1细胞受体与配体的作用及其相关技术 1
1.1基本概念 2
1.1.1细胞受体的分类与结构 2
1.1.1.1跨膜受体 3
1.1.1.2膜周受体 6
1.1.1.3胞内受体 7
1.1.2配体的来源与分类 9
1.1.3受体与配体的作用模式 10
1.1.4受体与配体作用的特点 10
1.1.5配体与受体介导的信号通路 11
1.1.5.1外源信号通路 11
1.1.5.2胞内受体介导的信号通路 13
1.2实用技术 14
1.2.1细胞受体的分离 14
1.2.2细胞受体的定量以及定位检测 19
1.2.2.1蛋白质印迹技术检测受体含量 19
1.2.2.2实时定量PCR技术 23
1.2.2.3免疫组化与免疫荧光技术 24
1.2.2.4荧光或放射免疫标记配体检测受体的含量及其分布 27
1.2.3受体活性及其功能的测定 27
1.2.3.1受体磷酸化与去磷酸化的检测 27
1.2.3.2 RNA干扰技术检测受体功能 28
1.2.3.3转基因动物在受体功能研究中的应用 28
1.2.4配体表达的检测 29
2蛋白质的活性调节 35
2.1基本理论 36
2.1.1蛋白质的可逆磷酸化修饰 36
2.1.1.1蛋白激酶与蛋白质的磷酸化 37
2.1.1.2蛋白磷酸酶与蛋白质的去磷酸化 41
2.1.1.3以蛋白激酶为靶点的靶向药物 46
2.1.2蛋白质的泛素化与去泛素化 49
2.1.2.1泛素化 49
2.1.2.2去泛素化 50
2.1.2.3泛素化在信号转导过程中的作用 51
2.1.2.4类泛素化 53
2.1.3蛋白质的乙酰化与去乙酰化 54
2.1.4蛋白质的甲基化与去甲基化 57
2.2实用技术 58
2.2.1蛋白质可逆磷酸化的研究技术 59
2.2.1.1蛋白质磷酸化水平的检测 59
2.2.1.2体外激酶活性测定 59
2.2.1.3放射性核素标记磷酸化蛋白 63
2.2.1.4蛋白激酶与磷酸酶抑制剂的应用 68
2.2.1.5磷酸化蛋白质组学 68
2.2.2蛋白质泛素化的研究方法 73
2.2.2.1免疫沉淀法测定 73
2.2.2.2蛋白质印迹法 74
2.2.2.3底物蛋白质泛素化位点的鉴定 75
2.2.3蛋白质乙酰化的研究方法 75
2.2.3.1染色质免疫沉淀技术（ChIP）鉴定乙酰化位点 76
2.2.3.2免疫印迹法检测蛋白乙酰化 76
2.2.3.3生物芯片确定组蛋白乙酰化表达图谱 77
2.2.4蛋白质甲基化的研究方法 77
3信号分子间相互作用及其实用技术 81
3.1基本理论 82
3.1.1信号分子的分类与作用方式 82
3.1.1.1分类 82
3.1.1.2作用方式 83
3.1.2信号通路的网络调控 84
3.1.2.1信号转导网络调控的复杂多样性 85
3.1.2.2信号转导网络调控的专一性 85
3.1.2.3信号转导网络的自我调控 85
3.2实用技术 86
3.2.1蛋白质与蛋白质相互作用的研究技术 87
3.2.1.1免疫沉淀法 87
3.2.1.2酵母双杂交系统 90
3.2.1.3噬菌体展示系统 92
3.2.1.4亲和层析与质谱分析法 94
3.2.2核酸与蛋白质相互作用的研究技术 96
3.2.2.1 DNA与蛋白质相互作用的研究技术 96
3.2.2.2 RNA与蛋白质相互作用的研究技术 98
3.2.3其他新技术简介 100
3.2.3.1荧光共振能量转移分析技术 100
3.2.3.2双分子荧光互补技术 102
3.2.3.3 Biacore技术 103
3.2.3.4芯片技术 104
4信号转导中转录因子的调控 111
4.1基本理论 111
4.1.1转录因子的结构特征 112
4.1.1.1 DNA结合域 112
4.1.1.2转录激活域 114
4.1.1.3蛋白质与蛋白质相互作用的调节结构域 115
4.1.2转录因子活性的调节 115
