生物信息学基础篇 3
第1章 生物信息学一些前沿领域简介 3
1.1生物信息大数据 3
1.2复杂网络分析概论 11
1.3复杂网络分析实例：以微生物群系医学生态网络为例 15
1.4深度学习、计算智能与人工智能 21
1.5医学生态学 25
1.6 DNA计算机-生物学对计算机科学的回馈 30
第2章 系统发育树与溯祖分析 38
2.1树的概念 38
2.2主要的建树方法 39
2.3模型选择 50
2.4贝叶斯方法 54
2.5溯祖理论 60
2.6物种树估计 64
第3章 群体遗传学数据分析软件简介 70
3.1多功能软件比较 70
3.2理论模型与分析方法的实现方式 72
3.3软件运行方式与编程语言 79
3.4总结与展望 79
第4章 生物信息学中重要统计计算方法和模型 85
4.1计算机模拟技术 85
4.2马尔可夫蒙特卡罗法 93
4.3隐马尔可夫模型 98
4.4贝叶斯统计 105
4.5统计学习 114
4.6高斯图模型 120
生物信息组学技术篇 129
第5章 第三代基因测序组装算法和软件技术 129
5.1第三代基因测序及组装技术简介 129
5.2第三代基因组装算法及软件简介：以DBG20LC和SPARC为例 132
5.3三代基因组装算法和软件比较 139
5.4 DBG20LC和SPARC软件使用简介 140
第6章 基因组第二代测序数据的生物信息学分析 145
6.1基因测序技术简介 145
6.2基因组装技术 149
6.3外显子基因突变检测 154
6.4单细胞测序数据的基因组装 156
第7章 转录组数据的生物信息学分析 160
7.1转录组技术的发展 160
7.2 RNA-seq数据的质量控制 163
7.3基于参考基因组的转录组分析 164
7.4无参考基因组的转录组的从头拼装及拼装质量评估 170
第8章 非编码RNA研究常用数据库及软件 175
8.1非编码RNA概述 175
8.2非编码RNA常用数据库 179
8.3非编码RNA研究常用软件 184
第9章 蛋白质组学研究常用软件简介 210
9.1蛋白质组学简介 210
9.2计算蛋白质组学的应用 215
9.3计算蛋白质组学算法与数据库 230
第10章 新药物发现中的生物信息学软件简介 236
10.1大型药物设计平台 237
10.2分子视图软件 238
10.3化学结构编辑程序 242
10.4分子对接与虚拟筛选软件 245
10.5配体构象搜索软件 250
10.6药效团模拟软件 251
10.7分子动力学模拟软件 254
10.8在线药物设计资源列表 255
10.9小结 257
第11章 宏基因组学概述及生物信息学分析 260
11.1宏基因组学技术简介 260
11.2宏基因组学研究流程 261
11.3宏基因测序数据的生物信息学分析 263
Chapter 12 Bioinformatics for Metabolomics：An Introduction 277
Abstract 277
12.1 Introduction to Metabolomics 277
12.2 Technologies for Metabolomics 280
12.3 Data Formats for Metabolomics 285
12.4 Databases for Metabolomics 287
12.5 General Principles for Metabolomic Data Analysis 292
12.6 From Spectra to Metabolite Lists：Bioinformatics for Metabolite Identification 293
12.7 From Metabolite Lists to Significant Metabolites：Multivariate Statistics 300
12.8 From Significant Metabolites to Pathways：Bioinformatics for MetaboliteInterpretation 306
12.9 Conclusion 310