第一部分 引论 2
导读 2
1如何学习进化生物学 3
1.1生物进化与进化生物学 3
1.1.1生物进化 3
1.1.2进化生物学 4
1.2进化学科的历史进程 5
1.3学习进化生物学的目的和方法 6
1.3.1学习目的 6
1.3.2学习方法 8
专题1 生物进化离我们并不遥远 8
思考题 10
第二部分 进化的“舞台”与化石证据 12
导读 12
2生物进化与地球环境 13
2.1生态位与食物链 13
2.1.1生态位 13
2.1.2食物链 14
2.2生态系统的进化 15
2.2.1生态系统的概念 15
2.2.2生态系统进化的基础：生态演替 17
2.2.3生态系统进化的过程 18
2.2.4生物圈 18
2.2.5盖娅假说 20
2.2.6智能圈 20
2.3海陆变动与生物地理区系分布 21
2.3.1大陆漂移说与板块构造理论 21
2.3.2生物地理区系分布 22
2.3.3区系动物类群发生中心 29
专题2 地球可供人类消费的底线与环境伦理观 31
思考题 33
3化石与地质年代 34
3.1化石 34
3.1.1化石的概念 34
3.1.2化石的形成 34
3.1.3化石的分类与假化石 36
3.2地质年代 39
3.2.1地质年代的概念 39
3.2.2地质年代的测定 39
3.3古生物学与生物进化 40
3.3.1地质年代中生物的系统进化 41
3.3.2种系进化实例：马和单弓类 43
专题3化石识别生物进化应遵循的原则 47
思考题 48
第三部分 进化的历程 50
导读 50
4地球上生命的起源 51
4.1生命起源与宇宙演化 51
4.2生命起源的若干条件 52
4.2.1原始大气 52
4.2.2能源 52
4.2.3原始海洋 53
4.3生命起源的早期探索 54
4.3.1米勒-尤里的模拟实验 54
4.3.2奥巴林-霍尔丹假说 55
4.3.3福克斯的类蛋白微球体学说 56
4.4现代生命起源研究 56
4.4.1“RNA世界”论 56
4.4.2磷酰化氨基酸起源说 58
4.5遗传密码的起源与进化 60
4.5.1遗传密码起源的假说 60
4.5.2遗传密码起源的阶段 61
4.5.3遗传密码进化的方向 63
4.5.4遗传密码数量演变的过程 64
4.6生命起源研究中的其他问题 67
4.6.1生命起源的地点 67
4.6.2地球外是否存在生命 67
专题4 深海海底“黑烟囱”与生命起源 68
思考题 70
5细胞的起源 71
5.1原核细胞与真核细胞 71
5.2原始细胞膜结构模型 72
5.3细胞起源与演化过程 73
5.3.1从原始细胞到原核细胞 73
5.3.2从原核细胞到真核细胞 73
5.3.3生物界最基本的三大类群 74
5.4真核细胞起源的内共生学说 76
5.5细胞核起源的研究途径 78
5.6真核细胞起源的生物学意义 79
专题5 病毒起源的主要学说及其与人类进化的关系 80
思考题 82
6 多细胞生物的进化 83
6.1生命之树与生物分界 83
6.1.1生命之树 83
6.1.2生物分界的学说 84
6.2多细胞植物的进化 85
6.2.1藻类植物 85
6.2.2蕨类植物 87
6.2.3裸子植物 89
6.2.4被子植物 92
6.3无脊椎动物的进化 93
6.3.1无壳无脊椎动物 93
6.3.2有壳无脊椎动物 94
6.4脊椎动物的进化 96
6.4.1早期的脊索动物 96
6.4.2鱼类 98
6.4.3两栖类 100
6.4.4爬行类 101
6.4.鸟类 104
6.4.6哺乳类 107
专题6 澄江动物群向世界展示了什么——兼谈寒武纪大爆发的成因问题 110
思考题 112
7 人类的起源与进化 113
7.1人类起源研究的历史回顾 113
7.2人类在自然界中的位置 113
7.3人类起源过程中新旧特征的更替 115
7.3.1直立行走与前肢的解放 115
7.3.2工具的制造与火的使用 116
7.3.3脑的发达与幼态持续原理 116
7.3.4食性与繁殖的进步 117
7.3.5体毛的退化 118
