第一篇 生物信息学基础 3
第1章 生物信息学数据库简介 3
第2章 生物信息学软件简介 11
第3章 序列比较与进化树构建 14
第二篇 核酸序列分析 33
第4章 DNA序列翻译为蛋白质序列 33
第5章 限制性酶切位点分析 37
第6章 转录因子结合位点预测 45
第7章 启动子预测 52
第8章 PCR实验设计 60
第9章 RNA二级结构预测 70
第10章 核酶设计 81
第11章 反义核酸设计 85
第12章 siRNA设计 89
第13章 大肠杆菌系统pBV220载体中外源基因高效表达设计 93
第14章 酵母系统pPIC9载体中外源基因高效表达设计 98
第三篇 蛋白质序列分析 109
第15章 蛋白质基本性质分析 109
第16章 蛋白质跨膜区预测 115
第17章 蛋白质信号肽预测 122
第18章 B细胞抗原表位预测 126
第19章 T细胞抗原表位预测 137
第20章 蛋白质功能位点分析 148
第21章 蛋白质二级结构预测 158
第22章 蛋白质三级结构预测与显示 162
第四篇 基因表达谱分析 171
第23章 寡核苷酸芯片探针设计 171
第24章 基于基因表达谱的差异基因识别 177
第25章 基于基因表达谱的样本分类 180
第26章 基于基因表达谱的样本聚类 192
第五篇 附录 203
附录1 利用Perl和Bioperl进行生物信息学分析 203
附录2 利用MatLab进行生物信息学分析 222
附录3 BioSun软件介绍 238
附录4 相关网址列表 251
结束语 256