第一章 绪论 1
1 蛋白质组学的概念及其发展史 1
2 蛋白质组学与基因组学的关系 5
3 蛋白质组学与系统生物学的关系 11
4 蛋白质组学的分类、流程和优缺点 13
5 蛋白质组学研究的策略与技术 22
6 蛋白质组研究的现状和前景 29
7 蛋白质组学的应用 32
第二章 双向凝胶电泳 36
1 双向凝胶电泳的基本概念 36
2 双向凝胶电泳的流程与应用 41
3 蛋白质样品的制备 45
4 2-DE胶的染色方法 47
5 蛋白质的鉴定分析 51
6 改进型2-DE技术 57
7 非凝胶分离技术 64
8 毛细管电泳技术 70
9 展望 75
第三章 质谱 77
1 什么是质谱技术 77
2 生物质谱核心——离子化技术简介 81
3 质谱仪的应用 87
4 质谱仪的分类介绍 96
第四章 双杂交体系 108
1 前言 108
2 酵母双杂交基本原理 109
3 酵母双杂交基本类型 113
4 酵母双杂交技术的改进和发展 116
5 分裂泛素化酵母双杂交系统 120
6 高通量酵母双杂交系统 133
7 酵母双杂交系统的应用 137
第五章 蛋白质芯片 143
1 什么是蛋白质芯片 143
2 俘获分子 146
3 蛋白质芯片的制备和检测 152
4 蛋白质芯片的类别 155
5 抗体芯片 159
6 蛋白质芯片——SELDI质谱技术 161
7 无细胞体外翻译蛋白质芯片技术 163
8 蛋白质芯片的应用 167
第六章 蛋白质功能研究方法学 175
1 Western blot 176
2 蛋白质pulldown技术 181
3 蛋白质免疫共沉淀技术 184
4 蛋白质免疫组化技术 192
5 荧光共振能量转移 195
6 BIAcore仪的原理和应用 206
7 RNA干扰 211
8 检测蛋白质与核酸相互作用的方法学 225
9 低丰度蛋白质的富集技术 230
10 磷酸化蛋白质与肽的富集技术 237
11 其他方法学 246
第七章 标签融合蛋白的表达与纯化 250
1 蛋白质纯化的原理与方法 250
2 标签融合蛋白亲和层析概述 254
3 蛋白质表达系统简介 259
4 用IMAC技术纯化带有（His）6标签的蛋白质 265
5 巯基亲和层析法 277
6 GST亲和层析法 279
7 Strep-tag/Strep-Tactin过表达系统 281
8 内含肽介导的自切割亲和纯化系统 284
9 双标签亲和纯化系统 288
10 其他融合标签系统 290
第八章 修饰蛋白质组学 293
1 什么是PTM 293
2 PTM的分类及其作用 297
3 PTM研究的方法学 306
4 磷酸化蛋白质组学研究 309
5 糖基化蛋白质组学研究 313
6 其他修饰的蛋白质组学 326
第九章 代谢组学 332
1 代谢组学简介 332
2 代谢组学主要研究方法及分析技术 339
3 代谢组学与疾病诊断 350
4 代谢组学在中药现代化中的研究作用 356
5 植物代谢组学介绍 361
第十章 结构蛋白质组学 369
1 引言 369
2 高通量技术 370
3 结构预测 375
4 膜蛋白结构预测进展 378
5 展望 382
第十一章 蛋白质组学在病原微生物研究中的应用 384
1 同一病原微生物不同生理状态的蛋白质组学研究 385
2 同一病原微生物的不同菌株之间的比较蛋白质组学 388
3 病原微生物的亚蛋白质组学 389
4 研究宿主与微生物的相互关系，寻找新型疫苗的靶分子 391
5 致病性链球菌表面蛋白质组及相关疫苗的研究进展 395
参考文献 405