第1章 蛋白质组学概论 1
1.1蛋白质组学研究的背景 1
1.2蛋白质组学的分类 1
1.3蛋白质组学的主要应用 2
1.4蛋白质组学的研究策略 3
1.5蛋白质组技术的最新进展 4
1.5.1定量蛋白质组研究策略 4
1.5.2串联多维分离策略 5
1.5.3蛋白质磷酸化分析策略 6
1.5.4蛋白质复合体分析策略 6
1.5.5细胞器蛋白质组分析策略 6
1.5.6生物标志物的质谱验证策略 6
1.6发展趋势 6
参考文献 7
第2章 双向电泳实验设计与统计分析 8
2.1统计学方法简述 8
2.2实验设计 8
2.2.1基本方法 8
2.2.2含区组因素的双向电泳实验设计 12
2.2.3如何合理进行随机化分组 14
参考文献 15
第3章 双向凝胶电泳 16
3.1样品制备 16
3.1.1基本概念与原则 16
3.1.2实验方案范例 20
3.1.3常见问题与解析 24
3.2蛋白质定量 26
3.2.1 BCA法 26
3.2.2 Bradford法 29
3.3第一向等电聚焦（IEF） 31
3.3.1 IPG胶条、IPG缓冲液与水化液 31
3.3.2上样 32
3.3.3常见问题 33
3.4第二向SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳 39
3.4.1 SDS-PAGE凝胶的灌制 39
3.4.2胶条的平衡与转移 41
3.4.3聚丙烯酰胺凝胶电泳 41
3.4.4常见问题 41
3.5凝胶的染色 47
3.5.1蛋白质组学实验中聚丙烯酰胺凝胶的考马斯亮蓝染色 47
3.5.2蛋白质银染色法 49
3.5.3二价锌离子负染法 54
3.5.4糖蛋白的检测 56
3.6转印 57
3.6.1半干转印 58
3.6.2垂直槽转印 58
3.6.3丽春红染色 58
3.6.4常见问题 59
3.7胶内酶解 61
3.7.1实验步骤 61
3.7.2常见问题 62
3.8差异荧光表达分析系统 64
3.8.1实验步骤 64
3.8.2常见问题 66
3.9 Blue Native PAGE电泳 66
3.9.1实验步骤 67
3.9.2常见问题 70
参考文献 72
第4章 MALDI-TOF质谱技术与问题解析 78
4.1 MALDI-TOF质谱简介 78
4.1.1 MALDI-TOF质谱仪 78
4.1.2 MALDI的基质 79
4.1.3 MALDI-TOF质谱基本操作 81
4.2肽质量指纹谱技术 83
4.3 PSD或TOF/TOF肽序列标签技术 84
4.4临床蛋白质组学技术 86
4.4.1原位蛋白质组学 86
4.4.2液体蛋白质芯片与血清多肽组学 87
4.5 MALDI质谱仪器的维护与注意事项 88
4.5.1日常仪器维护 88
4.5.2样品检测注意事项 89
4.6常见问题分析 89
参考文献 98
第5章 纳升电喷雾串联质谱技术与问题解析 100
5.1电喷雾串联质谱简介 100
5.1.1电喷雾电离基本原理 100
5.1.2电喷雾质谱的特点 100
5.2多肽测序与蛋白质鉴定 101
5.2.1多肽测序 101
5.2.2蛋白质鉴定 103
5.3无标记定量蛋白质组研究 104
5.3.1基本原理 104
5.3.2基于质谱峰强度的定量方法的一般步骤 105
5.3.3应用实例 105
5.4蛋白质磷酸化分析 110
5.4.1前言 110
5.4.2磷酸化蛋白质的分离和检测 111
5.4.3磷酸肽的分离 112
5.5离子淌度质谱及其应用 116
5.5.1基本原理 116
5.5.2在蛋白质组研究中的典型应用 117
5.5.3展望 119
5.6多维色谱串联质谱联用技术 119
5.6.1基于多维色谱分离的蛋白质组研究基本原理 119
5.6.2主要应用及需要解决的关键问题 120
5.6.3展望 122
5.7常规操作、仪器维护与注意事项 122
5.7.1 Q-TOF质谱仪的日常操作（Waters公司） 122
5.7.2 Qstar （AB公司） 123
5.7.3 Bruker HCT电喷雾质谱仪的基本操作规程 124
5.8常见问题解析 124
参考文献 147
第6章 蛋白质组数据分析技术 149
6.1生物信息学简介 149
6.2蛋白质组数据库 149
6.3双向电泳数据库 151
6.4生物信息学网站与工具软件 152
6.5 MOWSE算法与结果评估 154
6.6蛋白质鉴定与数据库检索方法（Mascot） 156
6.6.1 Mascot检索参数 156
6.6.2数据文件格式 160
6.6.3肽的裂解 164
6.6.4序列查询 166
6.6.5查询结果解析 167
6.7 PMF与MS/MS数据组合查库方法 170
6.7.1操作流程 171
6.7.2结果示例 172
6.8串联质谱数据搜库结果质量控制方法 173
6.8.1串联质谱数据搜库结果质量控制的研究现状和问题 173
6.8.2结果数据集的质量评价参数 174
6.8.3搜库参数优化 174
6.8.4展望 175
6.9 Mascot的安装与使用简介 175
6.10常见问题解析 177
参考文献 187