7.3.6群体关系的改善 119
7.3.7原始文化与意识的萌芽 119
7.4人类起源的进化系统 120
7.4.1灵长类的起源与进化 120
7.4.2人科早期的化石代表 123
7.4.3南方古猿 124
7.4.4能人 126
7.4.5直立人 127
7.4.6智人 130
专题7 关于人猿分离的故事 134
思考题 135
8 现代人的起源及其进化 136
8.1人种的概念 136
8.2现代四大人种及其起源 136
8.2.1黄色人种 137
8.2.2白色人种 138
8.2.3黑色人种 138
8.2.4棕色人种 138
8.3人种形成的主要因素 140
8.3.1生产 140
8.3.2选择 140
8.3.3隔离 140
8.3.4迁移 140
8.3.5人类混杂 141
8.4现代人起源的学说 141
8.4.1单一非洲起源说 141
8.4.2多地区起源说 142
8.5对种族主义的批判 144
8.6人类的未来 145
8.6.1现代人的自然进化 145
8.6.2现代人的社会进化 146
8.6.3人类生存面临的风险 146
8.6.4未来人类是否孤独 147
专题8 再过50万年人类将是什么模样 147
思考题 149
9 性的起源与进化 150
9.1性的起源 150
9.2吸引配偶的感觉机制 152
9.3求偶行为进化实例 153
9.3.1苍蝇的求偶方式 153
9.3.2鸭子的求偶信号 155
9.4动物交配、受精方式的进化 156
9.5人类性行为及其进化 157
9.6影响性行为进化的因素 160
9.6.1性选择 160
9.6.2近亲交配的制约机制 161
9.6.3乱伦禁忌 161
9.6.4配偶外的性行为 161
9.6.5季节与气候的变化 162
9.7性行为进化的研究方法 162
9.7.1观察个体发育的行为特征 163
9.7.2比较近似物种的行为方式 163
专题9 人类“乱伦禁忌”原因的探究 164
思考题 165
第四部分 分子进化 168
导读 168
10生物大分子与生物进化 169
10.1分子进化的一般概念 169
10.1.1什么是分子进化 169
10.1.2分子进化学科的产生与发展 169
10.2分子进化研究的若干方法 170
10.2.1蛋白质中氨基酸序列的测定 170
10.2.2核酸中核苷酸序列的测定 171
10.2.3蛋白质电泳分析 171
10.2.4分子杂交技术 171
10.2.5限制性片段长度多态性分析 172
10.2.6聚合酶链反应（PCR）技术 172
10.3核酸的进化 173
10.3.1 DNA含量 173
10.3.2基因组大小 174
10.3.3核酸序列 175
10.4蛋白质的进化 176
10.4.1不同物种中同一蛋白质结构的比较 176
10.4.2同一物种中不同蛋白质结构的比较 178
10.5生物大分子进化的特点 181
10.5.1生物大分子进化速率相对恒定 181
10.5.2生物大分子进化保守性 182
10.6分子进化机制 183
10.6.1点突变与调节突变 183
10.6.2中性突变与随机漂变 185
专题10 人类基因组研究引发的思考 186
思考题 187
11分子钟 188
11.1分子钟的概念 188
11.2建立分子钟的有关条件 188
11.3分子钟的意义 190
专题11 有关分子钟的争议 191
思考题 191
12分子树与分子系统学 192
12.1什么是分子树 192
12.2构建分子树的方法 192
12.3构建分子树的意义 194
专题12 核糖体RNA在分子系统学研究中的作用 195
思考题 195
13 分子进化工程 196
13.1什么是分子进化工程 196
13.2分子进化工程的一般方法 196
13.2.1构建分子库 196
13.2.2分子库的筛选 197
13.2.3活性成分的分析鉴定 197
13.3分子进化工程的应用 197
专题13 蛋白质（多肽）分子库 198
思考题 199
第五部分 进化的机制与规律 202
导读 202
