卷一 开辟纪（起隋大业元年、终于明永历十五年） 1
卷二 建国纪（起明永历十五年、终于三十七年） 52
卷三 经营纪（起清康熙二十二年、终于光绪二十年） 59
卷四 独立纪（起清光绪二十一年、终于是年九月） 89
卷五 疆域志 105
卷六 职官志 133
卷七 户役志 151
卷八 田赋志 167
卷九 度支志 197
卷十 典礼志 241
卷十一 教育志 267
卷十二 刑法志 283
卷十三 军备志 291
卷十四 外交志 393
卷十五 抚垦志 415
卷十六 城池志 461
卷十七 关征志 481
卷十八 榷卖志 495
卷十九 邮传志 513
卷二十 粮运志 539
卷二十一 乡治志 555
卷二十二 宗教志 569
卷二十三 风俗志 597
卷二十四 艺文志 615
卷二十五 商务志 625
卷二十六 工艺志 639
卷二十七 农业志 647
卷二十八 虞衡志 687
卷二十九 列传一 727
颜、郑 728
宁靖王 732
诸臣 734
诸老 745
陈永华 754
林圯、林凤 757
刘国轩 758
卷三十 列传二 765
施琅 765
吴球、刘却 773
朱一贵 775
欧阳凯 784
蓝廷珍 787
杨、殷、阮、王 794
卷三十一 列传三 799
王世杰 799
吴凤 804
施、杨、吴、张 806
林、胡、张、郭 810
台东拓殖 813
吴福生、黄教 818
林爽文 819
孙景燧 827
福康安 829
杨廷理 835
郑其仁、李安善 836
陈周全、高夔 838
卷三十二 列传四 841
海寇 841
王得禄 847
谢、郑 851
吴沙 853
姜、周 857
许尚、杨良斌 859
姚、徐 862
张丙 867
方振声 871
李石、林恭 872
郑勒先 875
郭光侯、施九缎 876
卷三十三 列传五 883
戴潮春 883
林文察 894
丁曰健 896
林奠国 897
林占梅 901
罗、陈 905
沈葆桢 908
袁闻柝 912
刘铭传 915
刘璈 921
林平侯 927
卷三十四 列传六 933
循吏 933
流寓 951
乡贤 961
文苑 969
卷三十五 列传七 989
孝义 989
勇士 1005
货殖 1009
列女 1012
卷三十六 列传八 1033
邱逢甲 1033
吴、徐、姜、林 1034
吴彭年 1038
唐、刘 1041
附表目 56
延平郡王世系表（建国纪） 56
郑氏中央职官表（职官志） 143
郑氏台湾职官表（职官志） 144
清代职官表（职官志） 145
民主国职官表（职官志） 150
清代台湾户口表一（户役志） 156
清代台湾户口表二（户役志） 157
清代征收丁税表一（户役志） 157
清代征收丁税表二（户役志） 158
清代征收丁税表三（户役志） 158
清代征收番饷表一（户役志） 159
清代征收番饷表二（户役志） 163
荷兰王田租率表（田赋志） 188
郑氏官田租率表（田赋志） 189
台湾糖出口表（商务志） 636
台湾各属陂圳表（农业志） 671
附录 1051
连雅堂先生家传&连震东 1051
连雅堂先生年表&连震东 1059