第一节 生态系统理论与生态文化 张素琴 1
一、生态系统理论 1
第一章 绪论 1
二、人类文化的发展史 2
三、生态文化——人与自然和谐发展的文化 2
四、生态整治 3
第二节 生态学发展的层次概念 刘志培 4
一、宏观生态学与分子生态学的联系 5
一、分子生物学的发展带动了分子生态学 6
二、微生物生态学和微生态学的关系 6
第三节 分子生态学的产生与发展 张素琴 6
二、环境造就生物的分子生态性 8
三、分子生态学研究涉及的范围 10
第四节 微生物分子生态学的理论基础概述 张素琴 13
一、微生物与外界因子之间产生的环境分子生态效应和遗传分子生态效应 14
二、微生物与细胞之间的信息交流 14
三、微生物在环境生物修复中的分子生态学 15
四、病毒的分子生态学 15
参考文献 16
第二章 微生物对外界环境信号的适应与调整 17
第一节 外界环境条件和微生物相互作用的分子基础 张素琴 刘海舟 17
一、光以及其它辐射影响微生物的分子生态性 17
二、磁场和氧化还原电位影响微生物的分子生态效应 23
三、温度对微生物的影响 27
四、pH值对微生物的影响 28
五、水和水的活度 28
六、表面与微生物的关系（表面微生物学surface microbiology） 31
七、其它环境因子对微生物的影响 32
第二节 极端环境微生物适应性的机制 张素琴 刘海舟 33
一、微生物对环境的非凡适应性 33
二、高温环境下微生物耐热的分子生态性 34
三、嗜盐微生物适应高盐环境的分子基础 39
四、微生物嗜碱性的分子基础 41
第三节 微生物响应环境新奇信号的分子生态学 张素琴 43
一、作用于微生物的信息物质 43
二、微生物对环境信号分子响应的调节作用 43
三、微生物对环境新奇信号的应答反应——噪声调节假说 50
第四节 微生物质粒的分子生态效应 张素琴 51
一、质粒的生物学特性 53
二、质粒功能的鉴定 56
三、质粒的分子生态效应 57
四、降解性质粒在生态工程中的应用 66
五、结语 69
第五节 微生物对环境适应的遗传分子生态效应 张素琴 70
一、通过基因转移、转导来改变遗传结构 71
二、环境中可转移的遗传物质DNA分子进行自然遗传转化 71
三、微生物进化的讨论 75
参考文献 76
第三章 微生物在环境生物修复中的分子生态学 80
第一节 微生物对污染环境修复作用的概述 刘智 张素琴 80
一、自然界的自净作用 80
二、污染环境微生物修复的概念与类型 80
三、生物修复的发展历史 81
第二节 从分子水平探索生物修复的多态性 刘智 张素琴 82
一、环境因子对农田土壤及水体污染的环境分子生态效应 82
二、生物修复多态性的分子机制 84
一、生物修复的微生物学原理 91
第三节 生物修复中的微生物分子生态学原理 刘智 张素琴 91
二、微生物生物修复中的环境分子生态效应 93
三、微生物在生物修复中的遗传分子生态效应 95
四、基因工程菌在生物修复过程中的功能效应 97
参考文献 99
第四章 微生物与细胞之间的信息交流 102
第一节 细菌通讯的媒介——细菌信号分子 刘海舟 102
一、细菌信号分子——细菌信息素 102
二、信号分子的特性 106
一、革兰氏阴性细菌信号分子的调节机制 108
第二节 细菌信号分子的调节机制 刘海舟 108
二、革兰氏阳性细菌的信息调节机制 110
三、Vibrio harueyi复杂的QS调节系统和AI-2 112
四、研究阈值感应的方法 114
第三节 微生物信号系统与动植物的关系 刘海舟 115
一、微生物与植物之间的信息交流 115
二、微生物的细胞密度感应系统和生物膜 116
