第一章 概述 1
第一节 基因测序的历史 1
第二节 基因测序技术进展 2
一、第一代基因测序技术 3
二、第二代基因测序技术 4
三、第三代基因测序技术 7
第三节 基因测序的应用 9
参考文献 10
第二章 双脱氧测序法 12
第一节 双脱氧链终止法的概念与原理 12
一、双脱氧链终止法的概念 13
二、双脱氧链终止法的原理 13
第二节 双脱氧链终止法的操作步骤 18
一、变性双链模板的制备 19
二、延伸和终止反应 20
三、测序反应物电泳和序列读取 21
参考文献 21
第三章 RNA测序 23
第一节 转录组概念及研究意义 23
一、转录组概念 23
二、转录组研究的意义 24
第二节 RNA测序技术方法 25
一、表达序列标签技术 25
二、表达系列分析技术 30
三、新一代高通量测序技术（RNA-seq） 36
四、单分子测序技术 39
小结 41
参考文献 41
第四章 合成法DNA测序的集成系统 43
第一节 Roche/454 FLX测序的基本原理及操作流程 46
一、背景介绍 46
二、454测序法的原理 48
三、454生命科学皮升级测序系统流程 48
四、应用前景 50
第二节 Illumina/Solexa Genome Analyzer测序的基本原理及操作流程 52
一、Illumina/Solexa Genome Analyzer测序的基本原理 53
二、Illumina/Solexa Genome Analyzer测序的操作流程 54
三、Illumina/Solexa Genome Analyzer测序的技术优势 55
四、Illumina/Solexa Genome Analyzer测序的应用 56
第三节 Applied Biosystems SOLiD system 57
一、Applied Biosystems SOLiD system测序的基本原理 57
二、Applied Biosystems SOLiD system测序的操作流程 58
三、Applied Biosystems SOLiD system测序的技术优势 58
四、Applied Biosystems SOLiD system测序的应用 59
小结 59
参考文献 60
第五章 全基因组水平的单分子测序 62
第一节 单分子测序简介 62
一、单分子测序技术的出现 62
二、单分子测序技术的分类 63
第二节 Heliscope单分子测序技术 65
一、基本原理 65
二、tSMS技术流程 65
三、Heliscope单分子测序技术的特点 67
第三节 单分子实时技术 68
一、基本原理 68
二、smrt技术流程 71
第四节 纳米孔单分子技术 71
一、基本原理 71
二、纳米孔测序技术的特点 75
三、纳米孔测序技术要面临的挑战 76
小结 78
一、三代测序技术的对比 78
二、单分子测序技术的应用 81
参考文献 82
第六章 基因组测序与拼接 84
第一节 序列拼接简介 84
第二节 序列拼接 85
一、常用算法 85
二、常用拼接软件 88
第三节 基因组组装 95
一、组装策略 95
二、常见问题 96
三、组装结果检验 96
四、组装后生物信息学分析 97
第四节 新基因发现 97
一、基因简介 97
二、基因组挖掘 98
三、发现基因的一般过程 99
第五节 基因组注释 104
小结 105
参考文献 106
第七章 基因测序的应用 108
第一节 基因组研究 108
一、PCR克隆测序验证 108
二、突变体检测 110
三、新基因组检测 113
四、全基因组检测 115
五、系统发育及物种鉴定 120
第二节 临床研究 122
一、个体识别——亲缘鉴定 122
二、SNP关联分析 124
三、临床疾病诊断应用 126
第三节 食品安全检测 127
一、常规微生物检测 127
二、突发食品事件检测 128
三、转基因食品检测 129
小结 130
参考文献 131
第八章 表观遗传测序 136
第一节 甲基化测序 137
一、DNA甲基化概述 137
二、DNA甲基化测序方法 138
第二节 ChIP测序 150
参考文献 165
第九章 基因组图谱 167
第一节 人类基因组计划 167
一、中美英联合启动“千人基因组计划” 167
二、“炎黄计划” 170
三、韩国人基因组图谱 171
四、日本人基因组图谱 171
第二节 癌症及其他疾病的基因组图谱 172
一、癌症基因组图谱分析 172
二、其他疾病基因组图谱分析 175
第三节 经济作物基因测序图谱 175
一、小麦基因组图谱 175
二、木瓜基因组图谱 176
三、大豆基因组图谱 177
四、马铃薯基因组图谱 177
五、玉米基因组图谱 179
六、草莓基因组图谱 180
七、可可树基因组图谱 180
八、高粱基因组图谱 180
第四节 模式生物基因测序图谱 182
一、猩猩基因组图谱 182
二、大熊猫基因组图谱 182
三、疟原虫基因组图谱 183
四、霉菌基因组图谱 185
五、拟南芥基因组图谱 185
六、水稻基因组图谱 186
七、果蝇基因组图谱 187
第五节 其他生物基因组测序 187
一、中国人参基因组图谱 187
二、鸭嘴兽基因组图谱 188
参考文献 188