第一篇 原理与方法 3
第一章 微生物分子诊断学简介 3
第一节 微生物分子诊断学简介 3
第二节 临床样本处理及（核酸）提取方法 4
第三节 体外核酸扩增技术 6
第四节 扩增产物的检测和鉴定 9
第五节 微生物分子诊断质量控制 10
第六节 基因诊断技术在临床微生物学中的应用 12
第七节 结束语 16
第二章 临床标本处理及核酸提取方法 20
第一节 标本处理在分子微生物检验中的地位 20
第二节 常见分子微生物检测标本的处理方法 20
第三节 实验样品的制备 23
第三章 微生物分子诊断探针及杂交技术 30
第一节 分子微生物探针 30
第二节 各种分子微生物探针杂交技术的原理及特征 34
第三节 分子微生物探针及杂交技术体系与流程的优化 38
第四节 探针及杂交技术在微生物检测与鉴定中的应用 39
第四章 体外核酸放大：PCR及其衍生技术 43
第一节 靶核酸扩增方法 44
第二节 PCR的其他模式 47
第三节 PCR衍生技术 51
第四节 信号放大扩增方法 53
第五节 核酸放大技术在微生物检测中的应用 55
第六节 核酸放大技术的局限性及挑战 56
第七节 核酸放大技术的未来及展望 58
第五章 体外核酸放大：实时荧光定量PCR技术 61
第一节 实时荧光定量PCR（FQ-PCR）技术概述 61
第二节 实时荧光定量PCR的方法介绍 65
第三节 实时荧光定量PCR的实验方法 67
第四节 FQ-PCR技术在临床微生物学中的应用 68
第六章 体外核酸放大：其他靶放大技术 74
第一节 体外核酸放大技术概述 74
第二节 转录介导扩增 82
第三节 依赖核酸系列的扩增 84
第四节 链替代扩增 86
第五节 解旋酶扩增 87
第七章 体外核酸放大：探针放大技术 90
第一节 各种探针放大技术的原理和特征 90
第二节 探针放大在微生物检验中的应用举例 99
第三节 探针放大的优势与不足 101
第四节 探针放大技术的发展方向 101
第八章 体外核酸放大：信号放大技术 104
第一节 信号放大的原理和技术特征 104
第二节 信号放大技术之间的比较 108
第三节 信号放大技术在微生物检验应用中的举例 109
第四节 信号放大技术的优势及缺陷 112
第五节 信号放大技术未来发展趋势 112
第九章 放大产物的检测及鉴定：凝胶电泳及毛细序列电泳 115
第一节 凝胶电泳 115
第二节 毛细序列电泳 118
第十章 放大产物的检测及鉴定：实时检测探针 125
第一节 荧光共振能量转移基础上的核酸扩增技术 125
第二节 实时检测探针在微生物检测方面的应用 132
第十一章 放大产物的检测及鉴定：酶联显色 135
第一节 微孔板检测系统的原理 136
第二节 微孔板检测系统的应用 139
第十二章 放大产物的检测及鉴定：序列测定和焦磷酸测序 144
第一节 传统测序技术 144
第二节 焦磷酸测序技术 147
第三节 新一代测序技术 152
第十三章 放大产物的检测及鉴定：基因芯片 158
第一节 基因芯片原理和基本概念 158
第二节 基因芯片的几种基本分类和类型 159
第三节 基因芯片在微生物诊断中的应用 161
第十四章 新型多重PCR放大技术在微生物分子诊断中的应用 170
第一节 多重PCR技术的原理 170
第二节 多重PCR技术的优化 171
第三节 多重PCR放大技术新进展 174
第四节 多重PCR的应用 177
第十五章 液态芯片技术在微生物分子诊断中的应用 182
第一节 液态芯片技术简介 182
第二节 液态核酸芯片检测实验方案 184
第三节 液态蛋白质芯片检测实验方案 187
第四节 液态芯片技术在病原微生物检测中的应用 188
第五节 总结与展望 192
第十六章 质谱技术在微生物分子诊断中的应用 195
第一节 质谱技术简介 195
第二节 质谱技术在微生物鉴定中的应用史 199
第三节 MALDI-TOF MS用于微生物鉴定的原理及流程 201
第四节 MALDI-TOF MS在临床微生物鉴定中的实际应用 207
第五节 质谱技术在临床微生物鉴定中的挑战与展望 210
第十七章 核酸序列测定技术在微生物分子诊断中的应用 214
第一节 核酸序列测定技术的基本工作原理 214
第二节 核酸序列测定技术在微生物研究中的应用 217
第三节 展望 234
第十八章 细菌性病原体分子分型技术简介 236
第一节 分子分型方法 236
第二节 分子分型的应用 238
第十九章 微生物分子分型技术：脉冲场凝胶电泳 240
第一节 脉冲场凝胶电泳技术 240
第二节 脉冲场凝胶电泳的应用 245
第二十章 微生物分子分型技术：多位点序列分析 248
第一节 多位点序列分析技术 248
第二节 多位点序列分析技术的应用 251
第二十一章 分子生物学实验室设计及操作规程 255
第一节 分子生物学实验室的生物等级要求 255
第二节 分子生物学实验室的环境要求 257
第三节 分子生物学实验室不同区域的操作规程 259
第四节 进行分子生物学实验的人员要求 261
第五节 去除污染的常用措施 262
第二十二章 微生物分子诊断的质量保证与质量控制 267
第一节 微生物分子诊断的质量保证与质量控制概述 267
第二节 微生物分子诊断实验室能力验证 268
第三节 能力验证国外实施现状 275
第四节 能力验证国内实施现状 278
第五节 总结与展望 279
第二十三章 临床诊断实验室分子检测技术的建立、验证与核实 283
第一节 涉及分子检测技术的机构、概念和名词简介 284
