卷一 学道（5） 1
学道自勉文 1
劝道文（白日铭） 2
道堂戒论文 2
隐山文 3
屏睡魔文 5
卷二 问道（5） 7
鹤林问道篇上 7
鹤林问道篇下 8
为烟壶高士求《翠虚妙悟全集》书（为人与烟壶高士求《翠虚妙悟全集》书一幅） 11
谢张紫阳书 12
谢仙师寄书词 14
卷三 论道（6） 16
修仙辨惑论 16
玄关显秘论 18
性命日月论 21
谷神不死论 21
阴阳升降论 22
蟾仙解老（道德宝章注） 23
卷四 修道（8） 44
修道真言 44
丹房法语与胡胎仙 50
给诰语 51
金刚经偈寄示西林总长老 52
无忧求偈 52
禅悟剪发偈 52
郑天谷写神随喜说偈 52
西林架造钟楼普说 53
卷五 传道（36） 54
《金丹捷径》（《道藏》原文，同治戊辰空空子摹）1～30 54
金丹火候诀 54
金丹大药诀 55
偃月炉图（偃月炉之图） 56
三关图（三关之图） 56
产药川源图 57
药物火候图 57
金鼎之图 57
金丹之图 58
神室之图 58
婴儿之图 58
刀圭之图 59
玄牝之图 59
攒簇五行之图 59
和合四象之图 60
性命之图 60
真土之图 61
四象之图（和合四象之图） 61
天地交媾图（天地交媾之图） 61
日月合璧之图 61
阴阳参同七鉴（丹法参同七鉴） 62
丹法参同十九诀 62
丹法参同三十对偶（丹法参同三十对偶子） 63
丹法参同二十贯穿（丹法参同二十贯穿子） 63
造物图 64
龙虎图 64
金液还丹图 65
仙化图（此图论药物） 65
天机图（此图论火候） 67
六要口诀 68
金丹火候口诀 68
仙派 69
无极图说 69
五宝说 70
梦说 70
赠庐寺丞子文艮庵说（艮庵说赠庐寺丞子文） 71
道法九要 71
卷六 语录（8） 76
武夷升堂 76
常州清醮升堂 79
庐士（山）升堂 81
平江鹤会升堂 84
东楼小参 86
冬至小参 88
海琼白真人语录 88
鹤林法语 96
卷七 丹经（9） 105
金华冲碧丹经秘旨 105
金液还丹印证图并序 124
金液还丹印证图诗 141
乌兔经 167
钩锁连环经 167
九天应元雷声普化天尊玉枢宝经集注 169
附：圆满吉祥灵章 符篆 续婚合章 189
太上老君说常清静经注 192
指玄篇注 204
木郎祈雨咒 217
附：祈雨简便科仪 219
卷八 记传（36） 221
虚夷堂记 221
太平兴国宫地主祠堂记 222
太平兴国宫记 223
诏建三清殿记 227
罗浮山庆云记 228
常寂光国记 228
日用记 230
南康军成蹊庵记 231
龙雷阁记 232
笔架山云锦阁记 233
龙沙仙会阁记（玉隆宫会仙阁记） 235
隆兴府麻山北洞道院记 236
玉隆万寿宫云会堂记 237
玉隆万寿宫道院记 239
棘隐记 240
喜雨堂记 242
云山玉虚法院记 243
福海院记 244
静胜堂记 245
牧斋记 246
儆斋记 247
登山记 248
閤皂山崇真宫昊天殿记 248
游仙岩记 249
云窝记 250
驻云堂记 251
橘隐记 253
涌翠亭记 254
心远堂记 255
武夷重建止止庵记 257
授墨堂记 259
有宋庐山养正先生黄君仙游碑 260
旌阳许真君传 262
续真君传 269
逍遥山群仙传 270
诸仙传 275
卷九 疏文（12） 280
化应元功德疏（化画应缘元功德疏） 280
化修造精舍疏 280
缘化度牒疏二则 281
迎仙堂鹤会疏 281
会真堂疏 281
化塑朱文公遗像疏 282
閤皂山房觅书籍疏 282
徐公懋求进纳疏 283
请纪知堂住华阳堂疏 283
化真君篙衣疏 283
化修造仙堂疏 284
卷十 青词、洞章（7） 285
武夷道众奏名传法谢恩青词（为武夷道众奏名传法谢恩醮词） 285
赠知宫王南纪洞章 285
法曹陈过谢恩奏事朱章 286
忏谢朱表 288
表奏法坛传度首过谢恩朱章 289
雷府奏事议勋丹章 291
传度谢恩表文 294
卷十一 序跋（17） 296
黎怡庵诗集序 296
蛰仙庵序 296
蒙庵序为熊仲立作 297
送朱都监入闽序 298
仙槎序 299
松岩序 299
镜溪序 300
寒松序 301
翠麓夜饮序 301
琴乐序 302
太上九天雷霆大法琅书序 303
赠道士黄季长遇异人授医方序 304
题无上九霄玉清大梵紫微仙都雷霆玉经 305
题张紫阳、薛紫贤真人像 305
题周圆通笊篱歌 306
跋上清灵枢山雷火云秘法 306
赞救苦经辞 307
卷十二 辑佚（38） 308
黄箓借职奏状 308
陈情表 309
与彭鹤林书九篇 310
堂规榜 314
静余玄问 314
玄珠歌注 317
汪火师雷霆奥旨序 324
雷霆妙契 325
书符内秘 326
雷霆三帅心录 327
琼山紫清真人答隐芝书 330
翠虚陈真人得法记 332
告斗求长生法 332
追鹤秘法 334
注紫清白真人金液大还外丹诀 339
地元真诀 343
吕祖洞宾指玄篇序 350
五品仙经原序 351
樵阳经后序 352
御降真君册诰表文 353
琼山白玉蟾跋《施华阳文集》 357
法诰 357
为道士火解 358
水解 358
为道士举棺 358
化功德 359
洞真观化功德 359
新兴观题法神 360
化水陆功德 360
金丹四百字 360
附录（22） 363
《松风集》序&（南宋）青社谯令宪 363
《紫元问道集》序&（南宋）紫元子留元长 364
《海琼传道集》序&（南宋）陈守默 詹继瑞 364
《庐山集》序&（南宋）姚鹿卿 365
跋《修仙辨惑论》&（南宋）懒翁苏森 366
跋《鹤林问道集》&（南宋）冲尚老人黄庸 367
跋《鹤林紫元问道集》&（南宋）桂隐诸葛琰 367
跋陈泥丸真人《翠虚篇》&（南宋）陈与行 368
海琼玉蟾先生文集原序&（南宋）潘牥 369
重编海琼玉蟾先生文集原序&（明）南极遐龄老人臞仙 370
琼琯白真人集序&（明）何继高 371
重刻白真人文集叙&（清）王时宇 372
重刻白真人集叙&（清）许宝珩 372
白真人文集后叙&（明）林有声 373
重刻紫清白真人诗文全集跋&（清）彭翥竹林 374
重校白真人文集跋&（清）林桂 374
重刻白真人集跋&（清）柳承祖 375
海琼玉蟾先生事实&（南宋）彭耜 375
琼山番阳事迹&（南宋）汤于 377
待制李侍郎书&（南宋）山泽道人李訦 378
上琼山书&（南宋）潘公筠 378
神仙通鉴白真人事迹三条&（清）彭翥竹林 379