第一章 绪论 1
一、遗传标记的类型及发展 1
二、分子生物学发展史上的里程碑——PCR 6
三、植物分子标记常用技术系统概述 17
第二章 RFLP技术 25
第一节 RFLP的产生和发展 25
第二节 RFLP的基本原理 26
一、DNA碱基顺序的自然变异 26
二、限制性内切酶 27
三、限制片段长度多态性的产生 29
四、Southem印迹转移及杂交 31
五、探针及其制备 32
六、RFLP的遗传标记 37
七、应用RFLP进行QTL分析与辅助育种 37
第三节 RFLP的方法与步骤 40
一、DNA的分离 40
二、酶切 42
三、琼脂糖凝胶电泳 44
四、Southem印迹转移（碱法） 44
五、DNA杂交及放射自显影 45
六、X线胶片上RFLP图谱的分析 48
七、非放射性探针的RFLP检测 49
八、溶液配制 51
第四节 RFLP技术的应用 54
一、遗传学图构建 55
二、基因定位 56
三、数量性状基因定位（QTL）分析 57
四、异源染色体（质）鉴定 58
五、遗传多态性分析 59
六、分类和进化研究 60
七、细胞质遗传研究 62
八、其他方面的应用 63
第三章 RAPD技术 68
第一节 RAPD的产生与发展概述 68
第二节 RAPD的基本原理和方法 70
一、RAPD的基本概念和原理 70
二、RAPD技术分析的几种方法和途径 71
三、RAPD产物分析中的一些问题 76
四、RAPD的优、缺点及弥补方法 78
第三节 RAPD反应的影响因子 80
一、Taq酶的影响 80
二、镁离子浓度的影响 81
三、扩增反应温度和时间的影响 82
四、循环周期的影响 84
五、引物的影响 85
六、dNTPs浓度的影响 86
七、DNA的影响 86
第四节 RAPD的基本实验程序 87
一、RAPD的基本实验步骤 87
二、RAPD实验可能遇到的问题、原因及对策 92
三、注意事项 93
第五节 RAPD数据的统计分析 95
一、多态位点比例和位点平均杂合度 95
三、Shannon多样性指数 96
二、基因相似系数（genotypessi milary） 96
四、遗传距离指数（genetic distance index） 98
五、Jaccard系数 99
第六节 RAPD技术的应用 100
一、品种、品系的指纹图谱的绘制 100
二、种质资源遗传多样性研究 101
三、遗传学图的构建 102
四、新遗传资源的鉴定 102
五、目标基因的定位与分离 103
六、其他方面的应用 104
第一节 AFLP技术的产生和发展 111
第四章 AFLP技术 111
第二节 AFLP的基本原理 112
一、AFLP的基本原理 112
二、AFLP的主要影响因素 115
三、AFLP技术的优、缺点 118
第三节 AFLP的实验操作 119
一、仪器设备（不包括DNA提取及纯化） 120
二、药品试剂（不包括DNA提取及纯化） 120
三、DNA提取及纯化 121
四、AFLP反应基本程序 122
五、电泳分离 126
六、银染程序 127
七、AFLP放射性同位素检测基本程序 128
八、AFLP荧光标记检测基本程序 128
九、AFLP实验要点 129
十、AFLP实验可能遇到的问题、原因及时策 131
第四节 AFLP的应用 133
一、构建指纹图谱，鉴定品种或种质 134
二、遗传多样性研究 135
三、遗传学图的构建 135
四、鉴别与目的基因紧密连锁的分子标记 136
六、研究基因表达与调控 137
五、辅助育种 137
附录 有关试剂的配制 138
第五章 SSR技术 145
第一节 SSR技术的产生与发展 145
第二节SSR的基本原理 147
一、SSR的基本结构 147
二、SSR的频率 147
三、SSR标记引物的来源 149
四、SSR位点的电泳分离与检测 150
五、SSR位点的分析与数据处理 151
第三节 方法和步骤 152
六、SSR标记的优、缺点 152
一、DNA的提取 153
二、DNA的纯化 153
三、PCR反应及电泳分离 154
四、银染法检测 155
五、附录 157
第四节 SSR标记技术的应用 159
一、基因定位 159
二、多态性分析 160
三、追踪亲本遗传物质在杂交后代中的遗传动态 161
四、微卫星DNA作图 162
五、指纹图谱构建 163
六、数量性状基因位点（QTL）分析 164
七、种质资源的保存与利用 164
第六章 GUSH和FISH技术 169
第一节 GISH和FISH技术的产生与发展 169
第二节 GISH和FISH技术的原理和影响因素 172
一、基本原理 172
二、GISH或FISH探针的制备 173
三、GISH或FISH的影响因素 176
第三节 GISH和FISH的操作方法 180
一、仪器用品 181
二、植物染色体标本的制备 182
三、基因组DNA的提取及探针标记 185
四、核酸的变性、杂交、冲洗及检测 188
五、原位杂交及检测的具体操作程序（非放射性标记探针的原位杂交及检测程序 190
六、原位杂交要点 198
七、植物染色体原位杂交易出现的问题及解决措施 199
第四节 GISH和FISH的应用 202
一、基因定位 202
二、染色体结构变异的分析 203
三、基因组的结构和进化的研究 203
四、基因组的空间分布 204
一、染色体标本制备试剂 205
五、遗传转化材料的鉴定 205
附录 有关试剂的配制 205
二、CTAB缓冲液的配制 206
三、探针标记的试剂 206
四、斑点杂交检测试剂 207
五、原位杂交及检测的试剂 207
第七章 mRNA差异显示技术 213
第一节 mRNA差异显示技术的产生与发展 213
第二节 mRNA差异显示技术的原理 214
一、基本原理 214
二、基本实验程序 216
三、mRNA差异显示技术的优、缺点 218
第三节 mRNA差异显示技术的方法与步骤 220
一、仪器设备 221
二、药品试剂 221
三、操作程序 223
四、要点和难点解答 230
第四节 mRNA差异显示技术的改进 232
一、植物组织高纯度RNA的制备 232
二、引物设计及PCR参数的优化 234
三、差异条带的分离与回收 237
四、Northern杂交及cDNA探针的克隆 239
五、全基因的完整筛选 240
六、mRNA差异显示技术与其他分子生物学技术的结合 241
第五节 mRNA差异显示技术的应用 243
一、分析基因表达的差异 243
二、寻找遗传标记 245
三、分离特异表达的基因 246
四、检查cDNA文库的质量 247
五、鉴定种属特异性 248
第八章 其他分子标记技术 254
第一节 抑制消减杂交法 254
一、抑制消减杂交法的原理 254
二、抑制消减杂交法的步骤 255
第二节 消减杂交法 257
一、消减杂交法的原理和步骤 257
二、cDNA文库的构建 258
第三节 代表性差异分析法 262
一、代表性差异分析法的原理 262
二、tester和driver DNA样品扩增子的制备 262
三、杂交和扩增 263
第四节 SSH、SH、RDA的应用及其优、缺点 265
一、SSH、SH、RDA的应用 265
二、SSH、SH和RDA的优、缺点 269