1 绪论 1
1.1生物信息学的兴起 1
1.1.1 生物信息学的起源 1
1.1.2 生物信息学产生的历史必然性 2
1.2 什么是生物信息学 4
1.2.1 生物信息学的定义 4
1.2.2 生物信息学的研究对象 5
1.2.3 生物信息学研究的基本方法 7
1.2.4 生物信息学的目的意义 7
1.2.5 生物信息学的主要研究内容 9
1.2.6 生物学与生物信息学的相互关系 16
1.3 生物信息学与生物信息产业发展的回顾与展望 16
1.4 生物信息学的教育与学习 18
1.4.1 时代的需要——加强生物信息学人才培养 18
1.4.2 生物信息学的学习 19
1.4.3 本书的特点 19
2 核酸序列分析 21
2.1 生物信息学数据库 21
2.1.1 核酸数据库 22
2.1.2 数据库格式 23
2.2 序列数据库检索 33
2.2.1 Entrez 34
2.3 核酸序列相似性分析 38
2.3.1 相似性搜索 39
2.3.2 通过BLAST发现序列的生物学意义 51
2.3.3 序列相似性检索的原则 51
2.3.4 序列双重比对 52
2.3.5 序列相似性的显著性评价 56
2.4 核酸的多序列比对 56
2.4.1 什么是多序列比对 56
2.4.2 多序列比对工具 57
2.4.3 多序列比对实例 58
2.5 构建进化树 64
2.5.1 什么是系统发生？ 64
2.5.2 系统发生树 66
2.5.3 如何构建进化树 69
2.5.4 进化树构建实例 73
2.6 核酸序列的预测与鉴定 74
2.6.1 基因结构与功能的简介 74
2.6.2 核酸序列预测与鉴定的步骤及注意的问题 76
2.6.3 序列中载体污染的判定 77
2.6.4 屏蔽重复序列 78
2.6.5 开放读框的识别 80
2.6.6 CpG岛 82
2.6.7 基因编码区的预测 84
2.6.8 基因序列的从头分析 92
2.6.9 DNA序列分析的总结 93
2.7 核酸序列物理性质的计算 93
2.7.1 核酸序列基本性质的计算 93
2.7.2 基于核酸序列的DNA曲率计算 97
2.7.3 核酸序列三维结构的计算 99
3 蛋白质序列分析 101
3.1 蛋白质数据库介绍 101
3.1.1 蛋白质序列数据库 102
3.1.2 模体以及结构域数据库 105
3.2 蛋白质序列分析 110
3.2.1 蛋白质序列信息的获取 110
3.2.2 蛋白质序列的格式化 113
3.2.3 序列分析 118
3.3 蛋白质序列分析及结构预测策略 141
3.3.1 实验数据 141
3.3.2 蛋白质序列数据 142
3.3.3 序列数据库搜索 143
3.3.4 结构域定位 144
3.3.5 多重序列比对 144
3.3.6 同源模建 145
3.3.7 二级结构预测 146
3.3.8 蛋白质折叠子分析和二级结构组分比对 147
3.3.9 三级结构与序列之间比对 149
3.4 基于一级结构的预测 150
3.4.1 蛋白质性质的预测 150
3.4.2 蛋白质的鉴定 153
3.5 二级结构预测方法 160
3.5.1 基于统计的预测方法 160
3.5.2 基于知识的预测方法 164
3.5.3 混合方法 164
3.5.4 蛋白质二级结构预测网站 164
3.5.5 蛋白质的疏水性分析 170
3.6 其他序列分析工具 171
3.6.1 SignalP——信号肽预测工具 171
3.6.2 Tmpred——跨膜结构分析 174
3.6.3 卷曲螺旋预测 175
3.6.4 糖基化位点预测 175
3.7 三级结构预测 176
3.7.1 三级结构预测方法 176
3.7.2 三级结构预测网站 178
3.7.3 其他有关蛋白质结构预测的网站 184
3.8 蛋白质家族分析 184
3.8.1 蛋白质结构分类模式 185
3.8.2 结构比对工具 189
3.8.3 蛋白质分类实例 189
4 文献检索 191
4.1 文献检索的意义 191
4.2 文献检索的基本步骤 192
4.3 NCBI-PubMed 195
4.3.1 命令式检索 196
4.3.2 PubMed特色菜单 199
4.3.3 Journal Links by Journal Title 201
4.4 中国期刊网全文数据库 202
4.4.1 初级检索 203
4.4.2 高级检索 204
4.4.3 二次检索 204
4.4.4 检索结果 204
4.4.5 与其他中文文献数据库的交叉检索 204
4.5 检索中文文献杂志 205
4.6 外文专利文献检索／WIPO—IPDL—PCT 206
4.6.1 专利文献的检索意义 206
4.6.2 一般检索 207
4.6.3 高级检索 208
4.6.4 简单检索 208
4.6.5 结果记录及历史记录 209
4.6.6 浏览 209
4.7 中国专利检索／中国专利信息网 210
4.7.1 简单检索 210
4.7.2 逻辑组配检索 210
4.7.3 菜单检索 211
4.7.4 其他中文专利网 212
4.8 学位论文—PQDD 212
4.8.1 初级检索 212
4.8.2 高级检索 213
4.8.3 结果记录 214
4.8.4 PQDD检索式构造辅助表 214
4.9 中文学位论文—CDDB 215
参考文献 217
附录1 生物信息学相关词汇表（英汉对照） 223
附录2 生物信息学相关数据库网络地址 247