一、前言 1
二、分子之间的相互作用力 1
第一章 分子识别的理化基础 1
（一）共价键 4
（二）非共价键 7
三、分子识别中的立体化学因素 20
（一）构象对分子识别的影响 20
（二）构型对分子识别的影响 22
四、研究分子识别的实验方法 25
一、前言 28
第二章 分子识别的计算机模拟与药物设计 28
二、分子模拟与计算方法 29
（一）量子力学方法 29
（二）分子力学方法 30
（三）统计力学方法 31
（四）神经网络方法 32
三、基于受体结构的药物分子设计 33
（一）先导化合物优化 34
（二）先导化合物的全新设计 37
（三）先导化合物的三维数据库搜寻 40
四、三维定量构效关系 42
五、结语 46
第三章 反义核酸的分子识别与药物设计 48
一、以核酸为靶的药物研究进展概况 48
二、反义RNA（asRNA）与反义DNA（asDNA） 50
三、三螺旋DNA的形成、结构及生物学意义 52
（一）三螺旋DNA的结构及形成的分子机理 53
（二）三螺旋DNA结构、构象的表征 54
（三）三螺旋DNA的应用 55
（一）磷酸骨架的修饰 58
四、反义核苷酸的修饰 58
（二）碱基的修饰 61
（三）核糖的修饰和取代 61
*（四）多肽核酸 62
第四章 以DNA为靶的小分子药物研究中的分子识别 66
一、前言 66
二、小分子药物与DNA的识别与作用方式 67
（一）共价结合 68
（二）非共价结合 71
三、小分子药物与DNA作用的特异性研究 86
（一）小分子药物与DNA作用的碱基特异性 86
（二）小分子药物与DNA作用的序列特异性 87
（三）提高药物与DNA作用序列特异性的方法--药物-寡核苷酸偶合物的设计 88
第五章 酶学研究中的两个重要进展与分子识别 93
一、核酶（ribozyme） 93
（一）ribozyme的发现 93
（二）天然ribozyme类型及生物功能 94
（三）催化作用的分子机理 95
（四）HH ribozyme的设计 96
（五）HH ribozyme的化学修饰 97
（六）非经典的化学键修饰ribozyme研究新进展 97
（一）abzyme的发现 100
二、抗体酶（abzyme） 100
（二）abzyme的分子识别基础 101
（三）abzyme设计中的分子识别问题 102
第六章 以酶为靶的药物设计中的分子识别 106
一、前言 106
二、HIV相关酶抑制剂的研究 107
（一）HIV的复制机理 107
（二）HIV逆转录酶抑制剂研究进展 108
（三）HIV蛋白酶抑制剂设计中的分子识别 109
三、端粒酶（telomerase）及其抑制剂的研究 114
（一）端粒酶RNA的结构识别与抑制剂研究 115
（二）端粒酶蛋白质的结构识别与抑制剂研究 117
第七章 以受体为靶的药物分子设计 121
一、前言 121
二、受体与药物的相互作用-原理和生化基础 123
三、以受体为靶的药物分子设计 126
（一）毒蕈碱型胆碱能受体（M-R）激动剂与阿尔茨海默病（AD）的研究进展 127
（二）血管紧张素Ⅱ（A-Ⅱ）受体及拮抗剂的研究进展 132
（三）血小板活化因子（PAF）受体拮抗剂的研究进展 138
一、金属配合物药物研究中分子识别的一般特点 146
第八章 抗癌金属配合物研究中的分子识别 146
二、顺铂类抗癌配合物研究中的分子识别 150
（一）抗癌铂配合物的结构要求 150
（二）细胞摄入铂配合物的机理及手性选择性 152
（三）抗癌铂配合物与主要靶分子DNA的作用 156
三、非铂类金属抗癌配合物 162
（一）主族金属配合物 163
（二）过渡金属配合物 164
四、金属抗癌配合物的两极互补理论与多靶理论 166
（一）两极互补理论 166
（二）多靶理论 167