第一章实时荧光定量PCR概述 1
第一节实时荧光定量PCR的基本原理 1
一、引言 1
二、原理 1
第二节实时荧光定量PCR仪 3
一、Applied Biosystems公司的系列实时荧光定量PCR仪 4
二、iQTM5实时荧光定量PCR仪 4
三、LightCycler实时荧光定量PCR仪 4
四、SmartCycler System实时荧光定量PCR仪 5
五、Mx3000P实时荧光定量PCR仪 5
六、Rotor-Gene实时荧光定量PCR仪 5
第三节实时荧光定量PCR中的荧光化学物质 5
一、荧光染料 5
二、水解探针 6
三、分子信标 7
四、荧光标记引物 9
五、双探针杂交 9
六、复合探针 10
第四节实时荧光定量PCR的定量方法 10
一、绝对定量 10
二、相对定量 12
第五节实时荧光定量PCR的实验方法 16
一、以DNA为起始实验材料进行实时荧光定量PCR反应 17
二、以RNA为起始实验材料进行实时荧光定量RT-PCR 19
第六节实时荧光定量PCR实验中应注意的问题 23
一、扩增子的设计 23
二、实验方案的优化 23
三、实践中应该注意的问题 25
小结 26
本章参考文献 27
第二章实时荧光定量PCR在病原菌检测中的应用 29
第一节沙门菌的检测 29
一、引言 29
二、材料 29
三、方法 30
四、注意事项 34
五、应用 35
六、小结 35
本节参考文献 36
第二节在幽门螺杆菌检测中的应用 37
一、引言 37
二、基本原理 37
三、试验材料 37
四、方法 38
五、注意事项 40
六、应用 41
七、小结 42
本节参考文献 42
第三节在致病性大肠杆菌检测中的应用 43
一、检测DNA样品中fliCH7基因的Real-timePCR方法 43
二、检测RNA样品中rfbE和eae基因的Real-timePCR方法 44
本节参考文献 47
第四节在肉毒梭菌检测中的应用 47
方案一SYBR Green I Real-time PCR方法检测A型肉毒梭菌 47
一、引言 47
二、原理 48
三、实验目的 48
四、实验材料和方法 48
五、实验结果 50
六、讨论 51
方案二用TaqMan Real-time PCR对A型、B型和E型肉毒梭菌的检测 51
一、引言 51
二、原理 51
三、实验目的 52
四、实验材料和方法 52
五、实验结果 53
六、讨论 54
方案三TaqMan Real-time PCR在肉毒梭菌C型毒素基因检测中的应用 54
一、引言 54
二、原理 55
三、实验目的 55
四、实验材料和方法 55
五、实验结果 56
六、讨论 56
本节参考文献 56
第五节在嗜水气单胞菌检测中的应用 57
一、引言 57
二、材料 57
三、方法 58
四、应用 59
本节参考文献 60
小结 60
第三章实时荧光定量PCR在病毒检测中的应用 62
第一节实时荧光定量RT-PCR在甲型H1N1检测中的应用 62
一、引言 62
二、试验目的 63
三、材料与试剂 63
四、试验方法 64
五、结果判定 67
六、注意事项 68
七、小结 69
本节参考文献 69
第二节登革病毒的实时荧光定量RT-PCR检测 69
一、引言 69
二、试验目的 70
三、材料与试剂 70
四、操作步骤 71
五、注意事项 73
本节参考文献 74
第三节H5N1亚型高致病性禽流感病毒的实时荧光定量RT-PCR检测 74
一、引言 74
二、试验目的 75
三、材料与试剂 75
四、操作步骤 76
五、试验结果判定 77
六、注意事项 78
本节参考文献 78
第四节肠道病毒71型的实时荧光定量RT-PCR检测 78
一、引言 78
二、试验目的 79
三、材料与试剂 79
四、操作步骤 80
五、结果分析 80
六、注意事项 81
本节参考文献 81
第五节多重实时荧光定量PCR在呼吸道病毒检测中的应用 81
一、引言 81
二、试验目的 82
三、材料与试剂 82
四、试验原理与方法 82
五、结果判定 85
六、注意事项 85
七、小结 88
本节参考文献 88
第六节实时荧光定量PCR用于重组杆状病毒滴度检测的研究 89
一、引言 89
二、试验目的 89
三、材料 89
四、方法 89
五、结果及分析 91
六、注意事项 92
七、小结 93
本节参考文献 93
第七节实时荧光定量PCR在HIV检测中的应用 94
一、引言 94
二、基本原理 94
三、试验材料 95
四、方法 95
五、试验结果判定 97
六、注意事项 97
七、应用 98
本节参考文献 98
第八节在检测HBV和HCV方面的应用 99
A.实时荧光定量PCR在检测HBV方面的应用 99
一、引言 99
二、材料和方法 100
三、小结 108
B.实时荧光定量PCR在检测HCV方面的应用 109
一、引言 109
二、材料和方法 110
三、小结 114
本节参考文献 116
第四章实时荧光定量PCR检测基因突变及临床应用 122
第一节实时荧光定量PCR检测基因突变在遗传病诊断中的应用 122
一、引言 122
二、应用巢式PCR和TaqMan MGB探针Real-time PCR技术检测经典型苯丙酮尿症（PKU） 125
三、应用SYBRGreen I Real-time PCR技术检测慢性骨髓增殖性疾病 127
第二节实时荧光定量PCR检测基因突变在肿瘤诊断、治疗和预后中的应用 130
一、引言 130
二、应用ASB-PCR方法检测Kras基因突变 132
第三节实时荧光定量PCR检测基因突变在耐药病原体监测中的应用 135
一、引言 135
二、通过杂交探针实时荧光定量PCR检测临床分离的结核分枝杆菌的异烟肼抗性 135