第二节 针对感染性疾病的分子检测技术建立、验证与核实 286
第三节 建立质量控制体系 295
第四节 分子检测技术在临床应用过程中的几个注意事项 298
第五节 交叉监控及效率评定测验 298
第二篇 研究与应用 305
第二十四章 病原微生物的快速基因鉴定方法 305
第一节 应用16SrRNA基因序列鉴定细菌性病原体 305
第二节 其他细菌核酸基因序列分析 309
第三节 多基因测序分析鉴定细菌性病原体 310
第四节 临床微生物学细菌性病原体鉴定应用 311
第五节 总结及展望 313
第二十五章 病原微生物耐药基因的分子检测技术 316
第一节 微生物耐药基因检测概述 316
第二节 耐药基因检测中的相关分子生物学技术 318
第三节 基因分析技术在耐药基因检测中的应用 320
第四节 微生物耐药基因检测前景 332
第二十六章 呼吸道常见病毒性病原体的同步快速分子检测 335
第一节 基因芯片 335
第二节 PCR质谱联用系统 339
第三节 多重连接探针扩增 341
第二十七章 禽流感病毒和人流感病毒的分子检测技术 344
第一节 流行性感冒病毒概述 344
第二节 禽流感病毒和人流感病毒的检测 347
第三节 分子生物学技术在禽流感和人流感病毒检测中的应用 351
第四节 展望 352
第二十八章 中枢神经系统感染病原体的分子检测技术 355
第一节 中枢神经系统感染概述 355
第二节 中枢神经系统感染的诊断 358
第三节 中枢神经系统感染分子检测技术的合理应用 365
第四节 展望 367
第二十九章 结核及非结核分枝杆菌实验室分子检测方法 370
第一节 结核分枝杆菌实验室分子检测方法 370
第二节 非结核分枝杆菌实验室分子检测方法 373
第三节 分枝杆菌耐药性的分子检测方法 375
第三十章 结核及非结核分枝杆菌的分子分型技术 382
第一节 结核分枝杆菌及其他分枝杆菌分型技术概述 382
第二节 分枝杆菌主要分子分型技术 383
第三十一章 常见真菌性病原体的分子鉴定技术 389
第一节 临床常见真菌性病原体 389
第二节 传统真菌性病原体鉴定方法 390
第三节 化学或免疫学真菌性病原体检测法 390
第四节 真菌性病原体分子检测法 391
第五节 真菌性病原体芯片检测及鉴定法 394
第六节 真菌性病原体液态芯片检测及鉴定法 401
第七节 总结与展望 402
第三十二章 血流感染病原体的分子诊断及分子流行病学监测 408
第一节 概述 408
第二节 血流感染病原体的分子生物学检测 410
第三节 血流感染病原体的分子流行病学监测 415
第四节 展望 418
第三十三章 甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌的分子鉴定技术 421
第一节 MRSA实验室筛查技术 421
第二节 MRSA筛查在感染控制中的应用评价 424
第三十四章 多重耐药不动杆菌的分子流行病学监测 427
第一节 不动杆菌分子流行病学常用研究方法 428
第二节 不动杆菌分子流行病学研究现状 431
第三十五章 艰难梭菌感染的分子诊断及分子流行病学监测 439
第一节 艰难梭菌与艰难梭菌感染概述 439
第二节 艰难梭菌感染的诊断 440
第三节 艰难梭菌感染的监测 445
第三十六章 性传播疾病病原体的分子检测技术 449
第一节 性传播疾病病原体的检测技术 449
第二节 各种性传播疾病病原体的检测及诊断 452
第三节 总结与展望 456
第三十七章 HIV感染的分子诊断及分子流行病学监测 458
第一节 诊断HIV感染的实验室检测方法 458
第二节 抗反转录病毒治疗相关监测 463
第三节 HIV感染的实验室分子检测方法展望 469
第三十八章 人乳头瘤病毒的分子诊断技术 474
第一节 人乳头瘤病毒生物学性状及流行病学 474
第二节 人乳头瘤病毒致病性 475
第三节 标本采集与处理 477
第四节 非分子生物学检查方法 478
第五节 分子检测及分型技术 480
第六节 新型HPV检测方法 485
第七节 总结与展望 486
第三十九章 血液及血液制品的快速分子筛查意义及方法 491
第一节 血液分子生物学检测技术 491
第二节 分子生物学检测在血液学中的应用 494
第四十章 分子生物学技术在检测和鉴定人畜共患病病原体中的应用 500
第一节 概述 500
第二节 实时定量PCR（包括RT-PCR法）的检测 501
第三节 悬浮微阵列技术 504
第四节 基因组测序 506
第五节 系统进化分析 507
第四十一章 疟原虫的分子检测技术 512
第一节 疟原虫简介 512
第二节 疟原虫分子诊断的实验方案 515
第三节 总结与展望 520
第四十二章 新发病毒性病原体的发现与鉴定 524
第一节 概述 524
第二节 用于新发现病毒检测与鉴定的分子生物学技术 525
第三节 新发病毒性病原体的发现与鉴定 528
第四节 病毒性病原体鉴定与疾病的关系 532
第四十三章 快速、应需、整合、现场化的微生物分子诊断技术进展 537
第一节 快速、应需、整合、现场化的微生物分子诊断技术的定义与需求 537
第二节 快速、应需、整合、现场化的微生物分子诊断技术介绍 538
第三节 POCT在感染性疾病检测中的挑战与前景 547
第四十四章 应用分子检测技术研究微生物与宿主基因相互作用 549
第一节 遗传学基本概念 549
第二节 常用的遗传多态性分子检测技术 551
第三节 遗传多态性与感染性疾病 555
索引 556