第一章 语义技术导论 1
第一节 语义技术概述 1
第二节 语义万维网 2
第三节 元数据与本体 5
第四节 Web 3.0 7
第五节 关联开放数据 8
参考文献 11
第二章 生物医学语义技术概述 13
第一节 生物医学与语义技术 13
第二节 医学概念的标准化 24
第三节 生物医学元数据与本体 36
第四节 医学语义技术应用案例 54
参考文献 64
第三章 元数据语言 69
第一节 元数据 69
第二节 元数据语言概貌 77
第三节RDF 86
第四节RDFS 117
第五节SPARQL语言及其实例 129
参考文献 144
第四章 本体与逻辑 145
第一节 本体的主要特征 145
第二节 逻辑与推理 150
第三节 描述逻辑基础 152
第四节 描述逻辑与知识表示 162
参考文献 164
第五章 网络本体语言OWL 165
第一节OWL概述 165
第二节OWL DL 171
第三节OWL Lite 178
第四节OWL Full 185
第五节OWL 2 187
第六节OWL本体构建 199
参考文献 205
第六章 生物医学元数据与本体 207
第一节 一体化医学语言系统 207
第二节MeSH 216
第三节RxNorm 223
第四节SNOMED 228
第五节 基因本体 235
第六节UniProt 244
第七节MEDLINE 249
参考文献 257
第七章 关联生命数据集 261
第一节 关联生命数据集概况 261
第二节 关联生命数据集的组成 261
第三节 关联生命数据集的使用 265
第四节 分析的结论 279
参考文献 279
第八章 生物医学语义检索技术 281
第一节 语义检索概述 281
第二节 语义检索的技术方法 288
第三节 医学检索的问题特征 303
第四节 医学语义检索的基本技术 304
第五节PubMed的语义检索 311
参考文献 315
第九章 基于语义的医疗信息技术 317
第一节 医疗信息系统概论 317
第二节 语义技术与医疗信息系统 321
第三节 语义支撑的临床路径 325
参考文献 341
第十章 语义技术与生命科学研究 344
第一节 生命科学中的语义技术应用概述 344
第二节 语义技术用于基因分析 346
第三节 语义数据处理平台与GWAS研究 349
第四节 结论 364
参考文献 364
第十一章 中医本体学探索 366
第一节 中医本体学研究策略思考 366
第二节 中医顶层本体研究 367
第三节 建立证候本体的探索 374
第四节 肺痨病阴虚证的本体 379
第五节 治则治法本体 384
第六节 方剂本体的探索 389
第七节 中医古代文献的概念和术语的语义学整理 394
第八节 中医维度的六阈值分析法 395
参考文献 397
第十二章 医学语义技术深层应用与展望 399
第一节 语义技术与转化医学 399
第二节 语义技术与辅助诊疗系统 402
第三节 基于语义技术的电子病历 407
第四节 基于语义技术的电子健康档案 414
第五节 基于语义技术的临床数据交换 419
参考文献 424