第1章 生物进化与群体遗传学 1
1.1地球生命进化史 1
1.1.1生命进化史的阶段性 1
1.1.2生物进化中的物种概念和进化图谱 5
1.1.3生物进化的复杂性 8
1.2生物进化学说的产生 10
1.2.1生物进化思想的形成和发展 10
1.2.2先驱者们的生物进化学说 13
1.2.3达尔文的生物进化论 14
1.2.4达尔文生物进化论的意义 19
1.3对达尔文进化论的修正 20
1.3.1经典遗传学的建立和发展 20
1.3.2数理统计学的建立和发展 23
1.3.3从经典遗传学到分子遗传学 24
1.3.4对达尔文进化论的两次修正 26
1.3.5分子进化中性论 28
1.4群体遗传学 29
1.4.1孟德尔群体及其数量表示 30
1.4.2影响生物进化的主要因素及其熵变规律 33
1.4.3遗传多态性 39
1.4.4群体中亲属关系的研究 41
1.4.5重建系统树的研究 43
第2章 群体平衡与熵 45
2.1一对等位基因群体 45
2.1.1群体的遗传结构 45
2.1.2哈迪-温伯格定律 46
2.1.3平衡群体的Shannon信息熵最大 48
2.1.4平衡群体中的亲属关系 50
2.1.5平衡的建立 58
2.1.6平衡群体的性质 59
2.1.7平衡的意义 62
2.2复等位基因群体 63
2.2.1复等位基因群体的遗传结构及其平衡 63
2.2.2平衡群体的Shannon信息熵最大 64
2.2.3平衡群体的性质 66
2.2.4平衡群体中的亲属关系 69
2.2.5随机样本资料分析 70
2.2.6建立亲属间联合分布的ITO方法 82
2.3两对基因群体 88
2.3.1基因型频率、配子频率与基因频率 88
2.3.2平衡群体 89
2.3.3平衡的建立（独立遗传） 90
2.3.4连锁时的平衡 92
2.3.5两对基因平衡群体的信息分析 93
2.3.6群体的纯合度J与杂合度H 96
2.3.7 K对基因群体 96
2.3.8基因频率与配子频率的最大似然估计 97
2.4性连锁基因等群体 105
2.4.1性连锁群体 105
2.4.2同源多倍体群体 121
2.4.3自交不育群体 129
2.5小结 131
第3章 非随机交配群体与熵 133
3.1遗传型同型交配群体 133
3.1.1遗传型同型交配对一对等位基因群体的影响 133
3.1.2遗传同型交配对多对基因群体的影响 141
3.1.3遗传同型交配对同源四倍体群体的影响 142
3.2同胞交配群体 144
3.3近亲繁殖的平衡群体 152
3.3.1近亲繁殖的Wright平衡 152
3.3.2平衡群体的一般定理 154
3.4回交群体 161
3.4.1从Aa开始用AA逐代回交 161
3.4.2从AaBb开始用AABB逐代回交 165
3.4.3利用回交排除不良基因 166
3.4.4回交对多对基因群体的影响 169
3.5表型选型交配与遗传非同型交配群体 169
3.5.1表型同型交配 169
3.5.2表型非同型交配和遗传非同型交配 171
3.5.3不完全的表型非同型交配的群体 172
3.6交配系统与群体（第3章小结） 178
第4章 系统性过程与熵 182
4.1基因突变、迁移与熵 182
4.1.1基因突变与熵 182
4.1.2迁移 186
4.2自然选择及其数学模型 188
4.2.1自然选择是达尔文进化论的核心 188
4.2.2单位点选择的一般模型及其分析 188
4.2.3遗传负荷 191
4.2.4遗传死亡 191
4.2.5自然选择的代价-替换负荷 192
4.3针对不利基因a或A的选择 192
4.3.1适应度的显性度 192
4.3.2针对不利基因a的选择 194
4.3.3针对不利基因A的选择 200
4.4针对杂合子的单位点选择 202
4.4.1有利于杂合子的选择 203
4.4.2不利于杂合子的选择 205
4.4.3依频选择 207
4.4.4环境异质性选择 208
4.5系统性因素综合作用下的平衡 209
4.5.1突变-选择平衡 210
4.5.2选择-迁移平衡 213
4.6系统性过程与熵（第4章小结） 215
4.6.1现代综合论对达尔文进化论的贡献 215
4.6.2现代综合论的自然选择观 215
4.6.3系统性过程与熵 221
第5章 有限群体中的随机遗传漂变与熵 222
5.1随机遗传漂变的Wright模型 222
5.1.1离散过程是一个基因抽样过程 223
5.1.2离散过程是一个近交过程 227
5.1.3普遍小群体（无系统因素）的随机遗传漂变 230
5.1.4最低限度近交 233
5.2随机遗传漂变的马尔可夫过程分析 233
5.2.1 Wright模型的马尔可夫过程分析 234
5.2.2马尔可夫过程的近似扩散方程 236
5.2.3 Wright模型及其扩广的Kolmogorov后顾方程 238
5.2.4群体内的基因替换 239
5.3维持自然群体遗传多态性的两种假说 247
5.3.1自然群体中遗传多态性的普遍性 248
5.3.2自然选择学说 249
5.3.3中性突变-随机漂变假说 253
5.4物种与群体的遗传变异 262
5.4.1物种与物种形成 263
5.4.2群体的遗传变异 268
5.4.3分类学与系统学 282
5.5随机遗传漂变与熵（第5章小结） 283
5.5.1 Wright随机漂变模型的熵性质 283
5.5.2马尔可夫过程分析 283
5.5.3扩散近似法分析 283
5.5.4关于自然选择学说与分子进化中性论之争的熵解释 284
第6章 分子进化与熵 285
6.1 DNA与基因 285
6.1.1核酸 285
6.1.2基因 286
6.1.3遗传密码 287
6.1.4基因组 290
6.1.5氨基酸与蛋白质结构 290
6.1.6 DNA序列的突变 291
6.2分子系统学与分子进化机制 293
6.2.1分子系统学梗概 294
6.2.2分子进化的形式与机制 301
6.3氨基酸序列的进化 305
6.3.1 p距离及其校正距离dpc 305
6.3.2 Γ距离dG及其特例 307
6.3.3氨基酸进化距离的选择模型 311
6.4 DNA序列的进化 316
6.4.1两个序列间的核苷酸差异 317
6.4.2核苷酸替代的数学模型及其分析 318
6.4.3 Γ距离 325
6.4.4不同进化距离的比较 326
6.4.5关于DNA进化距离的进一步分析 327
6.4.6关于新相对熵距离 329
6.5分子进化与熵（第6章小结） 334
6.6结束语 334
参考文献 336