14 小进化（一）：遗传变异与自然选择 203
14.1什么是小进化 203
14.2小进化的基本单位 203
14.3遗传变异在种群中的产生与保存 204
14.3.1遗传变异的产生 204
14.3.2遗传变异的保存 209
14.4自然选择 210
14.4.1自然选择的概念 210
14.4.2基因频率与哈迪-温伯格平衡 212
14.4.3适合度与选择系数 214
14.4.4自然选择的典型实例 218
14.4.5稳定性选择 222
14.4.6单向性选择 223
14.4.7分裂性选择 223
14.4.8平衡性选择 223
14.4.9亲属选择 227
14.4.10种群选择 228
14.4.11性选择（保证成功繁殖的选择） 229
专题14 物种选择及与此相关的红皇后假说 231
思考题 234
15 小进化（二）：随机过程与适应 235
15.1选择外的随机过程 235
15.1.1遗传漂变 235
15.1.2奠基者效应 236
15.1.3迁移（基因流） 237
15.1.4近亲交配 238
15.1.5中性变异 239
15.2适应 239
15.2.1适应的定义 239
15.2.2适应的普遍性与相对性 240
15.2.3适应的形成过程 242
15.2.4适应起源的基本方式 242
15.2.5适应起源原理 244
专题15 迁移在生物进化中的地位 246
思考题 249
16 隔离与物种形成 250
16.1隔离与隔离机制 250
16.1.1隔离的概念 250
16.1.2隔离机制 250
16.2物种与物种形成 253
16.2.1物种的概念 253
16.2.2物种的结构 254
16.2.3物种的标准 257
16.2.4物种形成的方式 258
16.2.5人类对物种形成的影响 262
16.2.6物种形成的生物学意义 263
专题16 种间关系引出的奇怪推论：大英帝国的繁荣取决于处女的多少 264
思考题 266
17 大进化 267
17.1什么是大进化 267
17.1.1复化式进化 267
17.1.2分化式进化 268
17.1.3特化式进化 270
17.1.4简化式进化 271
17.2进化的不可逆性 272
17.3进化的速率 274
17.3.1低速进化 274
17.3.2中速进化 275
17.3.3高速进化 275
17.3.4镶嵌进化 275
17.3.5进化速率差异的原因 275
17.4进化趋势 276
17.4.1进化趋势的概念 276
17.4.2表型趋异与谱系趋异 276
17.4.3有关进化趋势的几个问题 278
17.5重演律 279
17.5.1重演律的概念 279
17.5.2重演律证明生物进化 280
17.5.3重演律的局限性 280
17.6物种灭绝 281
17.6.1物种灭绝的概念 281
17.6.2物种灭绝的原因 282
17.7大进化与小进化的关系 284
17.8 关于“中进化”问题 285
专题17-1 Hox基因和基因型内聚力在大进化中的作用 285
专题17-2物种灭绝的启示 288
思考题 289
第六部分 进化的学说 292
导读 292
18现代进化学科的理论来源：达尔文进化论、孟德尔遗传学 293
18.1达尔文及其进化论 293
18.1.1达尔文的生平与科学活动 293
18.1.2达尔文的进化学说 298
18.1.3对达尔文学说的评论 300
18.2孟德尔及其遗传学 301
18.2.1孟德尔的生平与科学活动 301
18.2.2孟德尔遗传定律 304
18.2.3孟德尔遗传学与现代进化论 304
专题18对达尔文学说的非议说明了什么 305
思考题 307
19现代进化研究中的主要学说 308
19.1综合进化论 308
19.2间断平衡论 311
19.3新灾变论 312
19.4分子进化中性学说 314
专题19-1互补原理与生物进化 317
专题19-2恩斯特·迈尔：当代进化生物学的权威学者 319
思考题 321
主要参考文献 323
索引 327
后记 342