第1章 BioIDMapper：生物大分子编码转换系统 1
1.1 生物大分子编码转换 1
1.2 BioIDMapper下载资源 1
1.3 系统要求 2
1.4 软件构架 2
1.5 功能简介 5
1.6 图形用户界面 9
1.7 实例 9
1.8 项目分析 12
1.9 用户使用统计 12
1.10 结论 14
第2章 SplicingTypesAnno：选择性剪接识别软件 15
2.1 选择性剪接软件 15
2.2 SplicingTypesAnno下载资源 16
2.3 系统安装 16
2.4 主要剪接类型 16
2.5 单个基因分析和全转录组分析 18
2.6 输入输出格式 19
2.7 功能描述 21
2.8 项目分析 23
2.9 总结报告 26
2.10 用户使用统计 31
2.11 结论 32
第3章 nagnag：NAGNAG选择性剪接识别及定量软件 33
3.1 NAGNAG选择性剪接进展 33
3.2 nagnag下载资源 33
3.3 输入输出格式 34
3.4 功能描述 37
3.5 项目分析 39
3.6 用户使用统计 43
3.7 结论 44
第4章 prettycloud：文本数据的可视化工具 45
4.1 文本数据的可视化 45
4.2 prettycloud下载资源 45
4.3 安装 45
4.4 prettycloud算法 46
4.5 相关参数 48
4.6 实例 49
4.7 用户使用统计 51
4.8 结论 52
第5章 pairheatmap：高通量数据可视化工具 53
5.1 热图 53
5.2 pairheatmap下载资源 53
5.3 相关参数 53
5.4 高通量测序数据分析 65
5.5 用户使用统计 67
5.6 结论 67
第6章 基因芯片分析挖掘表达差异基因 69
6.1 基因芯片技术 69
6.2 数据分析流程 69
6.3 项目分析 70
6.4 结论 77
第7章 高通量测序RNA-seq数据分析挖掘 79
7.1 高通量测序 79
7.2 高通量测序分析流程 80
7.3 高通量转录组测序研究领域 86
第8章 NAGNAG选择性剪接研究 89
8.1 NAGNAG选择性剪接 89
8.2 研究方法 90
8.3 结果分析 91
8.4 结论 96
第9章 转录非编码区的识别和分析挖掘 97
9.1 转录非编码区研究进展 97
9.2 材料与方法 97
9.3 结果与分析 99
9.4 结论 112
第10章 长链非编码RNA的识别和定量 113
10.1 长链非编码RNA 113
10.2 研究方法 116
10.3 项目分析 118
10.4 结论 121
第11章 基因调控网络构建及分析 122
11.1 基因调控网络 122
11.2 材料与方法 123
11.3 结果 125
11.4 基因调控网络可视化 131
11.5 结论 136
第12章 环形RNA的识别和定量 138
12.1 国内外研究现状及分析 138
12.2 研究方法 142
12.3 分析流程 144
12.4 项目分析 145
12.5 结论 153
主要参考文献 154