第一部分 mRNA的原位可视化 3
1．RNA原位单分子成像 3
2．FISH和衣滴虫的免疫荧光染色 15
3．果蝇原位杂交中的高荧光分辨率 31
4．原位杂交检测母系mRNA定位并锚定于海鞘卵和晶胚中的皮层结构 49
5．爪蟾卵中mRNA定位的可视化 71
6．斑马鱼胚胎中mRNA表达的可视化 83
7．原位杂交检测失活和活体内神经元间隔中mRNA的高分辨率荧光 103
8．脊椎动物轴突中mRNA的原位杂交定位 125
第二部分 用分子探针或重组荧光蛋白进行活体mRNA的可视化 141
9．微分子信标用于活体内mRNA的检测 141
10．活细胞成像和RNA分析中分子信标的导入 159
11．用于活细胞中内源mRNA成像的遗传编码的荧光探针 175
12．单个细菌细胞中诱导RNA的可视化 189
第三部分 使用适体和完整的荧光蛋白进行活体mRNA的可视化 203
13．固定的和活酵母细胞中mRNA的可视化 203
14．使用UIA-标记RNA体系在活体内进行RNA的可视化 221
15．使用m-TAG（基于PCR的RNA适体融合）和荧光显微成像标记RNA系统进行活酵母内源mRNA的可视化 237
16．哺乳类活细胞中mRNA的成像技术 249
17．使用mRNA-MS2/MS2CP-FP系统研究果蝇卵子发生过程中mRNA的转运 265
第四部分 使用细胞分选来证明RNA的亚细胞定位 287
18．基因组范围内分析从分离的线粒体中萃取的RNA 287
19．通过细胞分选分析定位于内质网膜的mRNA 301
20．用细胞分选和亲和纯化联合程序分离编码过氧化物酶Peroxisomal蛋白的mRNA 323
21．轴突mRNA转运的表达谱 335
22．用多孔聚碳酸酯滤膜从肿瘤细胞中纯化RNA 353
第五部分 mRNA的亲和纯化及反式因子的鉴定 369
23．RNA结合蛋白免疫纯化-微阵列（RIP-Chip）分析定位RNA的表达谱 369
24．RaPID：为了鉴定存在于核糖核蛋白复合物中的RNA和蛋白因子的一种基于适体mRNA的亲和纯化技术 387
25．RIP：一种mRNA的定位技术 407
26．RNA与RNA-蛋白复合物的亲和纯化与定位研究中的RNA适体二重（dual）使用 423
第六部分 使用生物信息学鉴定RNA中的顺式作用模块和结构 447
27．保守RNA定位信号的鉴定与搜寻 447
28．计算机预测涉及转录后调控过程的RNA结构模块 467
索引 481