三、FRET实时荧光定量PCR快速准确检测幽门螺杆菌耐克拉霉素相关的基因点突变 137
本章参考文献 140
第五章实时荧光定量PCR在遗传病研究中的应用 141
第一节实时荧光定量PCR识别SNP的方法 141
一、原理 141
二、常用的突变识别方法 142
本节参考文献 145
第二节实时荧光定量PCR在SNP分型中的应用 145
一、引言 145
二、试验目的 146
三、试验原理 146
四、试验材料 146
五、试验方法 146
六、结果与讨论 149
本节参考文献 150
第三节等位基因特异性实时荧光定量PCR在DNA库中等位基因定量检测中的应用 150
一、引言 150
二、试验目的 150
三、试验原理 150
四、试验材料 151
五、实验方法 151
六、结果与讨论 154
本节参考文献 155
第四节等位基因特异性PCR结合分子信标实时荧光定量PCR在肿瘤和线粒体疾病检测中的应用 155
一、引言 155
二、试验目的 156
三、试验原理 156
四、试验材料 156
五、试验方法 156
六、结果与讨论 158
本节参考文献 158
第六章实时荧光定量PCR在肿瘤中的应用 160
第一节实时荧光定量PCR在肿瘤早期诊断中的意义 160
方案1Pescadillo在乳腺癌组织中的表达及其临床意义 161
一、试验目的 161
二、基本原理 161
三、实验材料 161
四、实验方法 161
五、实验结果 163
六、小结 164
方案2实时荧光定量PCR检测microRNA在不同肿瘤细胞中的表达 164
一、实验目的 164
二、基本原理 164
三、材料 164
四、方法 165
五、结果 165
六、小结 167
第二节实时荧光定量PCR在肿瘤预后评估中的应用 167
方案1实时荧光定量PCR检测uPA、PAI-1、TIMP-1 mRNA表达与乳腺癌预后的关系 167
一、实验目的 167
二、实验材料 168
三、实验方法 168
四、实验结果 169
五、小结 172
方案2实时荧光定量PCR检测uPAmRNA表达在HER2阳性乳腺癌预后中的意义 172
一、实验目的 172
二、实验材料 173
三、实验方法 174
四、实验结果 175
五、小结 177
第三节实时荧光定量PCR在药物疗效判断中的作用 178
一、实验目的 178
二、材料 178
三、方法 179
四、结果 181
五、小结 183
第四节实时荧光定量PCR在基因表达调控中的应用 183
一、实验目的 183
二、实验材料 183
三、实验方法 183
四、实验结果 184
五、小结 187
本章参考文献 187
第七章实时荧光定量PCR在环境微生物检测中的应用 191
第一节实时荧光定量PCR在检测土壤微生物中的应用 191
一、引言 191
二、试验目的 191
三、原理 191
四、土壤微生物DNA提取方法汇总 192
五、操作步骤 195
六、实时荧光定量PCR在土壤中病原菌定量检测中的应用 198
七、实时荧光定量PCR在土壤中生防菌的动态变化监测中的应用 200
本节参考文献 200
第二节实时荧光定量PCR技术在空气微生物检测中的应用 201
一、引言 201
二、试验目的 201
三、试验材料与方法 202
四、小结 208
本节参考文献 208
第三节实时荧光定量PCR在检测水源微生物方面的应用 208
一、引言 208
二、基本原理 209
三、研究进展 210
四、实验方法 211
五、实验结果 213
六、结果分析 214
本节参考文献 215
第八章实时荧光定量PCR在动物学研究中的应用 217
第一节实时荧光定量PCR在动物感染性疾病监测和检测中的应用 217
一、引言 217
二、原理 217
三、材料 218
四、方法与步骤 218
五、注意事项 220
六、应用 221
本节参考文献 221
第二节实时荧光定量PCR在转基因动物检测中的应用 222
一、引言 222
二、原理 223
三、材料 223
四、方法与步骤 223
五、注意事项 225
六、应用 226
本节参考文献 227
第三节实时荧光定量PCR在突变动物检测和突变品系培育中的应用 228
一、引言 228
二、SYBR Green I实时荧光定量PCR在HLA-1502基因检测中的应用 228
三、实时荧光定量PCR在白化突变鼠检测中的应用 230
四、注意事项 232
五、应用 233
本节参考文献 234
第四节实时荧光定量PCR在药物效果评价动物实验中的应用 235
一、引言 235
二、实时荧光定量PCR在马传染性贫血病毒疫苗效果评价中的应用 236
三、利用实时荧光定量PCR评价以离子交换色谱纯化抗体时外源病毒因子的清除效果 238
四、注意事项 240
五、应用 241
本节参考文献 243
第九章实时荧光定量PCR在基因表达检测和流行病学中的应用 244
第一节实时荧光定量PCR在分析基因差异表达中的应用 244
一、实时荧光定量PCR实验的设计和优化 244
二、实时荧光定量PCR应用实例 246
三、实验注意事项 249
四、小结 250
本节参考文献 250
第二节实时荧光定量PCR检测CAR基因在小鼠肺发育不同阶段中的表达 250
一、引言 250
二、材料及方法 251
三、数据分析 254
本节参考文献 255
第三节实时荧光定量PCR在流行病学中的应用 255
一、微生物的检测和鉴定 256
二、耐药分析 256
三、DNA甲基化、单核苷酸多态性及突变分析 257
四、肿瘤基因检测 257
五、基因表达差异分析 258
六、微生态中微生物种的相对定量 258
本节参考文献 259