第一章 R基础知识 1
1.1什么是R 1
1.2 R的下载与安装 9
1.3 R语言快速入门 17
1.4一些简单的语法知识 19
1.5本章源代码详解及小结 21
第二章 生物信息学基础知识 28
2.1中心法则——生物信息流 28
2.2测序与序列分析 33
2.3基因表达分析 40
2.4注释、统计与可视化 44
第三章 R在生物信息学中的简单应用 47
3.1一个序列分析课题 47
3.2用R包（非Bioconductor）实现课题 49
3.3用R包（Bioconductor）再实现课题（方法一） 65
3.4用R包（Bioconductor）再实现课题（方法二） 70
第四章 Bioconductor简介 80
4.1什么是Bioconductor 80
4.2 Bioconductor的分类介绍 83
4.3从R到Bioconductor的跨越 90
第五章 Bioconductor分析基因芯片数据 108
5.1快速入门 108
5.2基因芯片基础知识 109
5.3基因芯片数据预处理 112
5.4基因芯片数据分析 132
5.5芯片处理实际课题一 143
5.6芯片处理实际课题二 147
5.7芯片处理实际课题三 150
第六章 Bioconductor分析RNA-seq数据 157
6.1示例课题介绍 157
6.2高通量测序基础知识 158
6.3 RNA-seq技术的特点 168
6.4 RNA-seq数据预处理 170
6.5 RNA-seq数据分析 180
第七章 R的高级语法与如何创建R包 187
7.1 R的高级语法 187
7.2创建及发布自己的R/Bioconductor包 199
7.3 R包结构 208
附录A 进一步学习的资源 211
附录B R常用函数 216
附录C R的内存管理和帮助系统 221