第一章 医学生物信息学 1
第一节 医学生物信息学的基本概念 1
一、生物信息学 1
目录 1
二、医学生物信息学 2
第二节 数据库的建立和发展 4
一、基本概念 4
二、医学生物学数据库的现状与发展 5
第三节 网络上的医学信息资源 13
一、网络上的临床医学资源 13
二、网络中的基础医学资源 14
三、网络中的传统医学资源 15
四、网络中的医学文献资源 15
五、网络中的医学教育资源 16
六、网络中的医学新闻资源 16
第四节 因特网和WWW 17
一、因特网 17
七、主要卫生机构 17
二、WWW 19
三、一些概念 20
四、因特网和WWW等医学生物学 21
第五节 医学生物信息网站的建立和发展 23
一、医学生物信息网站的建立 23
二、医学生物信息网面临的任务及难点 25
三、医学生物信息网站的评估和发展 27
一、数据来源 30
第一节 DBCAT——生物学数据库目录 30
第二章综合数据库 30
二、数据库结构 31
第二节 分子生物学相关数据库集锦 32
第三节 MedWebPlus——医疗卫生相关资源集锦 52
一、历史 52
二、数据库内容结构 53
三、使用方法 54
第四节 NCBI资源数据库 54
一、数据库检索工具 56
二、基因序列资源 59
三、染色体序列资源 62
四、基因组分析的资源 64
五、基因表达模式和表型模式的分析资源 66
第三章 常用核酸类数据库 69
第一节 通用核苷酸序列数据库 69
一、GenBank——NCBI核苷酸序列数据库 69
二、EMBL——欧洲核苷酸序列数据库 76
三、DDBJ——日本DNA数据库 80
四、TIGR——表达基因序列标签数据库 84
五、MIPS——慕尼黑基因组及蛋白序列数据库 88
第二节 外显子／内含子数据库 93
一、EID——外显子／内含子数据库 93
二、ExInt——外显子／内含子数据库 95
第三节 基因表达及表达调控数据库 100
一、EPD——真核基因启动子数据库 100
二、ASDB——基因选择性剪接数据库 102
三、TRRD——转录调控区数据库 103
四、TRANSFAC——基因表达调控系统数据库 107
五、PEDB——前列腺基因表达数据库 112
六、MAGEST——海鞘类生物基因表达模式及序列标记数据库 114
第四节 RNA相关数据库 118
一、Transterm——mRNA序列和翻译调控元件数据库 118
二、UTRdb——真核生物mRNA 5′和3′端非翻译区序列和功能元件数据库 121
三、核糖体数据库 127
四、5S核糖体RNA数据库 128
五、欧洲核糖体RNA大亚基数据库 132
六、欧洲核糖体RNA小亚基数据库 133
七、tmRDB——tmRNA数据库 135
八、RNAi数据库 138
第五节 核酸突变类数据库 140
一、HGVbase——SNPs及其他基因多态性的数据库 140
二、dbSNP——单核苷酸多态性数据库 143
第四章蛋白质相关数据库 148
第一节 通用蛋白质数据库 148
一、SWISS-PROT/TrEMBL——蛋白质数据库 148
二、PIR——蛋白质信息资源库 153
一、AAindex——氨基酸索引数据库 158
第二节 蛋白质序列与结构数据库 158
二、PRINTS——蛋白家族指纹数据库 160
三、PDB——蛋白质数据库 165
四、RESID——蛋白质结构修饰数据库 173
五、MMDB——Entrez的蛋白三维结构数据库 177
六、ASTRAL——蛋白质结构和序列分析体系 180
第三节 蛋白质家族及其相互作用数据库 184
一、COGs——直系同源蛋白簇数据库 184
二、Pfam——蛋白质家族数据库 191
三、ProClass与iProClass——蛋白质家族数据库 193
四、ProDom和ProDom-CG——蛋白质结构域和全基因组比较与分析数据库 196
第四节 酶类数据库 198
一、ENZYME——酶数据库 198
二、MEROPS——肽酶数据库 201
三、REBASE——限制性内切酶和甲基化酶数据库 206
四、AARSDB——氨基酰－tRNA合成酶数据库 211
第五节 信号传导及分子间相互作用数据库 214
一、tGRAP——G－蛋白偶联受体变异数据库 214
二、SRPDB——信号识别粒子数据库 217
三、SENTRA——信号传导蛋白数据库 220
四、DIP——蛋白质交互作用数据库 225
五、KEGG——全基因组及代谢途径数据库 230
六、dbCSP——细胞因子信号途径数据库 237
七、SPAD——细胞外信号传导通路数据库 240
八、LIGAND——生物反应及反应物的数据库 242
第六节 特殊蛋白质及其功能数据库 245
一、InBase——Intein数据库 245
二、HUGE——巨蛋白数据库 247
三、HDB——组蛋白数据库 251
四、LGICdb——配体门控离子通道数据库 253
五、生物活性多肽数据库 255
第五章 细胞生物学数据库 258
第一节 线粒体类数据库 258
一、MitBASE——线粒体DNA数据库 258
二、MitoNuc——编码线粒体蛋白的基因数据库 263
三、MITOP——线粒体蛋白组数据库 266
第二节 SCDb——干细胞数据库 269
第一节 EMGLib—增强的微生物基因组文库 273
第六章微生物学数据库 273
第二节 EcoCyc MetaCyc——E.coli基因组及微生物代谢通路数据库 277
第三节 yMGV——全球酵母微阵列Microarray实验数据库 283
第七章疾病相关数据库 292
第一节 综合临床数据库 292
一、NCBI疾病基因数据库 292
二、GeneCards——基因卡片 297
三、Medic8——医疗资源数据库 300
一、GDB——遗传性疾病数据库 302
第二节 遗传性疾病数据库 302
二、GeneDis——人类遗传性疾病数据库 306
第三节 肿瘤相关数据库 308
一、Cancer.gov——肿瘤网 308
二、CGAP——肿瘤基因组解剖工程 322
三、FaCD——家族性肿瘤数据库 327
第四节 心血管疾病相关数据库 329
一、Cardio——心血管疾病相关生物医学数据库 329
二、HEART-2DPAGE——人类心肌蛋白二维电泳数据库 332
三、HDP CDM——心脏疾病计划及临床决策支持系统 336
四、Global Cardiovascular Infobase——全球心血管疾病流行病信息库 339
五、HeartNet——心血管流行病资料 340
第五节 免疫性疾病数据库 344
一、FIMM——免疫功能分子数据库 344
二、IDR——免疫缺陷资源库 347
第八章 药物相关数据库 350
第一节 药物类数据库 350
一、CDER——FDA药品评审与研究中心 350
二、Nurses s PDR——临床药典 352
三、Drugs——药物和疾病数据库 354
四、CVD-HM——心血管疾病相关植物药数据库 356
第二节 新药数据库 358
一、Virtual drugstore虚拟药店 358
第九章其他数据库 362
第一节 LocusLink与RefSeq——NCBI的基因核心资源 362
第二节 GeneNet——基因网络的结构与功能组织数据库 364
第三节 ELS——生命科学百科全书 369
附录一 生物医学相关数据库集锦 373
附录二 分子生物学数据库集锦 404