卷之一 1
读《内经》论 1
四大家论 2
古今元气不同论 3
富贵贫贱治病有别论 4
肾为先天本脾为后天本论 4
水火阴阳论 5
不失人情论 6
疑似之证须辨论 7
用药须知《内经》之法论 8
药性合四时论 8
乙癸同源论 10
辨治大法论 10
苦欲补泻论 11
行方智圆心小胆大论 12
仰人骨度部位图 13
改正内景藏府图说［4］ 15
卷之二 22
新著四言脉诀 22
脉法心参 33
色诊 42
卷之三 48
《本草征要》上 48
草部（一百八十七种）［1］ 48
卷之四 76
《本草征要》下 76
木部 76
果部 88
谷部 92
菜部 94
金石部 95
土部 98
人部 99
兽部 100
禽部 103
虫鱼部 104
卷之五 109
伤寒 109
伤寒诸剂 128
卷之六 142
真中风 142
类中风 （火中虚中湿中寒中暑中气中食中恶中） 152
伤风 156
虚痨 158
卷之七 170
水肿胀满 170
积聚 178
反胃噎塞 184
疟疾 187
痢疾 193
泄泻 199
卷之八 204
头痛 204
心腹诸痛（心痛 胃脘病 胸痛 腹痛 少腹痛 胁痛） 209
腰痛 216
疝气 219
淋证 224
小便闭癃 229
小便黄赤 232
卷之九 234
大便不通 234
小便不禁 237
医案 238
遗精 240
赤白浊 244
痰饮 247
咳嗽 252
喘 259
卷之十 265
痹（行痹 痛痹 着痹） 265
痿 270
惊 274
悸（心悚也，筑筑然跳动也） 276
恐 277
健忘 278
不得卧 279
不能食 280
汗 282
黄疸 285
霍乱 286
呕吐哕 289