第1章 基因组和基因组学的概念 1
第一篇 基因组标记 8
第2章 限制性片段长度多态性（RFLP） 8
第3章 随机扩增多态性DNA （RAPD） 13
第4章 扩增片段长度多态性（AFLP） 18
第5章 微卫星标记和标记效用的评价 26
第6章 单核苷酸多态性（SNP） 33
第7章 等位酶和线粒体DNA标记 41
第8章 水产养殖中基于个体的基因型分析方法 48
第9章 应用DNA标记进行群体遗传学分析 61
第二篇 基因组作图 76
第10章 水产生物的连锁作图 76
第11章 水产生物经济数量性状位点的检测与分析 92
第12章 水产生物的标记辅助选择 108
第13章 大片段细菌克隆文库的构建和应用 116
第14章 细菌人工染色体文库（BAC）为基础的水产基因组物理图的构建 134
第15章 利用BAC末端测序分析基因组物理特征 142
第16章 基因组概貌：基因组重复结构鉴定 151
第17章 应用荧光原位杂交分析基因组 159
第18章 水产生物的辐射性杂交作图 173
第19章 比较基因组学与定位克隆 178
第三篇 基因组表达与功能分析 186
第20章 基于表达序列标签的转录组分析 186
第21章 基因芯片技术的基础知识：基本原理及在水产养殖业中的应用 195
第22章 鲑鱼DNA芯片技术及其他用于功能基因组学研究的方法 203
第23章 水域环境基因组学相关的大型数据集分析的计算性挑战 226
第24章 功能基因组学 233
第四篇 全基因组测序的前期准备 254
第25章DNA测序技术 254
第26章 全基因组测序 261
第27章 生物信息学 270
第五篇 水产养殖动物基因组测序的特殊性 282
第28章 硬骨鱼类的重复基因组 282
第29章 双壳类基因组学：所面临的复杂性、挑战及展望 291