4.1.2.1配体调节 116
4.1.2.2蛋白质一蛋白质相互作用 116
4.1.2.3化学修饰调节 118
4.2实用技术 120
4.2.1转录因子与DNA结合的检测 120
4.2.1.1电泳迁移率改变分析 120
4.2.1.2染色质免疫沉淀分析 127
4.2.2转录因子的活性分析 133
4.2.2.1报告基因分析 133
4.2.2.2 足迹法 136
4.2.3表观遗传对转录的调控 139
5组学技术在信号转导研究中的应用 145
5.1基本理论 146
5.1.1基因组学理论 146
5.1.1.1真核生物染色体组成 146
5.1.1.2真核生物基因组结构 148
5.1.1.3基因组变异的分类 148
5.1.2转录组学理论 149
5.1.2.1 RNA的分类 149
5.1.2.2信使RNA 150
5.1.3蛋白质组学理论 151
5.1.3.1基本概念 151
5.1.3.2蛋白质组学产生与发展的背景 151
5.1.3.3蛋白质组学研究的主要内容 152
5.1.3.4蛋白质组学的应用 153
5.1.4代谢组学理论 154
5.1.4.1基本概念 154
5.1.4.2主要研究方法 154
5.2实用技术 155
5.2.1基因拷贝数变化分析 155
5.2.1.1 DNA印迹 156
5.2.1.2实时荧光定量PCR 161
5.2.2单核苷酸多态性分析 163
5.2.2.1单核苷酸多态性（SNP）芯片技术 163
5.2.2.2焦磷酸测序技术 165
5.2.2.3质谱分析技术 166
5.2.2.4高分辨率熔解曲线（HRM）技术 167
5.2.3采用高通量测序技术的基因组变异分析 168
5.2.4表观遗传学分析技术 170
5.2.4.1 DNA甲基化研究技术 170
5.2.4.2组蛋白修饰研究技术 172
5.2.5采用芯片的转录组分析技术 173
5.2.6基因表达系列分析 174
5.2.7表达序列标签 176
5.2.8蛋白质组学实用技术 177
5.2.8.1双向荧光差异凝胶电泳 178
5.2.8.2放射性核素标记相对与绝对定量技术 183
5.2.9代谢组学技术 189
5.2.9.1培养细胞的代谢物提取 190
5.2.9.2大肠埃希菌的代谢物提取 192
6生物信息学在信号转导研究中的应用 197
6.1基本理论 197
6.1.1信号转导通路 198
6.1.2信号转导通路的静态网络模型 198
6.1.2.1网络上的路径 199
6.1.2.2网络上的距巨离 200
6.1.2.3节点重要性 200
6.1.2.4网络子结构 201
6.1.3信号转导通路的动态网络模型 201
6.1.3.1布尔网络模型 202
6.1.3.2动力学网络模型 202
6.1.3.3动态特性 204
6.1.4信号转导通路的差异变化 205
6.1.4.1基于显著差异表达基因富集度分析的方法 205
6.1.4.2基于所有基因整体差异表达程度的分析方法 206
6.1.4.3基于部分基因差异表达程度的分析方法 206
6.1.4.4拓扑结构信息 207
6.1.4.5信号转导通路间信号耦合的差异变化 207
6.2实用技术 208
6.2.1信号转导通路相关数据库 208
6.2.2信号转导通路的网络统计分析 210
6.2.2.1信号转导通路的网络表示 210
6.2.2.2基本统计分析 210
6.2.3信号转导通路的动态特性分析 211
6.2.3.1布尔网络模型分析 211
6.2.3.2动力学网络模型分析 212
6.2.3.3常用分析工具 214
6.2.4显著差异变化信号转导通路的计算识别技术 215
6.2.4.1针对已知信号转导通路的计算识别技术 215
6.2.4.2显著差异网络模块的计算识别技术 216
6.2.4.3常用分析工具 217
附录 222
缩略语 222