1．生物系统学概述 1
1.1 生物系统学定义和研究范畴 1
1.1.1 生物系统学的定义 1
1.1.2 生物系统学的研究范畴 2
1.1.3 生物系统学的科学意义 4
1.2 动物系统学的发展历史 5
1.2.1 林奈前期 5
1.2.2 林奈时期 6
1.2.3 达尔文时期 7
1.2.4 新系统学时期 7
1.2.5 现代生物系统学 8
1.2.5.1 进化系统学 8
1.2.5.2 数值分类学 9
1.2.5.3 支序系统学 10
1.3 生物系统学在生物学发展史上的作用 11
1.3.1 理论生物学方面 11
1.3.2 应用生物学方面 11
1.3.3 对其它生物学分支学科的贡献 12
1.4 挑战与未来 12
1.4.1 关于物种的鉴定和分类 12
1.4.2 关于物种相互关系的研究 13
1.4.3 未来与机遇 13
2．支序系统学基本概念与术语 15
2.1 支序系统学对生物系统学的贡献 16
2.2 支序系统学的基本概念和术语 18
2.2.1 关于分类的术语 18
2.2.1.1 分类 18
2.2.1.2 自然分类 18
2.2.1.3 人为分类 19
2.2.1.4 安排 19
2.2.1.5 等级系统和阶元 19
2.2.2 关于分类类群的术语 20
2.2.2.1 分类单元 20
2.2.2.2 自然分类单元和人为分类单元 21
2.2.2.3 单系群、并系群和多系群 21
2.2.2.4 祖先分类单元 24
2.2.2.5 分支 25
2.2.2.6 内群和外群 25
2.2.2.7 姐妹群 25
2.2.3 描述分类单元相互关系的术语 27
2.2.3.1 关系 27
2.2.3.2 支序图 27
2.2.3.2.1 有关支序图的术语 28
2.2.3.2.2 有关支序图的类型 29
2.2.3.3 系统发育树 29
2.2.3.4 套嵌框图 30
2.2.4 与性状有关的术语 30
2.2.4.1 性状 30
2.2.4.1.1 近祖性状和共近祖性状 31
2.2.4.1.2 近裔性状和共近裔性状 32
2.2.4.1.3 自近裔性状 32
2.2.4.1.4 同源性状和非同源性状 33
2.2.4.2 性状演变系列 33
2.2.4.3 性状论证与性状优化 35
2.2.4.4 性状编码和性状数据矩阵 35
2.2.5 与推断方法有关的术语 36
2.2.5.1 支序图的优化 36
2.2.5.2 简约法 36
2.2.5.3 同等简约的支序图 36
2.2.5.4 合意分析 36
2.2.5.5 支序图的长度 36
3．选取研究对象与性状分析 37
3.1 选取研究对象（内群） 37
3.2 性状分析 39
3.2.1 选择和描述性状 40
3.2.2 性状论证 41
3.2.2.1 外群分析 41
3.2.2.1.1 如何选择外群 42
3.2.2.1.2 外群分析的具体方法 46
3.2.2.2 个体发育 56
3.2.2.2.1 个体发育与系统发育 56
3.2.2.2.2 利用个体发育信息推断系统发育的两种途径 56
3.2.2.2.3 关于个体发育方法的争论 59
3.2.3 性状编码 62
3.2.3.1 性状演变系列的类型 62
3.2.3.1.1 二性状演变系列 62
3.2.3.1.2 多性状演变系列 63
3.2.4 性状优化 70
3.2.5 性状权衡 71
4．建立与优化支序图的技术 73
4.1 建立支序图的几种经典方法 73
4.1.1 Hennig论证 73
4.1.2 包含／排除规则 75
4.1.3 Wagner算法 78
4.1.3.1 Wagner算法中特定的术语 78
4.1.3.2 Wagner算法的具体步骤 80
4.2 建立优化支序图的标准 84
4.2.1 简约法 85
4.2.1.1 Wagner简约法 87
4.2.1.2 Fitch简约法 91
4.2.1.3 Dollo简约法 94
4.2.1.4 Camin-Sokal简约法 96
4.2.1.5 多态现象简约法 97
4.2.2 相容法 101
4.3 处理祖先性状含糊性的辅助标准 101
4.3.1 寻找最简约的重建集 104
4.3.2 ACCTRAN辅助标准 105
4.3.3 DELTRAN辅助标准 106
4.4 寻找最简约的支序图的最新技术 111
4.4.1 精确的算法 111
4.4.1.1 彻底搜索 111
4.4.1.2 分枝界限搜索 112
4.4.2 启发式搜索 113
4.4.2.1 加入顺序 113
4.4.2.2 分支互换 115
4.4.2.2.1 最近邻居互换 115
4.4.2.2.2 亚支序图修剪与嫁接 116
4.4.2.2.3 二分支序图与重联 118
5．支序图的比较 121
5.1 支序图的量度 121
5.1.1 支序图的长度 122
5.1.2 一致性指数 123
5.1.3 F-比 131
5.2 合意支序图技术 134
5.2.1 严格合意支序图 135
5.2.2 Adams合意支序图 138
5.2.3 多数合意支序图 140
5.2.4 Nelson合意支序图 141
6．根据系统发育关系建立自然分类 145
6.1 一个分类的表述形式 146
6.1.1 林奈等级系统 146
6.1.2 数字前缀系统 146
6.1.3 缩进与附属系统 147
6.2 根据系统发育关系建立自然分类的方法 148
6.2.1 Hennig的同等级别法 149
6.2.2 采用一套约定建立分类 150
6.3 修改一个现行的分类 155
6.3.1 一个分类到分类分支图解的转换 156
6.3.1.1 只能转换成一个分类树的分类 156
6.3.1.2 能转换成多个分类树的分类 157
6.3.2 判别系统发育与分类逻辑一致的方法：逻辑一致 158
6.3.2.1 分类树衍生物方法 158
6.3.2.2 套嵌框图法 159
索引 161
中英文名词对照 165
参考文献 169