第一部分 引言 3
1.蛋白质组学简介 3
第二部分 电泳分离 13
2.高分辨率二维电泳 13
3.非经典二维电泳 33
4.蛋白质检测与定量技术用于基于凝胶的蛋白质组学分析 59
第三部分 质谱和串联质谱的应用 85
5.基质辅助激光解吸电离质谱 85
6.毛细管电泳质谱联用应用于人尿液蛋白质组学分析与生物标志物发现 105
7.多肽纳升级液相色谱指南 123
8.多维蛋白鉴定技术 143
9.肽段为中心的蛋白质组学技术分析血小板蛋白 155
10.高分辨率质谱蛋白质组分析技术鉴定小鼠小肠20S蛋白质组分子组成 173
第四部分 蛋白质组学定量技术 189
11.基于液相色谱质谱联用的定量蛋白质组学 189
12.胶内酶切同位素标记蛋白质技术用于相对定量 207
13.电喷雾质谱技术用于血浆蛋白质组定量分析 227
第五部分 质谱数据解读 245
14.算法和数据库 245
15.鸟枪法蛋白质鉴定和质谱法蛋白质定量 261
第六部分 蛋白质修饰分析 291
16.脑蛋白氧化修饰蛋白质组学鉴定 291
17.同位素标记、磷酸化多肽亲和富集技术用于液相色谱-串联质谱蛋白质组分析 303
第七部分 亚细胞蛋白质组学 325
18.细胞器蛋白质组学：天然蛋白胶内酶切筛选减少样本的复杂性 325
19.聚合物双水相系统逆流分配法分离神经系统质膜 335
20.液相色谱串联质谱技术进行拟南芥蛋白质组分析的质膜蛋白富集和制备 341
第八部分 蛋白质相互作用分析 359
21.Strep/FLAG（SF）-串联亲和纯化标签用于哺乳动物细胞蛋白质复合物串联亲和纯化 359
22.顺序多肽亲和纯化系统分离和鉴定大肠杆菌蛋白质复合物 373
23.生物信息学方法分析蛋白质相互作用 401
索引 433