卷一 通记 有明一代史乘 1
纪传之属 1
编年之属 29
纪事本末之属 56
史传考订及近人所辑资料之属 62
未见诸书 67
卷二 万历至崇祯上 77
实录、起居注、邸抄之属 77
记万历朝史事之书 84
记万历至天启朝史事之书 112
记天启朝史事之书 124
记天启崇祯朝以及南明史事之书 127
卷三 万历至崇祯下 141
记崇祯朝史事之书 141
未见诸书 172
卷四 党社上 189
记明季门户党争及争论三案之书 189
记东林及魏阉事迹之书 209
卷五 党社下 219
记东林及诋毁东林之书 219
记社事之书 236
未见诸书 257
卷六 农民起义上 271
记大顺农民军之书 271
卷七 农民起义下 314
记大西农民军及夔东十三家军之书 314
记山东白莲教徐鸿儒等起义之书 342
记明末西南各兄弟民族起义之书 344
通记明代农民起义及明季兵变各地农民起兵抗清之书 347
明清两代诸臣奏疏记述镇压农民军及“褒恤”之书 353
未见诸书 368
卷八 甲乙之际 377
记甲申之变诸书 377
记甲乙之际诸书 390
未见诸书 402
卷九 总记 南明史乘 412
纪传之属 412
各家传记之属 434
编年之属 461
纪事本末之属 481
杂史杂记之属 496
未见诸书 508
卷十 南明三朝上 519
记弘光朝诸书 519
记弘光朝未见诸书 547
兼记弘光隆武朝未见诸书 554
卷十一 南明三朝下 555
记隆武及绍武朝诸书 555
记隆武朝、绍武朝未见诸书 560
兼记隆武、永历两朝之书 562
兼记隆武、永历两朝未见诸书 569
兼记隆武鲁监国未见诸书 571
记永历朝诸书 571
记永历朝未见诸书 622
卷十二 鲁监国 630
记鲁监国及沿海一带史事之书 630
未见诸书 648
卷十三 郑氏始末 657
台湾郑氏及其故吏所撰诸书 657
明末清初人士对于台湾郑氏之记载 667
清代官书及清人之记载 676
近人记台湾郑氏之书 693
日本、荷兰各国记载台湾郑氏之书 697
未见诸书 704
卷十四 抗清义师 708
记抗清义师之书 708
未见诸书 737
卷十五 清初三藩 741
总记三藩之书 741
记滇吴藩之书 748
记闽耿藩之书 760
记粤尚藩之书 763
记武昌标兵之变之书 765
未见诸书 766
卷十六 史狱 769
记明清之际史狱之书 769
未见诸书 786
卷十七 传记上 788
统记有明一代或历代兼及明季死节传记之属 788
明季地方文献人物传记之属 791
明季死事诸臣遗民传记及朝鲜人撰述之属 827
记明代及明季妇女传记之属 831
明季人士所著地方文献家乘之属 832
清代官书所载贰臣逆臣传记之属 842
卷十八 传记下 845
别传之属 845
年谱之属 863
语录之属 881
未见诸书 882
卷十九 文集题跋上 903
有关明季史事文集之属 903
卷二十 文集题跋下 961
有关明季史事文集之属 961
有关明季史事题跋之属 1010
卷二十一 杂记上 1012
当时人杂记时事之书 1012
卷二十二 杂记下 1058
清代及近人杂记明季史事琐闻之书 1058
汇辑明季史乘之书 1069
日本流传之记载 1075
未见诸书 1079
卷二十三 明季史料丛刻及书目 1091
明季野史资料丛刻 1091
明季稗乘书目 1113
未见诸书 1116
卷二十四 宫词诗话小说传奇 1118
宫词诗话诗选之属 1118
小说传奇之属 1145
未见诸书 1171
补遗 1178
附录·初版本朱希祖先生序 1191