四、结语 117
三、细菌的细胞密度感应系统和抗感染治疗 117
参考文献 118
第五章 微生物与人体之间的通讯 125
第一节 微生物的免疫分子生态学 张素琴 125
一、益生菌的免疫调节作用 125
二、细菌感染的分子生态基础 128
三、病原菌致病的分子机制 132
第二节 肿瘤病毒的致癌作用 张忠信 汤显春 134
二、细胞的癌基因和抗癌基因 135
一、肿瘤病毒的两重性 135
三、RNA肿瘤病毒的癌基因及其作用机制 137
四、DNA肿瘤病毒的致癌基因 142
五、肿瘤病毒致癌的分子生态学 146
第三节 乙型肝炎病毒与宿主分子的相互作用 汤显春 张忠信 149
一、乙肝病毒形态结构的多样性 149
二、乙肝病毒基因组的独特性 150
三、乙肝病毒的复制、转录和表达 153
四、乙肝病毒编码蛋白与宿主分子的相互作用 157
五、乙肝病毒感染过程的分子机制 161
六、诊断乙肝病毒的分子标志 162
七、乙肝病毒在免疫接种人群中的分子变异 164
八、乙肝病毒在治疗中的分子演变 166
第四节 病毒编码泛素相关蛋白的功能 张忠信 167
一、疱疹病毒编码的两个E3在病毒感染过程中的分子生态学 168
二、痘病毒编码的E3参与CD4减量调节 169
三、腺病毒编码的E1B-55K蛋白是泛素连接酶组分 171
四、反转录病毒编码的泛素相关蛋白在病毒出芽增殖中的作用 172
五、结语 173
参考文献 174
第六章 新兴病毒及其产生的分子生态基础 177
第一节 新兴病毒出现的分子生物学基础 张忠信 177
一、新兴病毒是病毒分子演化的结果 177
二、病毒-宿主相互作用的类型 180
三、新兴病毒出现的途径 186
四、部分新兴病毒简介 189
五、可能出现的新兴病毒 207
第二节 人类免疫缺陷病毒（HIV）的多样性和起源 张忠信 208
一、HIV基因组的基本结构 209
二、HIV-1的重组及生物多样性 213
三、灵长类动物慢病毒的演化及HIV的起源 218
四、结语 225
参考文献 227
第七章 普通病毒分子生态学 232
第一节 环境病毒分子生态学 汤显春 张素琴 232
一、自然环境中病毒生存的特点 232
二、病毒与外界环境之间的相互作用 236
一、WSSV不同地区分离株的特征 237
第二节 对虾白斑综合征病毒的致病性及其对宿主的作用 汤显春 张忠信 237
二、WSSV基因组及表达蛋白的多样性 239
三、WSSV的致病过程中的分子生态学 240
四、WSSV的宿主多样性及传播途径 242
五、WSSV检测的分子生物学技术 243
六、利用病毒分子生态学对WSSV的预防策略 244
第三节 昆虫病毒分子生态学及其应用 张忠信 245
一、昆虫病毒的类型 245
二、杆状病毒分子生态学 247
三、昆虫病毒的传播及病毒对宿主种群的作用 258
四、利用昆虫病毒分子生态学对害虫进行生物防治 266
第四节 植物病毒的分子生态学 吴云峰 张忠信 268
一、植物病毒的侵染 268
二、植物病毒的传播 271
三、植物的抗病毒基因和抗性蛋白 274
四、利用病毒基因工程防治植物病毒病 276
参考文献 278
一、核酸分子（探针）杂交法 284
第八章 微生物分子生态学方法 284
第一节 微生物生态学中的分子生物学技术和方法 刘志培 284
二、荧光原位杂交 294
三、PCR扩增及其产物的多态性分析与序列测定 297
四、变性梯度凝胶电泳 301
第二节 分子生态学方法在微生物多样性与进化研究中的应用 刘志培 305
一、微生物多样性研究 305
二、微生物系统发育与进化研究 307
参考文献 310