第1章 蛋白质结构预测的概况及发展历史 1
1.1 进行蛋白质结构预测和分子设计的必要性与可能性 1
1.2 蛋白质结构预测的发展过程 1
1.3 蛋白质结构预测的方法 3
1.4 蛋白质结构预测方法的应用条件与范围 4
第2章 蛋白质的结构原理 6
2.1 构成蛋白质结构的基本单元及构象限制 6
2.2 蛋白质的二级结构 11
2.3 不同氨基酸的构象特点 20
2.4 典型的蛋白质结构类型 24
2.5 蛋白质的功能与结构的关系 31
第3章 蛋白质的序列分析及蛋白质数据库 32
3.1 序列同源性分析 32
3.2 双重序列对比 33
3.3 多重序列对比 37
3.4 蛋白质进化研究 40
3.5 蛋白质数据库 43
第4章 蛋白质的二级结构预测 49
4.1 蛋白质二级结构预测概述 49
4.2 蛋白质二级结构预测的方法 50
4.3 二级结构预测存在的问题及发展前景 60
第5章 同源蛋白质结构预测 61
5.1 同源蛋白质结构预测的理论及实验基础 61
5.2 同源蛋白质结构预测的方法 62
5.3 应用实例 67
5.4 小结 68
第6章 理论计算方法在蛋白质结构预测中的应用 70
6.1 引言 70
6.2 力场 71
6.3 最小化算法 73
6.4 构象空间搜索方法 75
6.5 量子力学与分子力学相结合的方法 79
6.6 前景 81
第7章 蛋白质的静电性能研究 82
7.1 影响蛋白质静电性质的因素 82
7.2 Poisson-Boltzmann方程 84
7.3 Poisson-Boltzmann方程的数值解法 86
7.4 Poisson-Boltzmann方程的解析解——Tanford-Kirkwood模型 89
7.5 TK与FDPB方法的分析比较 94
7.6 应用举例 95
第8章 蛋白质的分子设计 100
8.1 蛋白质分子设计的必要性 100
8.2 小改——少数残基的替换 100
8.3 中改——分子剪裁 102
8.4 大改——从头设计 102
9.1 有关受体的结构知识极大地促进了药物分子设计的发展 106
第9章 基于蛋白质结构知识的合理药物分子设计 106
9.2 合理药物设计概况 107
9.3 药物与受体分子的对接方法 108
9.4 基于受体结构模型的全新药物设计 108
9.5 未知受体结构时的合理药物设计 112
9.6 HIV-1蛋白水解酶抑制剂的合理设计 114
第10章 膜蛋白的结构预测 117
10.1 膜蛋白的结构特点 117
10.2 膜蛋白的二级结构预测 118
10.3 膜蛋白的三级结构预测 130
第11章 北京大学蛋白质分子设计系统简介 132
11.1 研制蛋白质分子设计系统的必要性 132
11.2 蛋白质分子设计系统设计描述 132
11.3 蛋白质分子设计系统简介 133
主要参考文献 141