目 录 2
第一编 DNA芯片技术概论 2
第一章生物芯片与DNA芯片 2
一、生物芯片与DNA芯片的概念 2
二、DNA芯片的主要类型 3
第二章 DNA芯片技术的基本原理与方法 5
一、芯片的制备 5
二、样品的准备 7
三、分子杂交 8
四、检测分析 9
第三章 DNA芯片技术的应用 11
一、DNA序列分析 11
二、基因突变检测 12
三、基因表达谱分析 12
四、基因组研究 13
五、基因诊断 14
六、药物研究与开发 14
七、其他领域 15
第四章发展与展望 16
第二编 DNA微集芯片技术方法学 21
第一章探针的设计与制备 21
一、探针的没计 21
二、探针的制备 22
三、打印前DNA探针的准备 25
实验一 PCR扩增制备探针 25
第二章支持物的类型与预处理 27
一、支持物的类型 27
二、表面化学处理 27
实验二玻片的多聚－L－赖氨酸处理 28
实验三玻片预处理的备选方案 29
三、支持物对实验的影响 30
第三章芯片的打印 31
第一节喷墨打印 31
第二节针式打印 32
一、概述 32
二、做集阵列打印系统 32
实验四 芯片打印的简单操作流程 35
三、针式打印分析 35
四、打印针的选择与维护 43
第四章打印后处理 48
一、氨基化玻片的打印后处理 48
实验五 紫外交联法处理氨基化破片 49
实验六氨基化玻片打印后处理备选方案 50
二、醛基化玻片的打印后处理 50
实验七 Schiff碱连接法处理醛基化玻片 51
第五章样品的准备 52
一、组织、细胞中样品核酸的制备 52
实验八 肿瘤组织细胞总RNA的提取与mRNA纯化 52
实验九 大肠杆菌总RNA的提取 54
二、样品核酸的荧光标记 55
实验十 人类细胞mRNA样品的反转录荧光标记 56
实验十一 人类细胞mRNA样品反转录荧光标记的备选方案 57
实验十二 cDNA样品的随机引物延伸标记 58
实验十三 基因组DNA的随机引物延伸标记 59
实验十四 PCR线性扩增标记 60
实验十五 aa-dUTP标记法 61
第六章杂交与杂交后清洗 64
实验十六 芯片的杂交和清洗 64
二、芯片的检测 66
第七章检测分析 66
一、荧光染料 66
实验十七 芯片扫描的基本操作 68
三、图像分析与数据处理 70
实验十八基因表达谱芯片杂交图像分析 71
四、芯片检测时几种常见问题分析 74
第八章芯片制备与检测概述 76
一、基因表达谱芯片 76
实验十九 基因表达谱cDNA芯片的制备与检测 76
二、寡核苷酸芯片 79
实验二十 寡核苷酸微阵列的制作 80
第三编 DNA芯片技术的应用 82
第一章 DNA芯片在基因表达分析中的应用 82
一、基因差异表达分析 82
二、基因鉴定 87
三、基因功能分析 88
第二章 DNA芯片在基因突变检测与多态性分析中的应用 90
一、主要检测方法 90
二、基因突变检测 99
三、基因多态性分析 103
四、展望 109
第三章基因诊断与DNA芯片 111
第一节基因诊断概述 111
一、基因诊断的概念与特点 111
二、基因诊断的基本原理与临床意义 111
三、基因诊断的技术概论 112
四、基因诊断的基本方法 113
五、不同疾病基因诊断的基本策略 117
一、血红蛋白病 118
第二节遗传病的基因诊断 118
二、杜氏肌营养不良症 122
三、苯丙酮尿症 123
四、血友病 124
第三节感染性疾病的基因诊断 125
一、病毒性肝炎 125
二、细菌性疾病 127
三、寄生虫疾病 130
一、几种常见肿瘤的基因改变 132
第四节肿瘤的基因诊断 132
二、肿瘤相关基因的检测 133
第五节基因诊断在法医学中的应用 135
一、法医学鉴定的分子基础 135
二、DNA指纹与法医学鉴定 135
三、其他技术 136
第六节 DNA芯片在基因诊断中的应用 136
一、DNA芯片与肿瘤的诊断与分型 136
二、DNA芯片与感染性疾病的诊断 137
五、现状与展望 138
三、DNA芯片与遗传病的基因诊断 138
四、DNA芯片与法医学鉴定、人口优生、环境保护与监测 138
第四章 DNA芯片在药物研究与开发中的应用 140
一、药物筛选 140
二、药物药理学与药物基因组学研究 141
三、药物毒理学研究及药物安全性评价 143
四、合理用药与个体化用药 144
五、在中药研究中的应用 144
六、展望 146
二、连接分子对杂交信号的影响 148
一、支持物与分子杂交 148
第四编专题篇 148
DNA芯片上分子杂交过程 148
三、不同碱基组成和排列顺序对杂交的影响 149
四、靶分子的折叠和杂交双链的形成 150
五、尽量减少靶分子中的二级结构 150
六、利用DNA聚合酶与连接酶进行链延伸 150
表达谱基因芯片数据的聚类分析及其应用 152
一、数据的获取和处理 152
二、聚类统计量的选择 153
四、调控信号的推测与鉴定 154
三、聚类分析 154
基因表达信息学 158
一、信息的加工处理步聚和信息流 158
二、数据研究 160
DNA微集芯片技术的研究现状 164
一、集成DNA片段的可能来源 164
二、DNA芯片制备与实现的具体过程 165
三、DNA微集芯片技术的意义 166
四、结语 166
一、DNA芯片的类型与技术原理 167
当今技术水平的DNA芯片 167
二、应用 168
三、小结 171
DNA芯片——具广阔前景的阵列 172
一、样品的分离纯化 172
二、芯片的制作 173
三、充分利用芯片 173
四、杂交的亲和性与条件 174
五、检测 175
六、使技术更易于接受 176
一、HIV基因检测 179
HIV感染的分子诊断 179
二、HIV基因分型 180
三、HIV感染的综合诊断展望 181
鼻咽癌的分子诊断研究 182
一、血清学诊断 182
二、基因诊断 183
三、展望 184
中英文词汇对照 185
参考文献 188