 244
10.8 其他转座噬菌体 245
10.8.1 D108 245
10.8.2 假单胞菌转座噬菌体 246
10.8.3 孤菌转座噬菌体 247
10.9 Mu的遗传应用 247
参考文献 248
11.P22噬菌体 253
11.1 序言 253
11.1.1 P22噬菌体和相关噬菌体的比较研究 253
11.1.2 P22噬菌体形态发生的研究 254
11.1.3 P22噬菌体装配机理的研究 255
11.2 生命周期 257
11.2.1 裂解生长 257
11.2.2 溶原性 259
11.2.3 遗传的可塑性 260
11.3 基因的结构和功能 261
11.3.1 位点特异性重组系统 263
11.3.2 同源重组系统 264
11.3.3 其他PL操纵子基因 266
11.3.4 早期转录调节 267
11.3.5 阻遏物和它的控制 267
11.3.6 cro 270
11.3.7 cI 270
11.3.8 DNA复制基因 271
11.3.9 后期转录的调节 272
11.3.10 裂解基因 272
11.3.11 DNA包装起始位点(pac) 273
11.3.12 头部基因 273
11.3.13 免疫I基因 273
11.3.14 尾部基因 275
参考文献 275
附录 已测定核苷酸全序列的一些噬菌体 278